Στις 16 Noεμβρίου του 1933 πέθανε, σε ηλικία 74 χρόνων, ο αρχιεπίσκοπος Κύριλλος Γ΄, τον δε θάνατό του ανήγγειλε με εγκύκλιό του ο Λεόντιος, ο μόνος πλέον ιεράρχης που είχε απομείνει στην Κύπρο. Στις 18 Νοεμβρίου, με έγγραφό του στον κυβερνήτη, ο Λεόντιος του γνωστοποιούσε ότι ανελάμβανε ως τοποτηρητής. Σύμφωνα όμως προς τον ισχύοντα τότε καταστατικό χάρτη της Εκκλησίας της Κύπρου, ο Λεόντιος ως τοποτηρητής δεν εδικαιούτο να επιφέρει οποιεσδήποτε αλλαγές στα εκκλησιαστικά πράγματα της αρχιεπισκοπικής περιφέρειας. Φυσικά ούτε κανονική σύνοδο μπορούσε να συγκαλέσει. Προσπάθησε ωστόσο ο Λεόντιος να προχωρήσει σε προκήρυξη εκλογών για πλήρωση του χηρεύοντος αρχιεπισκοπικού θρόνου, αλλά συνάντησε δυσκολίες τόσο από τους Άγγλους (στις 25 Νοεμβρίου 1933 ο αποικιακός γραμματέας τον πληροφόρησε γραπτώς ότι εν ουδεμία περιπτώσει θα επιτραπή εις τους απελαθέντας δυο επισκόπους να επανέλθουν εις Κύπρον) όσο και από τους δυο εξόριστους επισκόπους που ζήτησαν αναβολή των εκλογών σε ευθετότερο χρόνο, προφανώς επειδή ήθελαν να μπορούν να θέσουν και οι ίδιοι υποψηφιότητα. Στο μεταξύ, τον Δεκέμβριο του 1933 έφθασε στην Κύπρο νέος κυβερνήτης, ο Χ.Ρ. Πάλμερ*, που έμελλε να δώσει το όνομά του σε μια περίοδο της κυπριακής ιστορίας που χαρακτηριζόταν από τυραννική καταπίεση, τη γνωστή περίοδο της Παλμεροκρατίας*.
Ο Λεόντιος βρέθηκε, εν πάση περιπτώσει, ενώπιον μιας καταστάσεως που, ό,τι κι αν έκανε, βρισκόταν υπό κατηγορίαν: κατηγορήθηκε ότι επεδίωξε την διεξαγωγή αρχιεπισκοπικών εκλογών επειδή τον ευνοούσαν μια και ήταν ο μόνος ιεράρχης στο νησί, κι όταν τις ανέβαλε, κατηγορήθηκε ότι το έκανε επίτηδες επειδή έτσι θα παρέμενε ως τοποτηρητής. Έγιναν διάφορες ζυμώσεις και σκέψεις από διάφορες κατευθύνσεις για να εξευρεθούν τρόποι εξόδου από το εκκλησιαστικό αδιέξοδο (όπως σύγκληση συνόδου με συμμετοχή ιεραρχών από γειτονικά πατριαρχεία, παραίτηση των δυο εξόριστων επισκόπων και αντικατάστασή τους με άλλους από την Ελλάδα κλπ.) αλλά λύση δεν βρέθηκε και το όλο ζήτημα παρέμενε ανοικτό. Ο Λεόντιος εξέδωσε μάλιστα εγκυκλίους κι έγραψε άρθρα για να εξηγήσει τη θέση του και την όλη κατάσταση στην οποία άρχισαν ν’ αναμειγνύονται και τα πατριαρχεία. Όταν δε ο Λεόντιος ζήτησε από τον κυβερνήτη Πάλμερ βεβαίωση ότι δεν θα απαγόρευε την επάνοδό του στην Κύπρο εάν πήγαινε στην Αθήνα και στα Ιεροσόλυμα για συνεννοήσεις με τους εξόριστους Κυρηνείας και Κιτίου, ο Πάλμερ απάντησε ότι η επιστροφή του θα εξαρτάτο από το εάν θα απέφευγε αντικυβερνητικές ενέργειες κατά το ταξίδι του. Άφηνε δηλαδή μια απειλή ότι θα του απαγόρευε την επάνοδο, αφού αυθαίρετα ο ίδιος μπορούσε να κρίνει ο,τιδήποτε ως «αντικυβερνητική ενέργεια». Ωστόσο οι δυο εξόριστοι επίσκοποι συναντήθηκαν στα Ιεροσόλυμα τον Ιανουάριο του 1935 και αποφάσισαν να ταχθούν υπέρ της συνέχισης της αναβολής εκλογής αρχιεπισκόπου, την δε απόφασή τους γνωστοποίησαν με επιστολή τους στον Λεόντιο στην Κύπρο. Ο τελευταίος αναγκαστικά συμφώνησε μαζί τους και το ανακοίνωσε επίσημα στις 8 Μαρτίου 1935. Η απόφαση όμως για αναβολή της εκλογής αρχιεπισκόπου επ’ αόριστον δεν ικανοποίησε το οικουμενικό πατριαρχείο, που πρότεινε παραίτηση των δυο εξόριστων Κυπρίων επισκόπων και τοποθέτησή τους στις μητροπόλεις Καστοριάς και Πρεβέζης στην Ελλάδα (που ήσαν τότε κενές). Με την παραίτησή τους, θα μπορούσαν να διοριστούν ή εκλεγούν νέοι επίσκοποι στην Κύπρο και θα ελύετο το ζήτημα. Το πατριαρχείο προσπάθησε να προωθήσει τη θέση του αυτή, αλλά οι δυο εξόριστοι ιεράρχες δεν συμφώνησαν να παραιτηθούν από τις έδρες τους στην Κύπρο.
Το όλο ζήτημα πήρε τεράστιες διαστάσεις με την ανάμειξη αρχηγών πολλών Ορθοδόξων Εκκλησιών, ο δε Λεόντιος βρέθηκε υπό κατηγορίαν — από διάφορες κατευθύνσεις — ότι δεν προχωρούσε στη διενέργεια εκλογής αρχιεπισκόπου. Τα πράγματα περιπλέχθηκαν με τη σύγκρουση του Λεοντίου προς τον εξόριστο επίσκοπο Νικόδημο Μυλωνά και την αντιπαράθεσή του προς τη Θρονική Επιτροπή, στην Κύπρο. Μάλιστα η Θρονική Επιτροπή αρνήθηκε το 1937 να εγκρίνει τα έξοδα μεταβάσεως του Λεοντίου στο εξωτερικό, για να πραγματοποιηθεί εκτός Κύπρου σύνοδος των Κυπρίων επισκόπων. Τούτο αποτελούσε πίεση επί του Λεοντίου να δεχθεί τις θέσεις του οικουμενικού πατριαρχείου. Ο Λεόντιος προσπάθησε να βρει ατμοπλοϊκό εισιτήριο για να πάει στην Ελλάδα προς συνάντηση του Κυρηνείας Μακαρίου, αλλά του ελέχθη ότι χρειαζόταν την εκ των προτέρων έγκριση της ελληνικής κυβέρνησης. Σε διάβημα του στις ελληνικές αρχές, πήρε την απάντηση ότι του επιτρεπόταν η προσέγγιση σε ελληνικά λιμάνια αλλά όχι η αποβίβασή του σε ελληνικό έδαφος! (εφημ. Ἐλευθερία, 17 Ιουλίου 1937). Ο Λεόντιος αναχώρησε ωστόσο για τον Πειραιά με το πλοίο «Αττική» και συναντήθηκε με τον Κυρηνείας Μακάριο πάνω στο σκάφος. Από τη συνάντηση προέκυψε ότι ο Μακάριος αποδεχόταν να διορίσει αντιπρόσωπό του στην αρχιεπισκοπική εκλογή αλλά υπό τον όρο και οι τρεις Κύπριοι επίσκοποι να παραιτηθούν του δικαιώματος να εκλεγούν αρχιεπίσκοποι. Ο Λεόντιος κι ο Μακάριος φαίνεται ότι είχαν επίσης συμφωνήσει όπως νέος αρχιεπίσκοπος Κύπρου εκλεγεί ο Τραπεζούντος Χρύσανθος, ο οποίος είχε δραστηριοποιηθεί κατά τα προηγούμενα χρόνια προς επίλυση του αρχιεπισκοπικού* ζητήματος της Κύπρου, ως απεσταλμένος του οικουμενικού πατριαρχείου. Τούτο όμως δεν άρεσε στον Κιτίου Νικόδημο, τον οποίο ο Λεόντιος επισκέφθηκε αμέσως μετά στα Ιεροσόλυμα. Ωστόσο κι ο Κιτίου συμφώνησε να εκπροσωπηθεί από αντιπρόσωπό του, πράγμα που ανακοίνωσε ο Λεόντιος επιστρέφοντας στην Κύπρο. Λίγο αργότερα όμως, στις 13 Σεπτεμβρίου 1937, ο Κιτίου Νικόδημος Μυλωνάς πέθανε στα Ιεροσόλυμα σε ηλικία μόλις 48 χρόνων. Ο θάνατός του στην εξορία συγκίνησε ολόκληρη την Κύπρο αλλά δημιούργησε και νέες επιπλοκές στην επίλυση του εκκλησιαστικού ζητήματος, ενώ ο Λεόντιος (που παρέστη στην κηδεία στα Ιεροσόλυμα) ανελάμβανε τώρα και την τοποτηρητεία του θρόνου Κιτίου.
Στο μεταξύ και νέα σοβαρή επιπλοκή δημιουργήθηκε όταν ο κυβερνήτης Πάλμερ προώθησε νομοσχέδιο με το οποίο αποκλειόταν η εκλογή στον αρχιεπισκοπικό θρόνο «ανεπιθύμητων προσώπων» και καθοριζόταν ότι η εκλογή αρχιεπισκόπου υπόκειτο και στην τελική έγκριση του κυβερνήτη! Η απαίτηση του κυβερνήτη όμως δεν ήταν δυνατό να γίνει αποδεκτή από την Εκκλησία αφού, σύμφωνα προς το δόγμα της, η εκλογή αρχιεπισκόπου γίνεται με τη φώτιση και επέμβαση του Αγίου Πνεύματος και συνεπώς δεν είναι δυνατό να υπόκειται στην τελική έγκριση του κυβερνήτη.
Η προσπάθεια του Πάλμερ να επεμβαίνει άμεσα στα εκκλησιαστικά πράγματα της Κύπρου και να τα θέσει υπό τον πλήρη έλεγχό του ήταν ένα από πολλά σκληρά μέτρα που προώθησε στην Κύπρο και αφορούσαν όχι μόνο την εκκλησιαστική αλλά και την εθνική και κοινωνική ζωή του νησιού.
Στο μεταξύ, τον Νοέμβριο του 1937, ο Λεόντιος πήγε ξανά στην Αθήνα όπου συζήτησε το εκκλησιαστικό ζήτημα με τον Κυρηνείας Μακάριο και με διάφορες προσωπικότητες (όπως ο καθηγητής Αμίλκας Αλιβιζάτος) κι αποφασίσθηκε να έλθουν στην Κύπρο οι μητροπολίτες Τραπεζούντος Χρύσανθος και Σιναίου Πορφύριος που, μαζί με τον τοποτηρητή, θ’ αποτελούσαν σύνοδο, η οποία θα προχωρούσε στη διενέργεια εκλογής αρχιεπισκόπου. Όμως ο Πάλμερ προχώρησε στη δημοσίευση του νομοσχεδίου (επρόκειτο για δυο νόμους) που: α) απέκλειε μερικά πρόσωπα από του να εκλεγούν στο αξίωμα του αρχιεπισκόπου Κύπρου και β) έδιδε στον ίδιο την εξουσία για την τελική έγκριση της εκλογής αρχιεπισκόπου. Με τον πρώτο νόμο αποκλείονταν από του να εκλεγούν πρόσωπα που δεν ήσαν Κύπριοι, και φυσικά και ο Τραπεζούντος Χρύσανθος. Ο Λεόντιος αντέδρασε, αλλά και ο Τραπεζούντος (που βρισκόταν στην Αθήνα) είχε επαφές με τον Άγγλο πρέσβυ στην ελληνική πρωτεύουσα. Δεν υπήρξε όμως αποτέλεσμα και οι προσπάθειες εκλογής αρχιεπισκόπου ανεστάλησαν, μέχρις ότου εξασφαλισθεί κανονική διεξαγωγή της, σύμφωνα προς τον καταστατικό χάρτη της Εκκλησίας.
Εντοπισμός του Λεοντίου στην Πάφο: Παρά το ότι όλο αυτό το διάστημα ο Λεόντιος κατατρυχόταν με το ζήτημα της εκλογής αρχιεπισκόπου, δεν παρέλειπε να επισκέπτεται διάφορα μέρη του νησιού και να κάμνει και ομιλίες, παρά τις αυστηρές απαγορεύσεις. Έδρα του είχε την Αρχιεπισκοπή στη Λευκωσία. Μετά τους νόμους του Πάλμερ για το αρχιεπισκοπικό, και προφανώς σ’ αντίδραση προς αυτούς, ο Λεόντιος ενέτεινε τις επισκέψεις και τις ομιλίες του, που έγιναν από τον Ιανουάριο του 1938 ιδιαίτερα τολμηρές. Μεταξύ του Ιανουαρίου και του Απριλίου του 1938 οι αστυνομικοί του Πάλμερ κατέγραψαν έξι ομιλίες του Λεοντίου που μπορούσαν να θεωρηθούν ότι κήρυσσαν την επανάσταση. Ο κυβερνήτης δεν άργησε να δράσει, και ο Λεόντιος κλήθηκε να παρουσιαστεί στο δικαστήριο της Λεμεσού στις 20 Απριλίου του 1938, που ήταν Αγία Τετάρτη, επειδή στις επαρχίες Λευκωσίας, Λεμεσού, Λάρνακας και Πάφου είχε «χρησιμοποιήσει γλώσσαν δυναμένην να διαταράξει την δημοσίαν ειρήνην».
Η δίκη συγκέντρωσε και πάλι τεράστιο ενδιαφέρον και περιγράφεται λεπτομερώς στην εφημερίδα Ἐλευθερία, ημερομηνίας 2 Απριλίου 1938. Το δικαστήριο δεν επέτρεψε στον ιεράρχη να απολογηθεί αλλά αρκέστηκε στην αρχική παραδοχή του. Επέβαλε δε σ΄ αυτόν την ποινή που ο ίδιος ο κυβερνήτης επιθυμούσε: να εντοπισθεί στην Πάφο (χωρίς δικαίωμα διακινήσεώς του εκτός των δημοτικών ορίων του Κτήματος χωρίς την άδεια του αστυνόμου Πάφου) και να βρίσκεται υπό αστυνομική επιτήρηση. Η ποινή άρχιζε από την ίδια κιόλας ημέρα, και ίσχυε για ένα χρόνο.
Από την Πάφο ο Λεόντιος συνέχισε να διοικεί την Εκκλησία της Κύπρου, ενώ στις διάφορες έδρες είχε τοποθετήσει εκπροσώπους του: στην Αρχιεπισκοπή τον έξαρχο Ιερώνυμο, στην επισκοπή Κιτίου τον αρχιμανδρίτη Μακάριο, στην επισκοπή Κυρηνείας τον αρχιμανδρίτη Ιάκωβο Αρνόπουλο και στην επισκοπή Πάφου τον αρχιμανδρίτη (μετέπειτα επίσκοπο) Γεννάδιο.
Ενώ πλησίαζε ο χρόνος τερματισμού της ποινής του, ο Λεόντιος έκαμε ομιλία στην Πάφο στις 25 Μαρτίου του 1939, με την ευκαιρία δοξολογίας για την εθνική επέτειο, πράγμα που θεωρήθηκε απαράδεκτο από τον Πάλμερ. Ο κυβερνήτης παραβίασε και ερεύνησε το κτίριο της Αρχιεπισκοπής στη Λευκωσία, σ’ αναζήτηση ενοχοποιητικών εγγράφων, πράγμα που ο Λεόντιος από την Πάφο κατάγγειλε με επιστολές του σε αρχηγούς ξένων Εκκλησιών, ανατολικών και δυτικών. Μόλις δε έληξε η ποινή του εντοπισμού του, ο Λεόντιος ξεκίνησε για την πρωτεύουσα Λευκωσία, μη παραλείποντας να κάνει καθ’ οδόν ομιλίες και να καταγγέλλει την αγγλική καταπίεση να τονίζει την αγάπη προς την Ελλάδα. Δεν άργησε όμως να παραλάβει, στη Λευκωσία, μια νέα κλήση ημερομηνίας 1η Μαϊου 1939, να εμφανισθεί και πάλι ενώπιον του δικαστηρίου Λεμεσού. Η τρίτη δίκη του έγινε και πάλι στη Λεμεσό στις 15 Μαϊου 1939. Κράτησε τρεις μέρες και συγκέντρωσε και πάλι το παγκύπριο ενδιαφέρον (περιγραφή της βλέπε εφημ. Ἐλευθερία ημερ. 16,17,18.5.1939). Η απόφαση του δικαστηρίου ήταν εντοπισμός του Λεοντίου για ένα ακόμη χρόνο στην Πάφο, με τους ιδίους όρους. Την ίδια περίοδο έγιναν και άλλες δίκες ιερέων και άλλων παραγόντων που κατηγορήθηκαν επειδή οργάνωσαν υποδοχές απ’ όπου περνούσε ο τοποτηρητής στο σύντομο διάστημα της ελευθερίας του, χτυπούσαν τις καμπάνες των εκκλησιών και άλλα παρόμοια.
Η νέα καταδίκη του Λεοντίου επισφράγισε και το τέλος της θητείας του Πάλμερ στην Κύπρο, τον οποίο αντικατέστησε ο κυβερνήτης Μπάττερσιλ*. Σ’ ό,τι αφορούσε τα εκκλησιαστικά πράγματα, ο νέος κυβερνήτης δεν θέλησε να τροποποιήσει τις αποφάσεις και τους νόμους του Πάλμερ, εκτός από προθυμία του για άρση μόνο του περιορισμού για τους υποψηφίους.