Το μοναστήρι της Παναγίας του Μαχαιρά είναι ένα από τα τρία σταυροπηγιακά μοναστήρια της Κύπρου που εξακολουθούν να λειτουργούν. Την ίδρυση του μοναστηριού αναφέρει με πολλές λεπτομέρειες ο Νείλος, ηγούμενος του μοναστηριού και αργότερα επίσκοπος Ταμασσού, στην Τυπική Διάταξη του μοναστηριού που έγραψε το 1210, όταν ήταν ήδη επίσκοπος Ταμασσού.
Όπως και για άλλα μοναστήρια της Κύπρου, η αρχή του μοναστηριού του Μαχαιρά ήταν μικρό ασκητήριο. Οι πρώτοι ασκητές ήσαν ένας μοναχός Νεόφυτος, που εγκατέλειψε την έρημο του Ιορδάνη «διά τήν τῶν ἀθέων ἀγαρηνῶν ἐπιδρομήν» και ο μοναχός Ιγνάτιος. Μετά τον θάνατο του Νεοφύτου ασκήτευσε εκεί ένας άλλος γέροντας μοναχός που ονομαζόταν Προκόπιος. Οι δυο αυτοί μοναχοί πήγαν στην Κωνσταντινούπολη και ζήτησαν τη βοήθεια του αυτοκράτορα Μανουήλ Κομνηνού (1143-1180) ο οποίος «ἐπεχορήγησεν τούτοις διά θείου καί προσκυνητοῦ ὁρισμοῦ τοῦ ἐτησίως λαμβάνειν νομίσματα τρικέφαλα πεντήκοντα۬ ἀλλά καί τό ὅρος καί τά πέριξ αὐτοῦ δωρεάν ἐπεχαρίσατο· ἀλλά καί τήν μέλλουσαν ἀνοικοδομηθῆναι μονήν παντός προσώπου ἐλευθέραν πεποίηκεν, τόν τε κατά τήν ἐνορίαν ἀρχιερέα διεκώλυσεν δι’ ἑτέρου προστάγματος τοῦ μή τίνα ἐξουσίαν ἔχειν κατά τῆς μονῆς καί τῶν ἐν αὐτῇ ἀσκουμένων μοναχῶν, ἀλλά μόνην τήν ἀναφοράν ἔχειν».
Πότε έγινε η επίσκεψη στην Κωνσταντινούπολη δεν αναφέρεται. Πάντως αυτή έγινε πριν από το 1172 οπότε πήγε στο μοναστήρι του Μαχαιρά ο συγγραφέας της Τυπικής Διατάξεως Νείλος.
Οι δυο αυτοί μοναχοί όταν επέστρεψαν έκτισαν ένα μικρό παρεκκλήσι («ευκτήριον») αφιερωμένο στην Παναγία και λίγα κελιά, ίσως πέντε ή έξι. Λίγο μετά την ανέγερση του μικρού μοναστηριού πέθανε ο μοναχός Προκόπιος και έμεινε μόνος ο Ιγνάτιος μαζί με πέντε ή έξι μοναχούς. Το 1172 πήγε στο μοναστήρι ο Νείλος. Ο Ιγνάτιος έστειλε τον Νείλο στην Κιλικία για να φέρει βοήθεια σε τρόφιμα όταν η Κύπρος είχε έλλειψη τροφίμων λόγω ανομβρίας και μεγάλης ξηρασίας. Λίγο αργότερα ο Ιγνάτιος όρισε τον Νείλο ηγούμενο. Μετά τον θάνατο του Ιγνατίου ο Νείλος έκτισε την εκκλησία του μοναστηριού, τράπεζα μοναστηριακή και κελιά για τους μοναχούς και περιτοίχισε το μοναστήρι.
Τα προνόμια που παραχωρήθηκαν στο μοναστήρι του Μαχαιρά από τον αυτοκράτορα Μανουήλ Κομνηνό επικυρώθηκαν από τον αυτοκράτορα Ισαάκιο Άγγελο (1185-1195) ύστερα από παράκληση του Νείλου. Μάλιστα ο Ισαάκιος Άγγελος χάρισε στο μοναστήρι του Μαχαιρά ένα περιβόλι στη Λευκωσία και δώδεκα υπέρπυρα, ο δε Αλέξιος Άγγελος (1195-1203) απάλλαξε από κάθε φορολογία την περιουσία του μοναστηριού. Βέβαια κατά την περίοδο της βασιλείας των Αγγέλων η Κύπρος δεν ανήκε στο Βυζαντινό κράτος. Όπως είναι γνωστό το 1184 ο Ισαάκιος Κομνηνός κήρυξε τον εαυτό του ανεξάρτητο δεσπότη ενώ το 1191 η Κύπρος κατελήφθη από τον Ριχάρδο τον Λεοντόκαρδο και το 1192 εγκαθιδρύθηκε το φραγκικό κράτος των Λουζινιανών. Το μοναστήρι του Μαχαιρά, όπως είδαμε, αφιερώθηκε στη Θεοτόκο. Όπως όμως αναφέρει ο Νείλος, η γιορτή του μοναστηριού ήσαν τα Εισόδια της Θεοτόκου. Περιέργως η εικόνα της Παναγίας που είναι το Παλλάδιον του μοναστηριού, είναι εκείνη της «Αγιοσορίτισσας». Η εικόνα αυτή είναι κατά δυο τουλάχιστον αιώνες παλαιότερη του μοναστηριού και είναι άγνωστο αν την έφερε ο Νεόφυτος από την Παλαιστίνη ή ο Ιγνάτιος και ο Προκόπιος από την Κωνσταντινούπολη. Το τελευταίο φαίνεται πιθανότερο, μια και είναι στην Κωνσταντινούπολη που αναπτύχθηκε ο τύπος της «Αγιοσορίτισσας».
Από εσωτερικές ενδείξεις της Τυπικής Διατάξεως φαίνεται ότι ο αριθμός των μοναχών του μοναστηριού του Μαχαιρά ήταν αρκετά μεγάλος. Αυτοί αναφέρονται με τα έργα που εκτελούσαν, π.χ. αρτοκόποι, τέκτονες, χαλκείς, σκυτοτόμοι, γεωπόνοι, αμπελικοί, ποιμένες, αγελάρης κ.ά. Χαρακτηριστικό του αριθμού των μοναχών είναι ότι υπήρχαν ένας έφορος, δυο οικονόμοι, δυο δοχειάριοι, εκκλησιάρχης, επιστημονάρχης, κανδηλάπτης, κελλαρίτης, θυρωρός, ξενοδόχος και ωρειάρειος (=ειδικός για φύλαξη των σιτηρών). Τον Νείλο διαδέχθηκε σαν ηγούμενος ο Ιωακείμ. Τον Ιωακείμ υπέδειξε ο ίδιος ο Νείλος. Μετά την Τυπική Διάταξη του Νείλου δεν έχουμε άλλες πληροφορίες για το μοναστήρι του Μαχαιρά μέχρι το 1231. Γύρω στα 1226 έφθασαν στην Κύπρο από ένα μοναστήρι του Καλού Όρους στη Μικρά Ασία δυο μοναχοί, οι Ιωάννης και Κόνων για να ενισχύσουν τους Ορθοδόξους που αγωνίζονταν εναντίον των Λατίνων. Αρχικά οι δυο αυτοί μοναχοί πήγαν στο μοναστήρι του Μαχαιρά, αλλά αργότερα πήγαν στο μοναστήρι της Παναγίας στην Καντάρα. Απ' εκεί οδηγήθηκαν στη Λευκωσία μαζί με άλλους 11 μοναχούς, ανάμεσα στους οποίους ήσαν και δυο μοναχοί του Μαχαιρά, Ιγνάτιος ο ένας και Γρηγόριος ο άλλος, όπου φυλακίσθηκαν για 3 χρόνια και αργότερα εκτελέσθηκαν γιατί αντέκρουσαν τις αντιλήψεις της Λατινικής Εκκλησίας περί Αγίου Πνεύματος, αζύμων κλπ., το 1231 (βλέπε λήμμα Καντάρας μοναχοί).
Η επόμενη αναφορά στο μοναστήρι του Μαχαιρά γίνεται το 1340 όταν, σύμφωνα με τον Λεόντιο Μαχαιρά, εθεραπεύθη η βασίλισσα Αλίκη, σύζυγος του Φράγκου βασιλιά Ούγου Δ', αφού εξέφρασε πίστη στον Τίμιο Σταυρό της Τόχνης. Σύμφωνα με τον Λεόντιο Μαχαιρά, η Αλίκη, τρία χρόνια προηγουμένως, δηλαδή το 1337, ετιμωρήθη από την Παναγία διότι παραβίασε το άβατο του μοναστηριού του Μαχαιρά, μπαίνοντας στο ιερό της εκκλησίας του μοναστηριού. Το 1385 επισκέφθηκε το μοναστήρι του Μαχαιρά ο βασιλιάς Ιάκωβος Α' μαζί με τη σύζυγό του Ελορΐζ και μεγάλη συνοδεία και έμειναν εκεί 39 μέρες. Το 1393 εξαπλώθηκε στην Κύπρο λοιμός και ο Ιάκωβος Α' μαζί με τη γυναίκα του και οὕλην του τήν ὑποταγήν καί ἐπῆγεν εἰς τόν Μαχαιρᾶν διά νά βλεπηθῆ καί ἐποῖκεν κάμποσες ἡμέρες, όπως αναφέρει ο Λεόντιος Μαχαιράς.
Σύμφωνα με επιγραφή που σώζεται σε λίθινη πλάκα, το μοναστήρι του Μαχαιρά καταστράφηκε τελείως το 1530 από πυρκαγιά. Σύμφωνα με την επιγραφή μόνο η εικόνα της Παναγίας σώθηκε. Η επόμενη πληροφορία που έχουμε για το μοναστήρι του Μαχαιρά αναφέρεται στον ηγούμενο Λεόντιο στις αρχές του 17ου αιώνα. Ο Λεόντιος φρόντισε να συλλέξει εισφορές για το μοναστήρι του. Ο ίδιος ήταν επίσης αντιγραφέας χειρογράφων. Σώζεται ένα χειρόγραφο με τον Νομοκάνονα του Ματθαίου Βλάσταρη. Διάδοχος του Λεοντίου ήταν ο Δωρόθεος ο οποίος έκτισε το μετόχι του Φιλανιού το 1619. Διάδοχος του Δωροθέου ήταν ο Ιωαννίκιος Α' ο οποίος παραιτήθηκε από το αξίωμα του ηγουμένου το 1667 «λόγω γήρατος». Διάδοχός του εξελέγη ο Λεόντιος Β' (1667 - μετά το 1697). Το 1697 ο Λεόντιος ανακαίνισε την εκκλησία του μοναστηριού σύμφωνα με σημείωμα του πρώην μητροπολίτη Κερύνειας Ιακώβου στο φύλλο 18β της Τυπικής Διατάξεως του μοναστηριού. Δεν είναι γνωστό ποιος διαδέχθηκε τον Λεόντιο. Από το 1720 αναφέρεται σαν ηγούμενος ο Παρθένιος, αραβικής καταγωγής. Σύμφωνα με τον Ρώσο μοναχό Βασίλι Μπάρσκυ, ο Παρθένιος ήλθε στην Κύπρο όταν ήταν μικρό παιδί. Στην Κύπρο έμαθε τα ελληνικά κι αργότερα έγινε μοναχός στο μοναστήρι του Μαχαιρά. Ο Παρθένιος φημιζόταν για την υπερφυσική του δύναμη που χρησιμοποιούσε για το καλό του μοναστηριού του. Σύμφωνα με τον αρχιμανδρίτη Κυπριανό, ο Παρθένιος ανακαίνισε το μοναστήρι του Μαχαιρά και το πλούτισε με μετόχια, αμπέλια και άλλα κτήματα. Σύμφωνα με τον Κυπριανό, κατέστησεν ἐν συντόμῳ τήν Μονήν νά ὑπερέχῃ τῶν ἄλλων εἰς κτήματα, εὐπρέπειαν, καί νά ἁμιλλᾶται καί αὐτήν τοῦ Κύκκου. Το 1756 με φροντίδα του Εφραίμ του Αθηναίου εξέδωσε την Τυπική Διάταξη του Νείλου. Μέσω του Εφραίμ του Αθηναίου εξασφάλισε το 1760 πατριαρχικό σιγίλλιο που επικύρωνε τα δικαιώματα του μοναστηριού του. Ο Παρθένιος πέθανε το 1766. Διάδοχος του Παρθενίου ήταν ο Ιωαννίκιος Β' (1766-1796) που συνέχισε την ανακαίνιση του μοναστηριού. Το 1783 έστειλε στη Μολδοβλαχία τον αρχιμανδρίτη και οικονόμο του μοναστηριού Χαράλαμπο και τον διάκονο Κυπριανό (τον μετέπειτα αρχιεπίσκοπο Κύπρου και εθνομάρτυρα) για συλλογή εράνων. Δεύτερη αποστολή για συλλογή εράνων στη Μολδοβλαχία έστειλε ο ηγούμενος το 1794. Το 1795 τα προνόμια του μοναστηριού ανανεώθηκαν από τον Κύπριο πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Γεράσιμο Γ'. Το 1796 διαδέχθηκε τον Ιωαννίκιο ο Γερμανός που κατόρθωσε να ξεφύγει από τις σφαγές το 1821, και παρέμεινε ηγούμενος μέχρι το 1827. Ο διάδοχος του Γερμανού Μελέτιος (1827-1843) φρόντισε για την πληρωμή μεγάλου μέρους των χρεών του μοναστηριού. Όταν ανέλαβε την ηγουμενία το μοναστήρι είχε χρέος 48.000 γροσιών και μέχρι τον θάνατό του το χρέος είχε περιορισθεί στις 15.000. Από το 1843 μέχρι το 1848 ηγούμενος ήταν ο Καλλίνικος Α'. Τον Καλλίνικο διαδέχθηκε ο Ιεζεκιήλ (1848-1857) και αυτόν ο Καλλίνικος Β' (1857-1868). Διάδοχος του Καλλινίκου Β' ήταν ο Χριστόφορος (1870-1891) και αυτού διάδοχος ο Ιγνάτιος Β' (1892-1900).
Μεγάλη πυρκαγιά
Στις 5 Σεπτεμβρίου 1892 το μοναστήρι του Μαχαιρά καταστράφηκε τελείως για δεύτερη φορά από πυρκαγιά που ξεκίνησε από το κηροποιείο του μοναστηριού. Αναφορά στην πυρκαγιά γίνεται σε μια μακροσκελής επιγραφή που υπάρχει σε πιθάρι στο χωριό Φικάρδου, που γειτνιάζει με την Ιερά Μονή της Παναγίας του Μαχαιρά: «1892 Σεπτεβρίου 5, ημέρα Σάββατον, εκάιν ο Μαχαιράς, και δεν γλίτοσε τήποτες εξού που ηκόνα Ιγνάτιος καθηγούμενος». Και από κάτω: «Κοσταντίνος Μάστρος 1892 Σεμτεβρίου 3». Η ολοσχερής καταστροφή της Μονής Μαχαιρά μέσα σε τρεις ώρες από ανθρώπινο λάθος ήταν ένα γεγονός που συγκλόνισε ολόκληρο το νησί. Οι μοναχοί κατάφεραν να διασώσουν τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας, άλλες εικόνες και κειμήλια, συνολικά 160 . Ο πιθαράς του γειτονικού χωριού, αφού τελείωσε το πιθάρι στις 3 Σεπτεμβρίου, το υπέγραψε και δύο μέρες μετά, όταν έγινε η φοβερή πυρκαγιά, κατέγραψε το γεγονός ως ενθύμηση στο επάνω μέρος του ιδίου πιθαριού, αφού ο πηλός ήταν ακόμη νωπός.
Οι εργασίες για να ξανακτισθεί το μοναστήρι άρχισαν αμέσως, και συμπληρώθηκαν το 1900. Από το 1900 μέχρι το 1937 ηγούμενος του μοναστηριού του Μαχαιρά ανέλαβε ο Μητροφάνης. Μετά την παραίτηση του Μητροφάνη το 1937, το μοναστήρι έμεινε χωρίς ηγούμενο μέχρι το 1948, λόγω των νόμων που θέσπισε η αγγλική διοίκηση ύστερα από τις ταραχές του 1931. Από το 1937 μέχρι το 1948 εκτελούσε καθήκοντα ηγουμένου ο αρχιμανδρίτης του μοναστηριού Γρηγόριος. Ο Γρηγόριος παραιτήθηκε το 1948 και πέθανε το 1960. Το 1949 ηγούμενος εξελέγη ο Ειρηναίος και παρέμεινε ηγούμενος μέχρι το 1960 οπότε επαύθη από την Ιερά Σύνοδο. Τον Ειρηναίο αντικατέστησε ο Ελπίδιος (1961-1964) που παραιτήθηκε το 1964. Από το 1964 μέχρι το 1987 ηγούμενος ήταν ο αρχιμανδρίτης Διονύσιος. Ύστερα από απόφαση της Ιεράς Συνόδου ο Διονύσιος αντικαταστάθηκε από τον αρχιμανδρίτη Χαρίτωνα το 1987.
Το 1988 ενθρονίστηκε ως νέος ηγούμενος Μαχαιρά ο Παύλος, μετέπειτα μητροπολίτης Κυρηνείας. Ο Παύλος υπηρέτησε μέχρι το 1993, οπότε εξελέγη νέος ηγούμενος ο Αθανάσιος, μετέπειτα μητροπολίτης Λεμεσού. Ο Αθανάσιος παρέμεινε στην ηγουμενία της μονής Μαχαιρά μέχρι το 1999. Τον διαδέχθηκε ο Αρσένιοςο οποίος βρήκε τραγικό θάνατο μαζί με τον Κύπριο πατριάρχη Αλεξανδρείας Πέτρο, επίσης πνευματικό τέκνο της μονής, όταν το ελικόπτερο στο οποίο επέβαιναν συνετρίβη στη θάλασσα στις 11 Σεπτεμβρίου 2004. Τον Αρσένιο διαδέχθηκε ο Επιφάνιος, ο οποίος εξελέγη νέος ηγούμενος Μαχαιρά στις 29 Σεπτεμβρίου 2004. Το 2007 ο Επιφάνιος εξελέγη από την Ιερά Σύνοδο και επίσκοπος Λήδρας. Στις 23 Ιουνίου 2007, στο καθολικό της μονής Μαχαιρά, έγινε η χειροτονία του Επιφανίου σε επίσκοπο και παράλληλα η ενθρόνισή του ως ηγουμένου της μονής.
Ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός (Ιστορία Χρονολογική..., Βενετία, 1788) αναφέρει την ύπαρξη της θαυματουργού εικόνας της Παναγίας στο μοναστήρι του Μαχαιρά και κάνει ιδιαίτερη αναφορά στον ηγούμενο Παρθένιον, δίνοντας και την πληροφορία ότι ο Παρθένιος είχε ηγηθεί της αδελφότητας του μοναστηριού για περίπου 50 χρόνια και είχε πεθάνει περί το 1770. Αναφέρει ότι ο Παρθένιος είχε αυξήσει τον αριθμό των μοναχών, είχε αυξήσει τα έσοδά του φυτεύοντας αμπελώνες, ελαιώνες, άλλα οπωροφόρα δέντρα, δημιούργησε περιβόλια λαχανικών, έκτισε μύλους, αύξησε τα κοπάδια κλπ. Στα χρόνια της ηγουμενίας του, προσθέτει ο Κυπριανός, το μοναστήρι του Μαχαιρά απέκτησε και νέα μετόχια και κατόρθωσε να συναγωνίζεται το μοναστήρι του Κύκκου. Ο ίδιος συγγραφέας δεν παραλείπει να αναφερθεί και στην υπερφυσική δύναμη που είχε ο Παρθένιος, γεγονός για το οποίο κάνει λόγο και ο Μπάρσκυ.
Ο Αθανάσιος Σακελλάριος («Τα Κυπριακά, Α΄, Αθήνα, 1890) αναφέρει την θαυματουργή εικόνα της Παναγίας και δίνει την πληροφορία ότι τότε στο μοναστήρι διαβιούσαν 35 μοναχοί.
» Βλέπε Ψηφιακός Ηρόδορος- Αρχείο ΡΙΚ
Κατά την τελευταία δεκαετία του 20ού αιώνα και την πρώτη του 21ου έγιναν στο μοναστήρι πολλά καινούργια έργα. Κτίστηκαν και άλλα μοναστηριακά οικοδομήματα, αναπλάθηκε η κύρια είσοδος, κτίστηκαν κοντά και παρεκκλήσια. Εις δε τα ανατολικά του μοναστηριού δημιουργήθηκε μνημείο αφιερωμένο στον Γρηγόρη Αυξεντίου, με μεγάλου μεγέθους ανδριάντα του ήρωα, έργο του γλύπτη Νίκου Κοτζιαμάνη.
Στο μοναστήρι του Μαχαιρά ήδη από τον 17ο αιώνα γινόταν αντιγραφή εκκλησιαστικών βιβλίων. Εκτός από τον ηγούμενο Λεόντιο στις αρχές του 17ου αιώνα, αναφέρονται σαν αντιγραφείς ο σκευοφύλακας Μητροφάνης (1817-1845) και οι ιεροδιάκονοι Αβέρκιος, Ιγνάτιος και Μητροφάνης κατά το δεύτερο ήμισυ του 19ου αιώνα. Ταυτόχρονα στο μοναστήρι του Μαχαιρά υπήρχε και βιβλιοδετείο. Βιβλιοδέτες αναφέρονται ο Παπακύριλλος (1683), ο αναγνώστης Χριστοφής (1804), ο σκευοφύλακας Μητροφάνης (1830) και οι ιερομόναχοι Γρηγόριος και Αβέρκιος (1871-1880).
Το μοναστήρι του Μαχαιρά είχε πολλά μετόχια και μεγάλη κτηματική περιουσία που απέκτησε με δωρεές ήδη από την εποχή της Φραγκοκρατίας. Μερικά από τα παλαιά μετόχια του μοναστηριού είναι: Το μοναστήρι του Προφήτη Ηλία στα νοτιοδυτικά του Λυθροδόντα που απαλλοτριώθηκε αργότερα۬ σήμερα μόνο η εκκλησία του μοναστηριού ανήκει στο μοναστήρι του Μαχαιρά. Το μετόχι της Κυπροβάσας με ερειπωμένο ναό αφιερωμένο στον άγιο Νικόλαο. Βρίσκεται 8 χιλιόμετρα στα νότια του Λυθροδόντα. Το μετόχι του Φιλανιού με εκκλησία αφιερωμένη στην αγία Μαρίνα. Το μετόχι του Αγίου Ελευθερίου στη Λευκωσία. Άλλα μετόχια είναι εκείνο του Λυθροδόντα, της Ψημολόφου και του Στροβόλου. Η περιουσία των δυο τελευταίων μετοχιών πουλήθηκε. Μικρότερα μετόχια υπήρχαν παλαιότερα στην Αλαμινό, στην Κοκκινοτριμιθιά, στον Άγιο Παύλο Λευκωσίας (περιοχή Φυλακών), στην Αθηένου, στο Τσέρι και σε διάφορα άλλα χωριά.