Ο Β΄ Παγκόσμιος πόλεμος δημιούργησε νέες συνθήκες στο νησί, ιδίως μετά την είσοδο και της Ελλάδας στον πόλεμο, στο πλευρό των Συμμάχων. Μέσα στη συγκλονιστική δίνη του πολέμου παρασύρθηκαν τα δικτατορικά μέτρα και σιωπηλά τερματίστηκε η περίοδος της Παλμεροκρατίας. Πολλοί Κύπριοι κατετάγησαν στον αγγλικό στρατό και οι Άγγλοι χρειάζονταν τώρα τους Κυπρίους. Το νέο πνεύμα (της προσωρινής) συμφιλίωσης ήταν ενδεικτικό και της στάσης του Λεοντίου έναντι των Βρετανών αποικιοκρατών. Μετά την ιταλική επίθεση κατά της Ελλάδας, ο Λεόντιος μίλησε σε παλλαϊκές συγκεντρώσεις στη Λεμεσό, στη Λάρνακα, στη Λευκωσία, στην Αμμόχωστο και αλλού, διακηρύσσοντας ότι τώρα όλα τα ζητήματα θα τα έλυε η κοινή νίκη, ότι παρῆλθε τό 9ετές σκότος (εννοώντας την περίοδο της Παλμεροκρατίας), προσθέτοντας: ...τώρα δυνάμεθα νά ἀτενίζωμεν τήν κυανόλευκον καί νά σᾶς ὁμιλῶ ἐλευθέρως (οι ελληνικές σημαίες είχαν απαγορευθεί μετά το 1931). Διαλαλούσε δε τη συνεργασία με τους Βρετανούς, κι ότι χωρίς Ἀγγλίαν καί χωρίς Ἑλλάδα ὁ κόσμος δέν ἀξίζει.
Στη Λεμεσό μάλιστα, στο στάδιο της πόλης, όπου μίλησε ο Λεόντιος στις 29 Οκτωβρίου του 1940, παρευρισκόταν ο Άγγλος διοικητής Άρθουρ. Όταν δε μαθητής έδωσε στο Λεόντιο ένα δάφνινο στεφάνι, εκείνος το πρόσφερε στον Άρθουρ. Ήταν χειρονομία που εξέφραζε την πίστη με την οποία πολέμησαν σε τόσα μέτωπα χιλιάδες Κύπριοι εθελοντές που είχαν ενισχύσει τις συμμαχικές δυνάμεις. Την πίστη ότι η μεγάλη νίκη κατά του ναζισμού και του φασισμού θα σήμαινε και την ελευθερία της μικρής Κύπρου. Τη μεγάλη ελπίδα που τελικά όμως διαψεύστηκε.
Στις 23 Μαϊου 1941 ο Λεόντιος, αντιδρώντας στην πρόσφατη ίδρυση του ΑΚΕΛ, εξήγγειλε την ίδρυση 6μελούς «Λαϊκού Συμβουλίου Εκκλησίας Κύπρου» που θα εκπροσωπούσε τις 6 επαρχίες και θα ήταν σώμα συμβουλευτικό για τον ίδιο. Και λίγο αργότερα ιδρύθηκαν και το ΚΕΚ (Κυπριακόν* Εθνικόν Κόμμα) και η ΠΕΚ (Παναγροτική* Ένωσις Κύπρου). Μέσα στο νέο κλίμα, έγιναν και οι δημοτικές εκλογές του 1943, στο παρασκήνιο των οποίων είχε εμπλακεί και ο τοποτηρητής Λεόντιος, βέβαια υπέρ της Δεξιάς.
Το Φεβρουάριο του 1943 πέρασε από την Κύπρο ο πρωθυπουργός της Μεγάλης Βρετανίας Ουίνστων Τσέρτσιλ* που συναντήθηκε στο κυβερνείο της Λευκωσίας με τον τοποτηρητή Λεόντιο και άλλους παράγοντες του νησιού, Ελληνοκυπρίους και Τουρκοκυπρίους. Ο Λεόντιος του είχε στείλει ήδη, λίγο πιο πριν, και τηλεγράφημα με το οποίο του υπενθύμιζε ότι η Κύπρος μάχεται και αυτή υπέρ της ελευθερίας, προσβλέπουσα στην ένωση με την Ελλάδα.
Το Μάιο του 1943 το ΑΚΕΛ (που υποστήριζε την ένωση με την Ελλάδα κι απέκτησε τη συμπάθεια του Λεοντίου τον οποίο κι άρχισε να επηρεάζει) ζήτησε τη σύσταση ενός εθνικού συμβουλίου με συμμετοχή όλων των οργανώσεων, υπό την προεδρία του Λεοντίου. Ο τοποτηρητής έκαμε διαβουλεύσεις με τις διάφορες παρατάξεις αλλά συνάντησε αντιδράσεις, κυρίως από το ΚΕΚ του Θ. Δέρβη. Ακολούθησαν διάφορες άλλες ζυμώσεις και τελικά ο Λεόντιος δεν κατόρθωσε παρά να συστήσει το Γραφείο Εθναρχίας Κύπρου που θα «ίστατο υπεράνω κομμάτων» και η ίδρυση του οποίου τερμάτισε τις προσπάθειες για συνεργασία όλων των παρατάξεων πάνω στο εθνικό θέμα. Το Γραφείο Εθναρχίας αποτελείτο από 21 μέλη, περιλαμβανομένου του τοποτηρητή, από τα οποία όμως αποκλείσθηκε η Αριστερά.
Ο Λεόντιος αρχιεπίσκοπος Κύπρου: Στο μεταξύ ο Λεόντιος δεν σταμάτησε να προσπαθεί να επιλύσει το αρχιεπισκοπικό ζήτημα με τη δημιουργία συνθηκών που να επιτρέπουν κανονική εκλογή αρχιεπισκόπου. Προς τούτο υπέβαλε μακρά υπομνήματα στις αρχές τόσο το 1942 όσο και το 1943. Δεν πέτυχε όμως θετική ανταπόκριση των Άγγλων και στις 30 Νοεμβρίου 1943, με τη συμπλήρωση 10 χρόνων από τη χηρεία του αρχιεπισκοπικού θρόνου, κήρυξε την Εκκλησία της Κύπρου ως ευρισκόμενη σε πένθος. Παράλληλα έκαμε διαβήματα και στο Λονδίνο.
Τον Οκτώβριο του 1945, μετά τη λήξη του πολέμου, ο Λεόντιος πήγε στην Αθήνα όπου παρέμεινε για δυο περίπου μήνες και είχε επαφές με τον αντιβασιλέα αρχιεπίσκοπο Δαμασκηνό, τον εξόριστο ακόμη επίσκοπο Κυρηνείας Μακάριο και άλλους παράγοντες.
Μετά το τέλος του πολέμου οι Κύπριοι πληροφορήθηκαν ότι η Μεγάλη Βρετανία εκπονούσε νέα σχέδια για την Κύπρο που καθόλου δεν ικανοποιούσαν τους πόθους του κυπριακού λαού. Σχηματίστηκε τότε μια πρεσβεία, υπό την αρχηγία του τοποτηρητή Λεοντίου και με τη συμμετοχή των Ζ. Ρωσσίδη, Δ.Ν. Δημητρίου και Ι. Κληρίδη, στην οποία θα προσετίθετο και ο Κυρηνείας Μακάριος που βρισκόταν ακόμη στην Αθήνα. Σκοπός της νέας αυτής αποστολής ήταν και πάλι η προώθηση του εθνικού ζητήματος. Η πρεσβεία αυτή το 1946 πήγε στην Αθήνα όπου είδε πολλούς πολιτικούς ηγέτες. Στη συνέχεια τα τέσσερα μόνο μέλη της (ο Λεόντιος και οι Ρωσσίδης, Δημητρίου και Κληρίδης) πήγαν στην Αγγλία. Την ίδια στιγμή οι εξόριστοι του 1931, μεταξύ των οποίων ο Κυρηνείας Μακάριος, ξεκινούσαν για να επιστρέψουν στην Κύπρο μετά την άρση της εξορίας τους. Στην Αθήνα η πρεσβεία δεν πέτυχε υποσχέσεις αισιόδοξες για την Κύπρο, ενώ στο Λονδίνο η απογοήτευση έγινε βεβαιότητα.
Μετά την επιστροφή του Λεοντίου στην Κύπρο, και την αποστολή στο νησί από το οικουμενικό πατριαρχείο του μητροπολίτη Δέρκων Ιωακείμ*, και μετά την κατάργηση των σχετικών νόμων της Παλμεροκρατίας, κατέστη πλέον δυνατή η εκλογή νέου αρχιεπισκόπου που όμως δεν έγινε χωρίς προβλήματα. Ο Δέρκων Ιωακείμ, που προήδρευε της Ιεράς Συνόδου, είχε να αντιμετωπίσει τα πολιτικά πάθη που άρχισαν να φουντώνουν και πάλι, καθώς οι δυο Κύπριοι επίσκοποι, Μακάριος και Λεόντιος, αντιπροσώπευαν δυο διαφορετικές μερίδες του λαού. Και οι δυο όμως δέχθηκαν εισήγηση του Δέρκων (που ήταν και παλαιότερη δέσμευσή τους όπως αναφέρθηκε πιο πάνω) να μη διεκδικήσουν εκλογή τους. Η Αριστερά όμως επέμενε στην υποψηφιότητα του Λεοντίου ενώ η Δεξιά υπέδειξε ως υποψήφιο τον αρχιεπίσκοπο Σιναίου Πορφύριο* τον οποίο ευνοούσε και το οικουμενικό πατριαρχείο. Ο Λεόντιος αρνήθηκε πεισματικά να θεωρείται ως υποψήφιος καθ' όλη τη διάρκεια της προεκλογικής περιόδου, ακόμα και κατά τη διαδικασία εκλογής των αντιπροσώπων του λαού και δήλωνε ότι δεν θ’ αποδεχόταν τυχόν εκλογή του.
Παρ’ όλα αυτά ο Λεόντιος εξελέγη αρχιεπίσκοπος Κύπρου πανηγυρικά στις 20 Ιουνίου 1947. Αμέσως όμως δήλωσε ότι δεν αποδεχόταν την εκλογή του, αφού του είχε τονισθεί με σαφήνεια ότι δεν θα είχε τη συνεργασία του Κυρηνείας Μακαρίου που τον κατηγορούσε ότι δεν είχε κρατήσει τον λόγο του. Απειλήθηκε τότε μια νέα μεγάλη εκκλησιαστική κρίση, όμως οι συνεχείς, επίμονες, εύστοχες και έγκαιρες παρεμβάσεις του Δέρκων Ιωακείμ είχαν σαν αποτέλεσμα την τελική αποδοχή από όλους της εκλογής του Λεοντίου και την αποφυγή της σύγκρουσης που θα ήταν καταστροφική.
Ο Δέρκων Ιωακείμ παρέμεινε στην Κύπρο και μετά την εκλογή του Λεοντίου γιατί έπρεπε να πληρωθούν και οι κενές θέσεις των επισκόπων Κιτίου και Πάφου (η δεύτερη έδρα κενώθηκε με την εκλογή του Λεοντίου ως αρχιεπισκόπου).
Αμέσως μετά την εκλογή του ο Λεόντιος προσπάθησε και πάλι να επιτύχει συνθήκες ενότητας και συνεργασίας, αλλά απέτυχε. Ήλθε δε και σε ανοικτή διαφωνία προς το ΑΚΕΛ, γιατί το τελευταίο είχε αποδεχθεί συμμετοχή του στη Συμβουλευτική Συνέλευση (γνωστή ως διασκεπτική*) που είχαν προτείνει οι Άγγλοι σχετικά με το μέλλον της Κύπρου και την οποία προώθησε ο νέος κυβερνήτης της Κύπρου λόρδος Γουΐνστερ*. Η εθναρχούσα Εκκλησία απέρριψε ασυζητητί την πρόταση, σχετικό δε είναι το διάγγελμα του αρχιεπισκόπου Λεοντίου που εξέδωσε στις 12 Ιουλίου 1947.
Η κακή υγεία όμως του αρχιεπισκόπου (χρόνια πάθηση αμυγδαλών η οποία του προκάλεσε σοβαρές επιπλοκές και πυρετούς) τον οδήγησε σε πρόωρο θάνατο στις 26 Ιουλίου 1947, μόνο 36 μέρες μετά την εκλογή του στον αρχιεπισκοπικό θρόνο και σε ηλικία μόλις 51 χρόνων.
Διάδοχός του στον αρχιεπισκοπικό θρόνο εξελέγη ο από Κυρηνείας Μακάριος Β΄.