Είναι γνωστό ότι η παρουσία κρυπτοχριστιανών στην Κύπρο κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας δεν αποτελεί μοναδικό φαινόμενο. Σ' όλες τις χριστιανικές χώρες, που κατακτήθηκαν από τους Μωαμεθανούς, παρατηρήθηκε, σε μικρότερη ή μεγαλύτερη κλίμακα, ο βίαιος εξισλαμισμός κατοίκων με διάφορες μεθόδους: με το παιδομάζωμα, χιλιάδες Χριστιανών αγοριών αρπάζονταν από τις οικογένειές τους, για να μετατραπούν σε γενίτσαρους- με την αρπαγή γυναικών για τα χαρέμια των πασάδων και των αγάδων, πολλές Χριστιανές εξισλαμίζονταν με την απειλή της καταστροφής, της οικονομικής αφαίμαξης ή του εκτοπισμού, ολόκληρες οικογένειες ή χωριά αναγκάζονταν να εξισλαμισθούν, για να αποφύγουν μια βαριά τιμωρία ή μια βαριά φορολογία, που δεν ήταν σε θέση να πληρώσουν.
Κοντά σ' αυτούς τους βίαιους εξισλαμισμούς υπήρχαν και οι «εκούσιοι», που στην ουσία και αυτοί δεν μπορεί να ήσαν πραγματικά εκούσιοι — εκτός ίσως μερικών εξαιρέσεων — αλλά αποτέλεσμα ηθικής κάμψης μπροστά στις εξουθενωτικές συνθήκες που προκαλούσε η οθωμανική κατάκτηση με τη μετατροπή ελεύθερων ανθρώπων ή γενικά ανθρώπων, που άλλοτε είχαν ευτυχήσει ή πλουτίσει ή ζήσει σε ανεκτές συνθήκες, σε δούλους και κατατρεγμένους. Έτσι άτομα ή οικογένειες εγκατέλειπαν τη θρησκεία τους και ασπάζονταν τη θρησκεία των κατακτητών τους, για να διατηρήσουν τις περιουσίες τους ή τα προνόμιά τους, ή για να εξασφαλίσουν πλεονεκτήματα που απολάμβανε η άρχουσα μουσουλμανική τάξη μέσα στην Οθωμανική αυτοκρατορία.
Η αποστασία από τον Χριστιανισμό, εφόσον δεν γινόταν για λόγους συνειδήσεως, αλλά για λόγους ανάγκης, οδηγούσε ως επί το πλείστον σ' έναν εξωτερικό συμβιβασμό των ανθρώπων, όχι όμως και στην πλήρη ένταξη και αφομοίωσή τους στη νέα τους θρησκευτική και αργότερα — με την ανάπτυξη του εθνικισμού — και εθνική κοινότητα. Έτσι, ενώ εμφανίζονταν κατά τύπους ως Μουσουλμάνοι και τηρούσαν τις θρησκευτικές υποχρεώσεις των Μουσουλμάνων, παρέμεναν κατά βάθος Χριστιανοί και στα κρυφά τηρούσαν τις θρησκευτικές υποχρεώσεις των Χριστιανών. Ταυτόχρονα διατηρούσαν, όσο μπορούσαν, τις συνήθειες και τις παραδόσεις του λαού, από τον οποίο προέρχονταν καθώς επίσης και τη μητρική τους γλώσσα.
Για την Κύπρο υπάρχουν πολλές μαρτυρίες, ότι γίνονταν εξισλαμισμοί καθ' όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Ήδη από τα πρώτα χρόνια της οθωμανικής κατοχής ένας άγνωστος αριθμός κατοίκων του νησιού — Έλληνες, Φράγκοι, Βενετσιάνοι και άλλοι — αναφέρεται ότι εξισλαμίσθηκαν είτε για να διατηρήσουν τις περιουσίες τους ή τις θέσεις τους στη διοίκηση, είτε για άλλους λόγους. Με αυτούς τους εξισλαμισμούς άρχισε να ενισχύεται αριθμητικά η πρώτη μουσουλμανική κοινότητα, που εγκαταστάθηκε στην Κύπρο μετά την κατάληψή της από τους Μωαμεθανούς το 1570-71. Τον αρχικό πυρήνα αυτής της κοινότητας είχαν αποτελέσει 2-3 χιλιάδες Μουσουλμάνων στρατιωτών, που έμειναν στην Κύπρο ως φρουρά μετά την κατάκτησή της. Ότι οι εξισλαμισθέντες Χριστιανοί της Κύπρου είχαν ασπασθεί τη νέα τους θρησκεία εξωτερικά μόνο και ότι κατά βάθος παρέμεναν Χριστιανοί, αποδεικνύεται από το γεγονός ότι συνωμοτούσαν μαζί με τους Έλληνες και άλλους Χριστιανούς κατοίκους του νησιού και συνεργάζονταν με Ευρωπαίους ηγεμόνες για να εξεγερθούν — και έκαμαν και αρκετές ανεπιτυχείς εξεγέρσεις — και να αποτινάξουν τον τουρκικό ζυγό, οπότε και θα επανέρχονταν στην πατρογονική τους θρησκεία. Σύμφωνα με τη μαρτυρία του Girolamo Dandini, o οποίος επισκέφθηκε την Κύπρο το 1596-7, υπήρχαν 12-13 χιλιάδες Τούρκων στο νησί. «Οι περισσότεροι απ' αυτούς», έγραψε ο Dandini, «είναι αποστάτες, οι οποίοι ασπάσθηκαν το Ισλάμ, για να απολαμβάνουν μεγαλύτερη ησυχία... Μόλις αυτοί οι αποστάτες δουν ένα χριστιανικό στρατό θα πετάξουν το τουρμπάνι και θα ξαναφορέσουν το καπέλο και θα στρέψουν τα όπλα τους εναντίον του Τούρκου» (Excerpta Cypria, σ. 182).
Για διάφορους λόγους η μέρα της αποτίναξης του τουρκικού ζυγού ολοένα και απομακρυνόταν από τον ορίζοντα της Κύπρου, ενώ η τουρκική διοίκηση γινόταν περισσότερο καταπιεστική και οι κοινωνικές συνθήκες δυσμενέστερες για τους ραγιάδες Κυπρίους. Μέσα σ' αυτό το κλίμα παρατηρήθηκε μια συνεχής κάμψη της αριθμητικής δύναμης των Ελληνοκυπρίων και μια ανάλογη αύξηση της μουσουλμανικής κοινότητας. Στα 1670 ο Hurtrel δίνει την πληροφορία (Excerpta Cypria, σ. 233), ότι πάρα πολλοί Έλληνες και άλλοι Χριστιανοί κάτοικοι της Κύπρου, επειδή δεν μπορούσαν να υποφέρουν περισσότερο την τουρκική τυραννία, επιθυμούσαν να αλλαξοπιστήσουν, αλλά πολλοί δεν γίνονταν αποδεκτοί, γιατί η φορολογία — προφανώς ο κεφαλικός φόρος που επιβαλλόταν ειδικά στους ραγιάδες — θα μειωνόταν αναλόγως.
Εξισλαμισμοί μαρτυρούνται σε διάφορες χρονολογίες, ιδιαίτερα σε εποχές οικονομικών κρίσεων, εσωτερικών αναστατώσεων και κακών διοικητών. Το 1815 ο Άγγλος περιηγητής William Turner πρόσεξε πως πολλοί Τούρκοι της Κύπρου στην πραγματικότητα ήσαν κρυπτοχριστιανοί. «Οι Τούρκοι της Κύπρου», έγραψε, «είναι στην πραγματικότητα οι πιο ήμεροι στην Ανατολή. Πολλοί, που παρουσιάζονται ως Μουσουλμάνοι, είναι στα κρυφά Έλληνες και τηρούν στα κρυφά όλες τις πολυάριθμες νηστείες εκείνης της Εκκλησίας. Όλοι πίνουν κρασί ελεύθερα και πολλοί απ' αυτούς τρώνε στα κρυφά χοιρινό κρέας χωρίς τύψη, πράγμα ανήκουστο στην Τουρκία. Συχνά νυμφεύονται Ελληνίδες του νησιού» (Excerpta Cypria, σ. 449). Το 1821 με τις σφαγές της 9ης Ιουλίου, συνέβησαν εξισλαμισμοί σε μεγαλύτερη κλίμακα («πολλούς ἐτούρκισαν», αναφέρει χρονογραφικό σημείωμα της εποχής: Κυπριακά Χρονικά, Η' [1931], σ. 85), σποραδικά δε αναφέρονται ως τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Από το 1839 και ιδιαίτερα από το 1856 και μετά, κατά την περίοδο των μεταρρυθμίσεων του Tanzimat στην Οθωμανική αυτοκρατορία, η τύχη των Χριστιανών υπηκόων άρχισε κάπως να βελτιώνεται. Στην Κύπρο η παρουσία Ευρωπαίων προξένων στη Λάρνακα και υποπροξένων στη Λευκωσία και τη Λεμεσό ασκούσε κάποιαν αποτρεπτικήν επίδραση στους βίαιους εξισλαμισμούς Χριστιανών και επίσης ενεθάρρυνε μερικούς λινοβαμβάκους να επανέλθουν στην πατρώα θρησκεία, παρά τους κινδύνους που συνόδευαν μια τέτοια απόφασή τους. Γενικά όμως ένας πολύ μεγάλος αριθμός λινοβαμβάκων διατηρείτο ως το τέλος της Τουρκοκρατίας — και επί Αγγλοκρατίας — στην ιδιότυπη εκείνη θρησκευτική, εθνική και κοινωνική κατάσταση.
Η αγγλική κατοχή της Κύπρου το 1878 δημιούργησε εντελώς νέες καταστάσεις για όλους τους κατοίκους του νησιού και φυσικά και για τους λινοβαμβάκους. Για ένα διάστημα, από το 1878 ως το 1914 που έγινε η προσάρτηση της Κύπρου από την Αγγλία, η αγγλική κατοχή, σύμφωνα με την Αγγλοτουρκική Σύμβαση της 4.6.1878, είχε προσωρινό χαρακτήρα. Η Κύπρος θα επιστρεφόταν στον σουλτάνο, αν η Ρωσία επέστρεφε στην Οθωμανική αυτοκρατορία τις περιοχές που είχε καταλάβει στον Καύκασο κατά τη διάρκεια του Ρωσοτουρκικού πολέμου του 1877-78. Ο όρος αυτός συνετέλεσε, ώστε να υπάρχει πολλή αβεβαιότητα σχετικά με την παραμονή της Αγγλίας στην Κύπρο και να ανακοπούν σε μεγάλο βαθμό τα μεγαλόπνοα σχέδια, που είχαν εξαγγελθεί το 1878 από την κυβέρνηση Disraeli για τη γρήγορη ανάπτυξη της Κύπρου. Επί πλέον η συνέχιση σε πολλά θέματα της οθωμανικής διοικητικής παράδοσης στη νομοθεσία, στη φορολογία, στην τοπική διοίκηση και σ' άλλους θεσμούς, ενίσχυε την εντύπωση ότι η αγγλική κατοχή δεν θα είχε μόνιμο χαρακτήρα. Κάτω απ' αυτές τις συνθήκες ήταν επόμενο ότι πολλοί λινοβάμβακοι θα δίσταζαν να επανέλθουν μαζικά στον Χριστιανισμό και θα προτιμούσαν να ζουν ανάμεσα στις δυο θρησκείες παρακολουθώντας την εξέλιξη των πραγμάτων.
Έτσι, κατά τα πρώτα χρόνια της Αγγλοκρατίας παρατηρήθηκε η επιστροφή λινοβαμβάκων στην πατρώα θρησκεία, σε περιορισμένη πάντως κλίμακα, είτε μεμονωμένων ατόμων, είτε ολόκληρων οικογενειών και σε 2-3 περιπτώσεις και ολόκληρων χωριών: βλέπε παραδείγματα στην εφημερίδα Νέον Κίτιον, αρ. 19, 45, 79, 81, 87, 91,92, 94 (1879-81), στην Ἀλήθεια, αρ. 211, 5/17 Ιαν. 1885, και αρ. 229,11/23 Μαΐου 1885. Επίσης Accounts and Papers, LHI, (1884-85) (C. 4264), σ. 13.1.K. Περιστιάνη, Ἱστορία τῶν Ἑλληνικῶν Γραμμάτων ἐν Κύπρῳ ἀπό τῆς Τουρκικής κατακτήσεως μέχρι τῆς Ἀγγλικῆς κατοχῆς (1571 -1878), Ἐν Λευκοσίᾳ, 1931, σσ. 276-7. Π.Μ. Σαμάρα, Ἡ ἑλληνική καταγωγή τῶν Τουρκοκυπρίων, Αθήνα, 1987, σσ. 24-6. Ιδιαίτερη δράση για επιστροφή των λινοβαμβάκων στους κόλπους της χριστιανικής Εκκλησίας ανέπτυξε κατά την περίοδο αυτή ο επίσκοπος Κερύνειας Χρύσανθος* σ' ολόκληρη την επαρχία του και κυρίως στην Τηλλυρία, ιδρύοντας σχολεία και (επανα)βαπτίζοντας λινοβαμβάκους. Σύμφωνα με τον ανταποκριτή του Νέου Κιτίου (Β', αρ. 81,9/21 Ιανουαρίου 1881, σσ. 7-8), ο Χρύσανθος κατά την περιοδεία του ίδρυσε 4 νέα σχολεία, ένα από τα οποία στην Τηλλυρία. «Τό μέρος τοῦτο», συνεχίζει ο ανταποκριτής, «ὡς γνωστόν, κατοικούμενον ὑπό τῶν καλουμένων λινοβαμβάκων, διατελεῖ, οὕτως εἰπεῖν, ἀπομεμονωμένον τῆς λοιπῆς Νήσου καί οἱ κάτοικοι αὐτοῦ ἐνῶ φέρουσι Μωαμεθανικά ὀνόματα, οὐχ ἦττον βαπτίζουσιν ὀρθοδόξως τά τέκνα των καί σέβονται τάς εἰκόνας. Εἶναι ἐξ ἐκείνων, οἳτινες κατά τήν φοβεράν τοῦ εἲκοσι ἕνα ἐποχήν ὑπεχρεώθησαν ν' ἀσπασθῶσι τόν Μωαμεθανισμόν καί μετά ταῦτα φοβούμενοι πάντοτε τήν κρατοῦσαν φυλήν δέν ἐτόλμων παρρησίᾳ να ἐπανέλθωσιν εἰς τήν πίστιν τῶν πατέρων των. Σήμερον ὅμως, ὅτε ὁ φανατισμός τῶν Τούρκων οὐδέν πλέον σημαίνει ἐνταῦθα καί ἕκαστος εἶναι ἐλεύθερος νά πιστεύῃ ὅ,τι θέλει, ἀναγκαιότατον ἀποβαίνει νά ποτισθῶσιν οἱ δυστυχεῖς ἐκεῖνοι ἐκ τῶν Ἑλληνικῶν ναμάτων καί νά ἐνθαρρυνθῶσιν εἰς τήν ὁμολογίαν τῆς πίστεώς των».
Την ανάγκη επανόδου των λινοβαμβάκων στην πατρώα θρησκεία δεν αντιλαμβάνονταν όλοι όπως ο επίσκοπος Χρύσανθος. Υπήρχαν και άλλοι που τους θεωρούσαν περιφρονητικά σαν αποστάτες ή σαν δειλούς και ασταθείς ανθρώπους, που δεν θα γίνονταν πραγματικά πιστοί Χριστιανοί. Επίσης δεν μπορούσαν πολλοί τότε να αντιληφθούν τον ρόλο, που θα διαδραμάτιζε στις κυπριακές εξελίξεις μια μουσουλμανική κοινότητα ενισχυμένη αριθμητικά από ένα σημαντικό ποσοστό λινοβαμβάκων. Γi' αυτό παραμελήθηκε η προσπάθεια επανευαγγελισμού των λινοβαμβάκων, τη στιγμή που άλλοι παράγοντες είχαν αρχίσει να επενεργούν αρνητικά εις βάρος της Ορθοδόξου Εκκλησίας. Ένας παράγοντας ήταν το ενδιαφέρον της Καθολικής Εκκλησίας, η οποία, πιστεύοντας ότι ένα ποσοστό των λινοβαμβάκων είλκε την καταγωγή του από Καθολικούς Χριστιανούς που είχαν εξισλαμισθεί, ανέπτυξε κατά τα πρώτα χρόνια της Αγγλοκρατίας συστηματική προσπάθεια με κάποιον ιερέα ονόματι Celestino για προσηλυτισμό λινοβαμβάκων ορισμένων χωριών της επαρχίας Λεμεσού. Τα αποτελέσματα της προσπάθειας εκείνης ήσαν περιορισμένα (Κ.Α. Πιλαβάκη, Ἡ Λεμεσός σ' ἄλλους καιρούς, Λεμεσός, 1977, σ. 205).
Ένας δεύτερος και πολύ σημαντικότερος παράγοντας ήταν η ανάπτυξη του εθνικισμού ανάμεσα στους Ελληνοκυπρίους και τους Τουρκοκυπρίους μέσω της θρησκείας και κυρίως μέσω της παιδείας. Η ίδρυση τουρκικών σχολείων σε χωριά, όπου οι κάτοικοι ήσαν «Μουσουλμάνοι», αλλά ελληνόφωνοι κρυπτοχριστιανοί, όπως για παράδειγμα στη Λουρουτζίνα, τη Γαληνόπωρνη και αλλού, και σ' άλλα μουσουλμανικά ή μεικτά χωριά που είχαν λινοβαμβάκους, και η απαγόρευση σ' αυτούς από τους δασκάλους και τους χότζες να μιλούν ελληνικά, οδήγησε σιγά -σιγά στην απορρόφηση πολλών λινοβαμβάκων από τη μουσουλμανική θρησκεία και κοινότητα. Στα χρόνια που ακολούθησαν οι στενές και αρμονικές σχέσεις ανάμεσα στις δυο εθνικές κοινότητες του νησιού διαταράχτηκαν σημαντικά και εξαιτίας των διαφορετικών εθνικών προσανατολισμών τους και της διαιρετικής πολιτικής των Άγγλων κατακτητών και των αποσχιστικών ενεργειών της τουρκοκυπριακής ηγεσίας. Τα γεγονότα, που διαδραματίστηκαν στην Κύπρο κατά τα τελευταία 40-50 χρόνια, και που σχετίζονται με την τελευταία φάση του Κυπριακού ζητήματος, προκάλεσαν, ανάμεσα σ' άλλα, και τη διασάλευση των παραδοσιακών συνθηκών και σχέσεων μεταξύ Ελληνοκυπρίων και Τουρκοκυπρίων. Οι λινοβάμβακοι είχαν ήδη ενταχθεί στη μουσουλμανική κοινότητα και από γενεά σε γενεά προχωρούσε η αφομοίωσή τους. Η τουρκική εισβολή του 1974, που είχε σαν αποτέλεσμα την εκδίωξη των Ελληνοκυπρίων από τα καταληφθέντα εδάφη και τη μεταφορά των Τουρκοκυπρίων από τις ελεύθερες περιοχές στα κατεχόμενα εδάφη, επέβαλε με τη βία των όπλων ένα παράνομο εδαφικό, πολιτικό, οικονομικό και κοινωνικό διαχωρισμό των δυο εθνικών κοινοτήτων του κυπριακού λαού. Επιπλέον επιχειρείται εθνολογική αλλοίωση με τη μεταφορά κι εγκατάσταση στην Κύπρο δεκάδων χιλιάδων Τούρκων εποίκων από την Ανατολία. Κάτω από αυτές τις συνθήκες η παλαιότερη γενεά λινοβαμβάκων, που φέρονται ως Μουσουλμάνοι Τουρκοκύπριοι, επιβιώνει όπως και επί Τουρκοκρατίας με τον ίδιο όπως και τότε τρόπο, ίσως μάλιστα κάτω από δυσμενέστερες συνθήκες. Και σήμερα ακόμη πρέπει να υπάρχει ένας αριθμός κρυπτοχρισπανών λινοβαμβάκων, που δεν ξεχνούν την πατρική τους θρησκεία και γλώσσα και μερικοί απ' αυτούς ανάβουν μια λαμπάδα ή ένα κερί στο κατεχόμενο μοναστήρι του Αποστόλου Ανδρέα ή βλέπουν με θλίψη τις βεβηλωμένες εκκλησίες στις τουρκοκρατούμενες περιοχές του νησιού μας.