Στις πηγές η Μαραθάσα απαντάται με την ονομασία αυτή, ως γεωγραφική περιοχή, ήδη από τα Μεσαιωνικά χρόνια. Οφείλει την ονομασία της σε μεσαιωνικό οικισμό (που δεν υφίσταται σήμερα) ο οποίος ονομαζόταν Μάραθος. Και του οικισμού αυτού η ονομασία, όπως και άλλων στην Κύπρο (Μαραθόβουνος, Μαραθούντα) προήλθε από το φυτό μάραθος (Foeniculum vulgare) που φαίνεται ότι αφθονούσε στην περιοχή. Από την ονομασία του χωριού Μάραθος, προήλθε η ονομασία Μαραθάσα για την περιοχή, που αργότερα διευρύνθηκε, γι αυτό κι απαντάται και στον πληθυντικό: Μαραθάσες (οι). Η ονομασία της περιοχής στον πληθυντικό πιθανότατα προήλθε από το γεγονός ότι κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας αυτή ήταν χωρισμένη σε δύο τμήματα, στο βόρειο και στο νότιο τμήμα. Από τα τμήματα αυτά, το μεν βόρειο αποτελούσε βασιλικό κτήμα, το δε νότιο αποτελούσε ιδιοκτησία του κόμητα της Έδεσσας.
Σε μερικές πηγές, των λίγων προηγούμενων δεκαετιών, ολόκληρη η περιοχή απαντάται και με την ονομασία Μυριανθούσα, γι αυτό και μερικοί σημαντικοί Κύπριοι (όπως αρχιεπισκόποι ή επίσκοποι) έφεραν το χαρακτηριστικό επίθετο Μυριανθεύς ή και Μυριανθούσης, αντί του κοινότερου Μαραθεύτης που εξακολουθεί και σήμερα να είναι αρκετά κοινό. Η ονομασία Μυριανθούσα (ως περιοχή ολάνθιστη, με μύριους ανθούς) αποτελεί νεώτερο λογιοτατίστικο εφεύρημα και δεν είναι γνήσια.
Αντίθετα, η ονομασία Μαραθάσα απαντάται, από τα Μεσαιωνικά χρόνια. Ο Λεόντιος Μαχαιράς για παράδειγμα (Χρονικό, παρ. 36 και 37) γράφει:
…Και ο μέγας Ιωάννης ο Λαμπαδιστής είς την Μαραθάσαν… ο ποίος ήταν διάκος είς την ανορίαν της Μαραθάσας…
Και λίγο πιο κάτω:
..Ομοίως ευρίσκεται εις την Μαραθάσαν εις τον Κύκκον ή εικόνα της υπεραγίας Θεοτόκου…
Και ακόμη:
…Και πηγαίνοντας είς την Μαραθάσαν προς τον Κύκκον ( ο Μανουήλ Βουτομίτης) ηύρεν πτωχόν γέρον ονόματι Ησαϊας…
Αλλά και ο Γεώργιος Βουστρώνιος, στο δικό του Χρονικό γράφει:
…Τότες επήγαν εις την Μαραθάσαν (στο σπίτι) του κούντη τε Ρουχάς εις ταις Γερακαίς (=χωριό Γερακιές)..
Και πιο κάτω επίσης, χρησιμοποιώντας την ονομασία της περιοχής στον πληθυντικό γράφει:
…Ωρδινιάσαμεν τον δια βιζόρε, και εδώκαμεν του και το ψουμίν του ταις Μαραθάσαις, και την Αλεξάντραν, και την Λετίμπουν, και το Διορίμιν..
Η τελευταία αυτή αναφορά του Βουστρωνίου μνημονεύει εκχώρηση της Μαραθάσας και άλλων περιοχών από τη βασίλισσα Αικατερίνη Κορνάρο στην ευγενή καγκελλάριο της Μόρφου ντε Γκρινιέρ, τον Γενάρη του 1474.
Συνεπώς η ονομασία Μαραθάσα είναι η αρχαιότερη και ορθότερη, κι όχι η κατά πολύ νεότερη Μυριανθούσα, που εξάλλου δεν κατόρθωσε τελικά να επιβιώσει, ακριβώς επειδή ήταν τεχνητή.
Ο Σίμος Μένανδρος αν και παραδέχεται στο Τοπωνυμικόν του την προέλευση της ονομασίας από το φυτό μάραθον, απ’ όπου και ο Μαραθών στην Ελλάδα, αργότερα εισηγήθηκε (Επετηρίς Εταιρ. Βυζαντ. Σπουδών, Ε’, σ.285) ως αρχική ονομασία την Μαραθόβασσα, δηλαδή κοιλάδα παρά τον ποταμόν Μάραθον.
Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας ο διαχωρισμός σε δύο Μαραθάσες ήταν σαφής, αυτές δεν διακρίνονταν σε Marath Real (=βασιλική Μαραθάσα) και σε Marath du combe d’ Edesse (= Μαραθάσα του κόμητα της Έδεσσας). Και τούτο, αφού οι δύο περιοχές αποτελούσαν διαφορετικές ιδιοκτησίες. Τον 15ο αιώνα (πιθανότατα όταν και οι δύο περιοχές εκχωρήθηκαν από την βασίλισσα Αικατερίνη Κορνάρο στον Μόρφου ντε Γκρινιέρ το 1474), οι δύο Μαραθάσες ενώθηκαν και απετέλεσαν ενιαία περιοχή, διατηρώντας την ονομασία τους (Μας Λατρί, Hist.de l’ ile de Chypre III, p.195).
To χωριό Μάραθος, που έδωσε την ονομασία σ’ ολόκληρη την περιοχή, αναφέρεται ως Merato και έτσι βρίσκεται σημειωμένο σε χάρτες της περιόδου της Βενετοκρατίας. Τοποθετείται όμως εσφαλμένα στην περιοχή του Μέσα Ποταμού, ενώ βρισκόταν σε περιοχή απέναντι από το χωριό Μουτουλλάς, στην πλαγιά του βουνού, πάνω από αργάκι που ονομάζεται επίσης Μάραθος. Η τοποθεσία όπου βρισκόταν το χωριό αυτό εξακολουθεί να φέρει την ίδια ονομασία (Ν.Γ. Κυριαχής, Τα χωριά της Κύπρου, 1952, σς. 128-129). Εκεί κοντά υφίστατο και δεύτερος οικισμός που ονομαζόταν Τρουλλινό (το), ή ίσως σωστότερα Τρουλληνός (ο), του οποίου η ονομασία διασώζεται σε αργάκι της περιοχής που ονομάζεται αρκάτζ’ιν του Τρουλληνού. Τα χωριά αυτά πιθανότερο φαίνεται ότι είχαν καταστραφεί από επιδρομές και διώξεις των Τούρκων τον 17ο αιώνα (Κυπριακά Χρονικά, ΙΑ’ , σ. 133.). Οι κάτοικοι τους ενίσχυσαν τότε άλλους οικισμούς της περιοχής, όπως το μικρό ως τότε χωριό Καλοπαναγιώτης. Αλλά και άλλο, ανύπαρκτο σήμερα, μεσαιωνικό χωριό, που υφίστατο στην περιοχή της Μαραθάσας η οποία ανήκε στον κόμητα της Έδεσσας, μνημονεύεται σε παλαιό χειρόγραφο ως Marathasa (Κυριαζής, ό.π.π., σ. 128.)
Επί ημερών του βασιλιά της Κύπρου Πέτρου Α’ (1359- 1369), η βασιλική Μαραθάσα ανήκε στη σύζυγο του, τη δυναμική βασίλισσα Ελεονώρα. Σύμφωνα δε προς διήγηση του Εφραίμ του Αθηναίου (Περιγραφή… της Μονής Κύκκου), το μοναστήρι του Κύκκου καταστράφηκε ολοσχερώς από πυρκαϊά το 1365, προκάλεσε το ενδιαφέρον του βασιλιά Πέτρου και προσφέρθηηκε να καταβάλει τη δαπάνη για την ανοικοδόμηση του. Τελικά όμως τη δαπάνη ανέλαβε η βασίλισσα Ελεονώρα, επειδή το μοναστήρι βρισκόταν στην περιοχή της δικής της Μαραθάσας.
Από τους μεσαιωνικούς χρονογράφους που προαναφέρθηκαν, ο μεν Λεόντιος Μαχαιράς αναφέρει τη Μαραθάσα σε σχέση προς τον τοπικό άγιο Ιωάννη τον Λαμπαδιστή, του οποίου το μοναστήρι βρίσκεται κοντά στο χωριό Καλοπαναγιώτης, και σε σχέση προς το μοναστήρι της Παναγίας του Κύκκου. Ο Βουστρώνιος πάλι, αναφέρει την Μαραθάσα διηγούμενος κάποιο επεισόδιο που συνέβη στο χωριό Γερακιές όπου είχε το σπίτι του ο κόμης ντε Ρουχάς (=ντε Μόρφου). Επίσης αναφέρει την εκχώρηση της το 1474 στον Μόρφου ντε Γκρινιέρ.
Είναι χαρακτηριστικό ότι κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η ορεινή περιοχή της Μαραθάσας, σχετικά απομονωμένη και δυσπρόσιτη (έχοντας υπόψη τις τότε συνθήκες), δεν κατοικήθηκε από Τούρκους που φαίνεται ότι προτιμούσαν να την αποφεύγουν. Έτσι, τα χωριά της παρέμειναν αμιγώς ελληνικά. Επίσης, κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Μαραθάσα δεν αποτέλεσε χωριστό κατηλλίκι ή καζά αλλά αποτελούσε τμήμα βασικά του κατηλλικιού της Λεύκας (όπου μπορούσαν να εδρεύουν οι τουρκικές τοπικές αρχές). Ούτε δε επί Αγγλοκρατίας αποτέλεσε χωριστό διαμέρισμα. Αντίθετα, με τη διαίρεση της Κύπρου σε 6 επαρχίες, η Μαραθάσα μοιράστηκε διοικητικά στις επαρχίες Λευκωσίας και Λεμεσού.
Για περισσότερες πληροφορίες βλέπε στα χωριστά λήμματα για το κάθε ένα χωριό της Μαραθάσας, για τα μοναστήρια που βρίσκονται στην περιοχή της κλπ.