Η Λεμεσός άρχισε ν' αναπτύσσεται αμέσως μετά την έναρξη της Φραγκοκρατίας. Η περίοδος της Φραγκοκρατίας άρχισε από το 1192, όταν ο Ριχάρδος ο Λεοντόκαρδος μετά την αποτυχημένη πώληση της Κύπρου στους Ναΐτες ιππότες, πούλησε το νησί στον ευγενή Γουίδο (Γκυ) ντε Λουζινιάν, ιδρυτή της δυναστείας των Λουζινιανών βασιλιάδων του μεσαιωνικού κυπριακού βασιλείου. Το νησί άρχισε τότε να οργανώνεται σε βασίλειο, όμως ο ίδιος ο Γουίδος δεν πρόλαβε να γίνει βασιλιάς της Κύπρου επειδή πέθανε δυο μόλις χρόνια αργότερα, το 1194, (είχε όμως διατελέσει βασιλιάς των Ιεροσολύμων από το 1186 μέχρι το 1192). Επίσημα το μεσαιωνικό κυπριακό βασίλειο συνεστήθη το 1197 και πρώτος βασιλιάς έγινε ο αδελφός του Γουίδου, ο Αμωρύ ντε Λουζινιάν (1197-1205). Το βασίλειο επέζησε μέχρι το 1489, οπότε η Κύπρος πέρασε κάτω από την κυριαρχία της Βενετίας. Στους τρεις περίπου αιώνες της Φραγκοκρατίας, η Λεμεσός γνώρισε σημαντική ακμή αλλά και κατέληξε σε παρακμή.
Από τα πρώτα κιόλας χρόνια της Φραγκοκρατίας, η Λεμεσός έγινε έδρα ενός από τους τρεις Λατίνους επισκόπους του νησιού (Αμμοχώστου, Λεμεσού, Πάφου), ενώ στη Λευκωσία έδρευε ο Λατίνος αρχιεπίσκοπος. Πρώτος γνωστός Λατίνος επίσκοπος Λεμεσού αναφέρεται ο Φουλκς (Foulques) που κατείχε τον θρόνο λίγο μετά το 1210. Η Λατινική επισκοπική έδρα της Λεμεσού διατηρήθηκε μέχρι την τουρκική κατάκτηση του νησιού, το 1570.
Παλαιότεροι συγγραφείς υποστήριξαν ότι η Λεμεσός (Νεάπολις) είχε ιδρυθεί από τους Φράγκους αμέσως μετά την έναρξη της Φραγκοκρατίας. Ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός ( Ἱστορία Χρονολογική..., Βενετία, 1788, σ. 23) γράφει:
Νεάπολις πόλις νεωτέρα ۬ αὓτη κατέστη χώρα [=πόλη] μάλιστα ἀφ' οὖ ὁ Ῥιχάρδος τῆς Ἐγκλητέρρας βασιλεύς, ἐχάλασε τήν Ἀμαθοῦντα. ἘκτΙσθη ἀπό τούς πρώτους βασιλεῖς Λουζινιανούς, καί μάλιστα ἀπό τόν πρῶτον Γουΐδον ἐν ἕτει 1196, εἰς τιμήν τῆς Πατρίδος του, καί ὠνόμασεν αὐτήν Λεμεσόν, ἀπό τό ὄνομα αὐτῆς [=της πατρίδας του] Λιμόσινο λεγομένην, ἐκ μιᾶς ἐπαρχίας τῆς Φράντζας [=Γαλλίας]... Ἀφ 'οὖ ἐτελειώθη ἡ χώρα, οἰκοδομήθησαν πολλαί ἐκκλησίαι καί μοναστήρια Ῥωμαίων [=Ελλήνων] καί Λατίνων...
Όμως, όπως είδαμε πιο πάνω, η Νεάπολις (και Νέμεσος) αναφέρεται στις πηγές πολύ πριν από το 1196 οπότε ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός τοποθετεί χρονικά την ίδρυση της πόλης. Δεν ιδρύθηκε τότε η πόλη, που ήταν της Βυζαντινής περιόδου, αλλά αυτή την εποχή ενισχύθηκε σημαντικά με την εγκατάσταση κατοίκων της κατεστραμμένης Αμαθούντος και με την εγκατάσταση Λατίνων ευγενών και κληρικών για τους οποίους άρχισαν να οικοδομούνται και μέγαρα. Σημαντικότατος επίσης παράγων στην ανάπτυξη της πόλης, αλλά και γενικότερα στην αναβάθμιση της στρατηγικής σημασίας της Κύπρου για τους δυτικούς, υπήρξε η σταδιακή απώλεια της Συρίας και της Παλαιστίνης που ανακατελήφθησαν από τους Μωαμεθανούς. Η πτώση της Άκρας (Συρία) το 1291, απετέλεσε το τελευταίο ισχυρό πλήγμα για τους δυτικούς και την ολοκληρωτική απώλεια της Συρίας και της Παλαιστίνης. Φυγάδες από τις περιοχές αυτές (φεουδάρχες, ευγενείς, Λατίνοι) εγκαταστάθηκαν στη Λεμεσό όπως και σε άλλα μέρη της Κύπρου.
Σύμφωνα προς σχετικές μαρτυρίες, η Λεμεσός είχε αποκτήσει τότε πολλά λαμπρά οικοδομήματα, κατοικίες, πύργους, εκκλησίες και μοναστήρια. Ήταν επίσης περιτειχισμένη με περίπου κυκλικό τείχος ενώ κατά τις αρχές του 13ου αιώνα ήταν ήδη κτισμένο και το κάστρο της πόλης. Το 1228, όταν έφθασε στη Λεμεσό ο αυτοκράτορας της Γερμανίας Φρειδερίκος Β', αναφέρεται ότι το κάστρο της πόλης είχε χρησιμοποιηθεί ως φυλακή όπου κρατήθηκαν όμηροι των αντιπάλων του στο νησί. Πάντως η ανάπτυξη της φαίνεται πως μόλις είχε αρχίσει το 1211, όταν επεσκέφθη την Κύπρο ο Βίλμπραντ, κόμης του Όλτενμπουργκ (Wilbrand of Oldenburg) που στο ταξιδιωτικό κείμενό του ονομάζει τη Λεμεσό Lamezis, γράφοντας: ...Αυτή είναι πόλη αλλά όχι ισχυρά οχυρωμένη, κτισμένη δίπλα στη θάλασσα, με πολυσύχναστο λιμάνι. Εδώ είναι η έδρα του πρώτου βοηθού επισκόπου του λόρδου επισκόπου της Λευκωσίας. Κοντά βρίσκονται οι αμπελώνες του Εγκαδί που αναφέρονται στο «Άσμα Ασμάτων [του Σολομώντος]. ...Τα κρασιά της περιοχής είναι εξαιρετικά...
Για τους αμπελώνες Εγκαδί ή Εγγαδδί που αναφέρουν τόσο ο Όλτενμπουργκ όσο και άλλοι περιηγητές (ο Βοldensele στα 1333 και ο Ludolf von Suchen στα 1336) ότι βρίσκονταν κοντά στη Λεμεσό, βλέπε στο λήμμα αμπελώνας Εγκαδί ή Εγγαδδί. Ο L. ν. Suchen δίνει και την πληροφορία ότι στους αμπελώνες, που ανήκαν στους Ναΐτες, εργάζονταν πέραν των 100 Σαρακηνών σκλάβων.
Ο ιστορικός του 16ου αιώνα Φλώριος Βουστρώνιος δίνει πληροφορίες για ύπαρξη σημαντικών μεσαιωνικών οικοδομημάτων στη Λεμεσό. Κάνει λόγο για ισχυρή παρουσία του Τάγματος των Ναϊτών στην πόλη αυτή, όπου διέθεταν και δικό τους Οίκο. Το 1308, όταν επρόκειτο να συλληφθούν (ύστερα από εντολή του πάπα) τα μέλη του Τάγματος, οι Ναΐτες οχυρώθηκαν στον Οίκο τους. Με βάση την αναφορά του Φλωρίου, αυτός ο Οίκος θα πρέπει να θεωρήσουμε ότι ήταν ισχυρό κτίσμα, οχυρωμένο, με μεγάλη εσωτερική αυλή και δωμάτια που άνοιγαν σ’ αυτήν, αποθήκες και, προφανώς, και ναό. Γράφει συγκεκριμένα ο Φλώριος: «Στη Λεμεσό υπήρχε φρούριο των Ναϊτών, που είχε κτιστεί με μεγάλη τέχνη και μαστοριά, ένα ακατανίκητο οχυρό. Μετά τη πτώση του Τάγματος το φρούριο έγινε ιδιοκτησία του δημοσίου...»
Όταν οι Ναΐτες αναγκάστηκαν να παραδοθούν, γράφει ο Φλώριος, έστειλαν τα όπλα και τα άλογά τους «στο βασιλικό ανάκτορο της Λεμεσού». Δεν έχουμε συγκεκριμένες πληροφορίες γι’ αυτό το «βασιλικό ανάκτορο». Πιθανότατα επρόκειτο για το φρούριο της πόλης, το οποίο αποτελούσε βασιλική ιδιοκτησία και ήταν εκτενέστερο αυτού που σώζεται σήμερα. Στο φρούριο αυτό δεν φαίνεται να είχε καταλύσει ο Γερμανός αυτοκράτορας Φρειδερίκος Β΄ το 1228, αφού ο Φλώριος γράφει ότι ο αυτοκράτορας είχε αρχικά εγκατασταθεί σε κάποια κατοικία όπου όμως δεν αισθανόταν ασφαλής και μετακόμισε «στον πύργο των Ιωαννιτών». Συνεπώς στην πόλη είχε ισχυρό δικό του πύργο και το Τάγμα των Ιωαννιτών. Αυτός ο πύργος, κατά τον Φλώριο, «ήταν ισχυρός και βρισκόταν κοντά στην ακτή».
Ένα τέτοιο των οικοδομημάτων της πόλης θα πρέπει να είχε χρησιμοποιήσει για διαμονή και ο βασιλιάς της Γαλλίας «Άγιος» Λουδοβίκος Θ΄ που μαζί με το στρατό του κατά την αποτυχημένη του εκστρατεία στην Αίγυπτο, είχε φθάσει στη Λεμεσό τον Σεπτέμβριο του 1248 και είχε παραμείνει στην πόλη ολόκληρο τον χειμώνα.
Ο Φλώριος κάνει επίσης λόγο και για ισχυρή παρουσία κοινότητας Εβραίων στη Λεμεσό (προφανώς εμπόρων κυρίως). Σ’ αυτούς επέβαλε φορολογία ο αντιβασιλιάς της Κύπρου Αμωρύ το 1310, προς συγκέντρωση χρημάτων για βελτίωση των οχυρώσεων της Αμμοχώστου.
Τέλος, ο Φλώριος κάνει λόγο και για μεγάλη πλημμύρα από καταρρακτώδεις βροχές που έπληξε κυρίως τη Λευκωσία, αλλά και τη Λεμεσό τον Νοέμβριο του 1330, «όπου υπήρξαν μεγάλες καταστροφές και πνίγηκαν 2.000 άνθρωποι. Σχεδόν ολόκληρη η πόλη της Λεμεσού καταστράφηκε ολοσχερώς, ενώ σκοτώθηκαν και πολλά ζώα και κυρίως άλογα...».
Έναν και πλέον αιώνα μετά την επίσκεψη του Όλτενμπουργκ στη Λεμεσό, η πόλη απαντάται να είναι σχεδόν κατεστραμμένη σε κείμενα άλλων περιηγητών. Και πράγματι, μια σειρά από συμφορές ακολούθησε, που περιελάμβανε επιθέσεις Σαρακηνών (1221), σεισμούς (1222), επίθεση του Μπαϊμπάρς (1271), εκτεταμένες πλημμύρες (1330), επιδρομή και λεηλασία των Γενουατών (1373), νέες επιθέσεις των Γενουατών (1402 και 1408), πυρπόλησή της από τους Αιγυπτίους (1413), επιδρομές των Αιγυπτίων (1424, 1425, 1426), επίθεση των Τούρκων (1538), σεισμούς (1567,1568) και άλλα για τα οποία γίνεται λόγος στη συνέχεια. Έτσι, ήδη από το πρώτο μισό του 14ου αιώνα, οι αναφορές των ξένων περιηγητών μιλούν για μια κατεστραμμένη πόλη.
Ο Ludolf von Suchen που κάνει λόγο και για τους αμπελώνες Εγκαδί, γράφει μετά την επίσκεψή του μεταξύ του 1336 και του 1341:
...Σε λίγη απόσταση από την Πάφο βρίσκεται η πόλη Νυμόσια [=Νέμεσος, Λεμεσός], η οποία ήταν κάποτε ωραία, σήμερα όμως κατεστραμμένη από τους συνεχείς σεισμούς και πλημμύρες που κατεβαίνουν απότομα από το βουνό. Η πόλη κτίστηκε στην παραλία ακριβώς απέναντι από την Τύρο, τη Σιδώνα και τη Βηρυτό. Μετά την απώλεια της Άκρας εγκαταστάθηκαν στην πόλη οι Ναΐτες κι οι Αδελφοί του Νοσοκομείου του Αγίου Ιωάννη καθώς κι άλλοι ευγενείς και αστοί, των οποίων πολλά από τα μέγαρα και κάστρα ακόμη φαίνονται...
Ο ντ' Αγκλούρ (D' Anglure) που είδε τη Λεμεσό το 1395-96, αναφέρεται κυρίως στην καταστροφή της από τους Γενουάτες το 1373:
...Αποβιβασθήκαμε στην ίδια πόλη Λεμεσό, η οποία πριν ήταν πολύ ωραία... Να γνωρίζετε ότι η πόλη Λεμεσός, η οποία είναι κατά το πλείστον ακατοίκητη και καταστράφηκε τα παλιά χρόνια από τους Γενουάτες...
Ο Φέλιξ Φέιμπερ (Felix Faber) που γνώρισε τη Λεμεσό το 1483, μας δίνει περισσότερες λεπτομέρειες γράφοντας γι' αυτήν κατά τα τελευταία χρόνια της Φραγκοκρατίας:
...Η τέταρτη πόλη που βλέπουμε πάνω στην ακτή είναι η Νιμόνια [Λεμεσός], όπου έμεινα μερικές μέρες περιμένοντας τα καράβια. Η Νιμόνια είναι ερειπωμένη πόλη, με καλό λιμάνι, αντίκρυ στην Τύρο και τη Σιδώνα, κι όπως μαρτυρούν τα ερείπιά της, ήταν κάποτε μεγάλη. Σ' αυτήν, όταν ο Σαλαδίν κατέλαβε την Ιερουσαλήμ, μετοίκησαν οι ιππότες του Αγίου Ιωάννη και του Τευτονικού τάγματος. Αυτοί την κατέλαβαν, την οχύρωσαν με τείχη και πύργους, ιδιαίτερα το λιμάνι, κοντά στο οποίο έκτισαν πολύ ισχυρό κάστρο, που αντικρύζει τη θάλασσα στη μια πλευρά. Μέσα στην πόλη έκτισαν λατινικές εκκλησίες και μοναστήρια, των οποίων ακόμη φαίνονται τα ερείπια· μόνο μια άθλια εκκλησία παραμένει ωστόσο όρθια, κι αυτή χωρίς καμπάνες. Η διακόσμησή της είναι πολύ πενιχρή κι οι πιστοί καλούνται σε προσευχή με ξύλινα σήμαντρα. Ζουν ακόμη εκεί λίγοι Λατίνοι κληρικοί, όπως θα δούμε όμως, οι συνήθειές τους δεν είναι οι αρμόζουσες. Δεινά υπό διάφορες μορφές έπεσαν πάνω στην πόλη, όπως το μίσος των Σαρακηνών για τους ιππότες του Ναού [Ναΐτες], του Αγίου Ιωάννη και του Τευτονικού τάγματος, σεισμοί και πλημμυρισμένα νερά από τα γειτονικά βουνά. Στους λόφους γύρω παράγονται εξαίρετα κρασιά, και τα κλήματα είναι τόσο μεγάλα ώστε λέγεται ότι ένας άνθρωπος δεν μπορεί ν' αγκαλιάσει τον κορμό τους. Παράγονται επίσης χαρούπια σε μεγάλους αριθμούς...
Δραματικά γεγονότα και καταστροφές κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας: Η περίοδος της Φραγκοκρατίας (1192-1489) υπήρξε για την πόλη της Λεμεσού περίοδος αλλεπάλληλων δραματικών γεγονότων, περίοδος ακμής και παρακμής, αλλά και δοκιμασιών από θεομηνίες και συμφορών από επιδρομές.
Μεταξύ των πολλών ξένων που εγκαταστάθηκαν στη Λεμεσό ή και κοντά σ' αυτήν από τα πρώτα κιόλας χρόνια της Φραγκοκρατίας, ήσαν αρκετά Λατινικά θρησκευτικά τάγματα. Τα τάγματα αυτά ενισχύθηκαν σημαντικά με την άφιξη πολλών φυγάδων μελών τους, από την Άκρα (Πτολεμαΐδα) μετά την άλωσή της από τον σουλτάνο Χαλίλ το 1291. Κατά τον Στέφανο Λουζινιανό, στη Λεμεσό ίδρυσαν μοναστήρια οι Δομινικανοί, οι Φραγκισκανοί, οι Αυγουστινιανοί και οι Οψερβάντιοι. Επίσης οι Καρμηλίτες είχαν ναό (που σώζεται) στα Πολεμίδια. Στη Λεμεσό εγκαταστάθηκαν και Ναΐτες ιππότες οι οποίοι ήσαν, κατά τον Φλώριο Βουστρώνιο, εκείνοι που έκτισαν και το κάστρο της πόλης το οποίο κατασχέθηκε απ' αυτούς το 1308. Ωστόσο ο κύριος όγκος των Ναϊτών που κατοίκησε στη Λεμεσό, με άδεια του βασιλιά της Κύπρου Ερρίκου Β' (1285-1324), έφθασε στην πόλη μετά την πτώση της Άκρας το 1291 και την απώλεια του τελευταίου προπυργίου του Λατινικού βασιλείου της Παλαιστίνης. Τότε εγκαταστάθηκε στην πόλη και ο κύριος όγκος των Ιωαννιτών ιπποτών, προερχόμενος επίσης από την Άκρα. Όπως γράφει μάλιστα ο Loredano, ο βασιλιάς Ερρίκος Β' παραχώρησε τη Λεμεσό από κοινού στους Ναΐτες και στους Ιωαννίτες. Πολύ σύντομα όμως οι Ιωαννίτες προτίμησαν να μεταφέρουν την έδρα τους στη Ρόδο (1310), ενώ την ίδια εποχή διαλύθηκε και το τάγμα των Ναϊτών με απόφαση του πάπα και ηγεμόνων της Ευρώπης. Οι Ιωαννίτες επέλεξαν ως έδρα του κυπριακού κλιμακίου του τάγματός τους (Μεγάλη Κομμανταρία) το κοντινό Κολόσσι, πήραν δε και όλη την κτηματική περιουσία των Ναϊτών.
Κατά τον 13ο αιώνα εγκαταστάθηκαν στην Κύπρο και πολλοί Βενετοί, που ανέπτυξαν μεγάλης κλίμακος εμπορικές συναλλαγές με την Ανατολή και διαδραμάτισαν σημαντικό ρόλο στην ιστορία της Κύπρου κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας. Σύμφωνα προς έγγραφο των μέσων του 13ου αιώνα, το κύριο κέντρο διαμονής των Βενετών ήταν τότε η Λεμεσός, ακολουθούσε δε η Λευκωσία ενώ λίγοι βρίσκονταν στην Πάφο (G. Hill, A History of Cyprus, II, 1972, p. 205, p. 4). Φυσικά στη Λεμεσό θα πρέπει να εγκαταστάθηκαν και έμποροι διαφόρων άλλων εθνικοτήτων (Γενουάτες, Καταλανοί κ.ά.). Ωστόσο η πόλη δεν κατόρθωσε ποτέ να φθάσει σε αίγλη και σε πλούτο την Αμμόχωστο που ήταν περισσότερο ασφαλής εξαιτίας των αρίστων οχυρώσεών της αλλά και του καλού λιμανιού της που την κατέστησε το κυριότερο κέντρο διαμετακομιστικού εμπορίου που άφηνε τεράστια κέρδη.
Την εποχή αυτή η Λεμεσός αναφέρεται και ως χώρος ενός συνεδρίου σημαντικού για την Ορθόδοξη Εκκλησία της Κύπρου που βρέθηκε υπό διωγμό από τους Λατίνους. Το συνέδριο, γνωστό ως συνέδριο της Λεμεσού, πραγματοποιήθηκε τον Οκτώβριο του 1220 και σ' αυτό πήραν μέρος οι εις Κύπρον Λατίνοι ιεράρχες καθώς και οι ευγενείς/ φεουδάρχες. Απετέλεσε δε την πρώτη οργανωμένη ανάμειξη των Λατίνων στα εσωτερικής φύσεως ζητήματα της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Κύπρου (βλέπε G. Hill, A History οf Cyprus, vol. Ill, 1972, p. 1.043, και Χάκκετ - Παπαϊωάννου, Ἱστορία Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας Κύπρου, Α', 1923, σσ. 113-115).
Τον επόμενο χρόνο, το 1221, τα χρονικά μνημονεύουν μια καταστροφική επιδρομή των Σαρακηνών κατά της Λεμεσού, στο πλαίσιο γενικότερης αναμέτρησής τους με τις δυνάμεις των Σταυροφόρων στην Ανατολική Μεσόγειο. Σύμφωνα προς τα χρονικά, οι Σαρακηνοί, αφού είχαν διαπιστώσει πλημμελή προφύλαξη των θαλασσίων συγκοινωνιών μεταξύ Άκρας και Δαμιέττης, αποφάσισαν καταδρομική επιχείρηση κατά των χριστιανικών δυνάμεων, με 10 γαλέρες. Παρά το ότι οι κατάσκοποι ειδοποίησαν έγκαιρα τον παπικό ληγάτο Πελάγιο, ο τελευταίος δεν έδωσε πίστη στην πληροφορία. Οι γαλέρες των Σαρακηνών επετέθησαν αιφνιδιαστικά κατά του λιμανιού της Λεμεσού, κατέστρεψαν με φωτιά μεγάλο αριθμό χριστιανικών καραβιών και σκότωσαν ή αιχμαλώτισαν πάνω από 13.000 Χριστιανούς! (βλέπε G. Hill, ό.π.π., vol. Ill, p. 87, όπου και παραπομπή στα σχετικά χρονικά). Ο μεγάλος αριθμός χριστιανικών καραβιών που βρίσκονταν στον κόλπο της Λεμεσού, μετείχε στην πέμπτη Σταυροφορία (1217-1221) που έληξε άδοξα με ήττα στην Αίγυπτο κι εγκατάλειψη της Δαμιέττης που είχε πέσει στα χέρια των Χριστιανών το 1219. Στη Σταυροφορία μετείχαν και Κύπριοι.
Τον επόμενο χρόνο, το 1222, ισχυρός σεισμός συγκλόνισε το νησί και προξένησε πολλές καταστροφές στη Λευκωσία, στη Λεμεσό και, κυρίως, στην Πάφο της οποίας καταστράφηκαν πάρα πολλά από τα κτίρια, το λιμάνι και το κάστρο. Επίσης, μια εκκλησία που έπεσε, σκότωσε τον επίσκοπο που διάβαζε προσευχές, και το εκκλησίασμα.
Το 1228 έφθασε στη Λεμεσό, μαζί με ισχυρές δυνάμεις του, ο Γερμανός αυτοκράτορας Φρειδερίκος Β', αρχηγός της (επίσης αποτυχημένης) έκτης Σταυροφορίας (1228-1229). Ο Γερμανός αυτοκράτορας, εκμεταλλευόμενος τις εσωτερικές έριδες που μάστιζαν το βασίλειο της Κύπρου, κι επικαλούμενος δικαιώματά του ως κηδεμόνα του ανήλικου βασιλιά της Κύπρου Ερρίκου Α', προσπάθησε να θέσει υπό τον έλεγχό του το νησί. Στη Λεμεσό συναντήθηκε με τον Ιωάννη ντ' Ιμπελέν, της γνωστής μεσαιωνικής οικογένειας των Ιβελίνων που υπερασπιζόταν τα δικαιώματα του ανήλικου Κυπρίου μονάρχη. Δεν κατέληξε όμως σε συνεννόηση με τον Γερμανό αυτοκράτορα, ο δε τελευταίος κατέλαβε τη Λεμεσό και άλλες πόλεις, διόρισε 5 δικούς του διοικητές στο νησί και αναχώρησε. Οι δυνάμεις του όμως ηττήθηκαν τελικά από τους Ιβελίνους (βλέπε και λήμμα Αγριδίου μάχη).
Σχέση της Λεμεσού αναφέρεται και κατά τη διάρκεια της επόμενης (έβδομης) αποτυχημένης Σταυροφορίας (1248-1254) που οργανώθηκε από τον βασιλιά της Γαλλίας Λουδοβίκο Θ' τον αποκαλούμενο «Άγιο», με στόχο τη Συρία και, κυρίως, την Αίγυπτο. Η Κύπρος χρησιμοποιήθηκε σαν διαμετακομιστικός σταθμός και κέντρο ανεφοδιασμού και ανάπαυσης των δυνάμεων του Γάλλου βασιλιά. Αναφέρεται ειδικότερα ότι κατά τον χειμώνα του 1248-1249 παρέμεινε στην πόλη της Λεμεσού (στο κάστρο της) ο «Άγιος» Λουδοβίκος, του οποίου ο στρατός πέρασε τον χειμώνα στρατοπεδευμένος έξω από την πόλη. Για το πέρασμα των Σταυροφόρων κατά καιρούς από τη Λεμεσό, βλέπε και στο λήμμα Σταυροφόροι και Κύπρος.
Το 1271 η Λεμεσός δέχθηκε μια ακόμη επίθεση, που κι αυτή εντάσσεται στο γενικότερο πλαίσιο της αντιπαράθεσης των Χριστιανών με τους Μωαμεθανούς στη Μέση Ανατολή (εξάλλου μόλις είχε λήξει η όγδοη Σταυροφορία κατά την οποία ο «Άγιος» Λουδοβίκος ενεπλάκη σε πολεμικές περιπέτειες στην Τυνησία, οπότε αρκετοί από τους συμμετέχοντες, όπως ο πρίγκιπας Εδουάρδος της Αγγλίας, έπλευσαν στην Ανατολική Μεσόγειο και στην Άκρα. Ο Εδουάρδος είχε περάσει και από την Κύπρο όπου κι ανεφοδιάστηκε). Την εποχή αυτή ο σουλτάνος της Αιγύπτου Μπαϊμπάρς, εμπλεκόμενος σε συγκρούσεις με τους Χριστιανούς αλλά κι αποδεχόμενος τη σύναψη ειρήνης με τον Βοημούνδο Στ' της Τριπόλεως, εστράφη κατά της Κύπρου στην οποία κι επεχείρησε να μεταφέρει τον πόλεμο. Τον Μάιο ή τον Ιούνιο του 1271 δοκίμασε να επιτεθεί κατά της Λεμεσού με μικρό στόλο από 14 γαλέρες υπό την αρχηγία του ναυάρχου Ιμπν Χασούν. Έβαψε τις γαλέρες του μαύρες — όπως τα χριστιανικά καράβια — κι αφού ύψωσε σ' αυτές τη σημαία του σταυρού, τις έστειλε στην Κύπρο. Οι γαλέρες έφθασαν στη Λεμεσό τη νύκτα αλλά οι περισσότερες απ' αυτές εξώκειλαν. Έγιναν έτσι αντιληπτές με αποτέλεσμα η προσπάθεια των Αιγυπτίων κατά της πόλης να αποτύχει και περίπου 1.800 από τους επιδρομείς να συλληφθούν και ν' αποσταλούν αιχμάλωτοι στην Άκρα.
Το 1306 ο διοικητής και οι ευγενείς της Λεμεσού απεδέχθησαν το πραξικόπημα του Αμωρύ Λουζινιανού κατά του αδελφού του βασιλιά Ερρίκου Β' (1285-1324). Το κάστρο της Λεμεσού (στην οποία βρισκόταν τότε κι ο μεγάλος μάγιστρος των Ναϊτών ιπποτών James de Molay που θανατώθηκε το 1314) παραδόθηκε χωρίς αντίσταση στον Αμωρύ (Μαχαιράς, Χρονικόν, παρ. 54). Οι Ναΐτες, όταν άρχισε η προσπάθεια για τη βίαιη διάλυση του τάγματός τους, το 1308, δοκίμασαν να οχυρωθούν και ν' αντισταθούν στη Λεμεσό, στην οποία μάλιστα μετέφεραν κρυφά και τους θησαυρούς τους από τη Λευκωσία. Τα κτίρια των Ναϊτών στην Αμμόχωστο και στην Πάφο κλείστηκαν επίσης και όλοι σχεδόν οι Ναΐτες αναπτύχθηκαν στην πόλη της Λεμεσού που αποτελούσε το ισχυρό προπύργιό τους στην Κύπρο. Οι δυνάμεις του βασιλείου πολιόρκησαν τους Ναΐτες στο κάστρο τους μέσα στην πόλη και τους ανάγκασαν να παραδοθούν, αφού λίγο πιο πριν απέτυχε προσπάθειά τους να συγκρουστούν με τους αντιπάλους τους έξω από την πόλη.
Η πόλη της Λεμεσού επλήγη σοβαρά από μεγάλη πλημμύρα του ποταμού Γαρύλλη. Αναφέρεται ότι σκοτώθηκαν γύρω στις 2.000 άτομα ενώ η ίδια η πόλη σχεδόν καταστράφηκε ολοσχερώς. Η θεομηνία κορυφώθηκε, σύμφωνα προς τα χρονικά, τον Νοέμβριο του 1330, κι αφού προηγήθηκε αδιάκοπη βροχή για 28 μερόνυκτα. Η θύελλα που σημειώθηκε στις 10 Νοεμβρίου έπληξε και την πρωτεύουσα Λευκωσία, η οποία επίσης πλημμύρισε από τα νερά του Πεδιαίου που προκάλεσαν τεράστιες καταστροφές. Στη Λευκωσία οι νεκροί ανήλθαν σε 3.000 κατά τον Loredano, ενώ άλλες πηγές αναφέρουν 11.000.
Παρά το ότι βασικότερο εμπορικό και στρατιωτικό λιμάνι της μεσαιωνικής Κύπρου ήταν η Αμμόχωστος (τουλάχιστον μέχρι την κατάληψή της από τους Γενουάτες το 1373 οπότε περιέπεσε σε παρακμή), σημαντικό ήταν και το λιμάνι της Κερύνειας επειδή ήταν κι αυτό καλά οχυρωμένο κι επειδή βρισκόταν πλησιέστερα στην πρωτεύουσα Λευκωσία και πλησιέστερα προς τη Μικρά Ασία, τον ελλαδικό χώρο και τη Δύση, μέρη με τα οποία υφίστατο συχνή επικοινωνία και διαρκής επαφή. Η Λεμεσός χρησιμοποιήθηκε επίσης ως λιμάνι από τους Σταυροφόρους, όπως είδαμε πιο πάνω, γιατί βρισκόταν πλησιέστερα προς τους Αγίους Τόπους και την Αίγυπτο. Ως τέτοιο χρησιμοποιήθηκε από αρκετούς Σταυροφόρους (Ριχάρδος Λεοντόκαρδος, Φρειδερίκος Β', «Άγιος» Λουδοβίκος και άλλοι). Επειδή βρισκόταν πλησιέστερα προς τη Μέση Ανατολή, εχρησιμοποιείτο και από εμπόρους αλλά και από το βασίλειο της Κύπρου σε αρκετές περιπτώσεις. Ο βασιλιάς της Κύπρου Πέτρος Α΄ (1359-1369) χρησιμοποίησε την Λεμεσό ως χώρο αποβίβασης των στρατευμάτων του, όταν επέστρεψε στην Κύπρο το 1365, μετά την επιτυχημένη εκστρατεία του στην Αίγυπτο, κατά την οποία κυρίευσε και λεηλάτησε την Αλεξάνδρεια. Γράφει σχετικά ο Λεόντιος Μαχαιράς (Χρονικόν, παρ. 173):
.... Καί ὥρισεν ὁ ρήγας καί ἐστράφην τό φουσάτον εἰς τά κάτεργα [= καράβια], καί ἐποῖκαν ἅρμενα καί ἦρταν εἰς τήν Λεμεσόν [από την Αλεξάνδρεια], καί ἀπεζεύγοντα μέ χαράν μεγάλην. Καί ἀπέζευσεν ὁ ρήγας καί ὅλοι οἱ καβαλλάριδες καί οἱ παρούνιδες [= βαρώνοι] εἰς τήν γῆν, καί τά κάτεργα ἐγυρίσαν εἰς τήν Ἀμόχουστον καί ἐξηφορτῶσαν.....
Η Λεμεσός δεν είχε κλειστό λιμάνι στο οποίο μπορούσαν να εισέρχονται τα καράβια και το οποίο μπορούσε να κλείνει με αλυσίδα. Τέτοια λιμάνια είχαν η Αμμόχωστος και η Κερύνεια. Τον χώρο αγκυροβολίου των καραβιών στη Λεμεσό προστάτευε το κάστρο της πόλης, πιθανότατα δε υπήρχαν και άλλες οχυρώσεις και άλλα μέτρα ασφαλείας. Παλαιοί χάρτες δείχνουν, για παράδειγμα, την ύπαρξη πύργου - παρατηρητηρίου στο Ακρωτήρι.
Η εισβολή των Γενουατών στην Κύπρο το 1373-74, επί ημερών του βασιλιά Πέτρου Β' (1369-1382) υπήρξε καταστροφική για το κυπριακό βασίλειο γιατί, εκτός των άλλων, σήμανε την απώλεια των δυο βασικών λιμανιών και πόλεων, της Αμμοχώστου και της Κερύνειας, που κατελήφθησαν και κρατήθηκαν για πολλά χρόνια από τους επιδρομείς. Σήμανε και την απώλεια των κυπριακών κτήσεων στη Μικρά Ασία. Προκάλεσε επίσης τεράστιες καταστροφές στις άλλες κύριες πόλεις (Λευκωσία - Λεμεσός) που αλώθηκαν και λεηλατήθηκαν. Η Λεμεσός πυρπολήθηκε από τους Γενουάτες το 1373. Δανειζόμαστε και πάλι απόσπασμα από τον Μαχαιρά (Χρονικόν, παρ. 377):
.... Μανθάνοντά το οἱ Γενουβίσοι.... ἐστράφησαν πολλοί εἰς τήν Λεμεσόν, ὅπου ἦσαν ὀλλιγώτεροι λᾶς καί ἀχαμνοί [= η άμυνα της πόλης ήταν ολιγάριθμη κι αδυνατισμένη] καί ἀπεζεῦσαν [αποβιβάστηκαν οι Γενουάτες] καί ἐκάψαν τά σπιτία, καί οἱ λᾶς ἐφύγαν, καί ἐποῖκαν μεγάλην ζημίαν....
Οι Γενουάτες, που είχαν πλέον την ισχυρότατα οχυρωμένη Αμμόχωστο ως ορμητήριό τους, επανέλαβαν και αργότερα τις επιθέσεις τους κατά της Λεμεσού, με κυριότερη προσπάθειά τους εκείνη του 1408 που φαίνεται ότι είχε γίνει ως αντίποινο στις ανεπιτυχείς προσπάθειες των δυνάμεων του βασιλείου της Κύπρου ν' ανακαταλάβουν την πόλη της Αμμοχώστου. Οι Γενουάτες προσπάθησαν να καταλάβουν το κάστρο της Λεμεσού που το κτύπησαν και με ισχυρό κανόνι το οποίο είχαν μεταφέρει ώς εκεί από την Αμμόχωστο. Έφθασαν όμως έγκαιρα βασιλικές δυνάμεις από τη Λευκωσία, υπό τον Βενετό Κάρλο Ζένο, που συνέτριψαν τους Γενουάτες και κυρίευσαν και το ισχυρό τους κανόνι. Ο Λεόντιος Μαχαιράς που αφηγείται το επεισόδιο (Χρονικόν, παρ. 635), γράφει ότι αυτή την εποχή τό καστέλλιν [της Λεμεσού] ἦτον ἀδύνατον, ὅτι δέν ῆτον δηγημένον [= επειδή δεν ήταν προετοιμασμένο για πόλεμο].
Η επόμενη σειρά επιθέσεων και καταστροφών που δέχθηκε η πόλη της Λεμεσού προερχόταν από τους Μαμελούκους της Αιγύπτου με τους οποίους οι σχέσεις του βασιλείου της Κύπρου ήσαν συνεχώς τεταμένες. Μια τέτοια επίθεση δυνάμεων των Μαμελούκων έγινε το 1413, μια το 1424, μια άλλη το 1425 και τέταρτη το 1426. Ο σουλτάνος του Καΐρου θεωρούσε ότι αυτή την εποχή η Λεμεσός (όπως και άλλα κυπριακά λιμάνια) είχε καταστεί χώρος στον οποίο εύρισκαν καταφύγιο οι πειρατές που λυμαίνονταν την Ανατολική Μεσόγειο και κούρσευαν τους Μωαμεθανούς. Μάλιστα ο τότε διοικητής της Λεμεσού Φίλιππος Πικιεγνύ, όπως κι εκείνος των Αλυκών (= Λάρνακας), ο Ιωάννης Κασέλ, κατηγορήθηκαν πως όχι μόνο έδιναν άσυλο και βοήθεια στους πειρατές, αλλά αγόραζαν και τα προϊόντα της λείας τους (Μαχαιράς, Χρονικόν, παρ. 651). Τον Αύγουστο του 1424 ο σουλτάνος του Καΐρου έστειλε μικρή στρατιωτική δύναμή του από 6 γαλέρες στη Λεμεσό, προκειμένου να προβεί σε παραστάσεις. Σημειώθηκαν όμως συγκρούσεις και οι Αιγύπτιοι κατόρθωσαν να πυρπολήσουν τη Λεμεσό και να προκαλέσουν αρκετές ζημιές, καίγοντας επίσης και μερικά καράβια. Τον Αύγουστο του 1425 σημειώθηκε πάλι επιδρομή, οι Μαμελούκοι μάλιστα κατόρθωσαν να καταλάβουν το κάστρο της Λεμεσού και να σκοτώσουν τον φρούραρχο Εστιέν [= Στέφανο] ντε Βισέντσε και την οικογένειά του καθώς και πολλούς άλλους. Το κάστρο της πόλης κατελήφθη από τους Μαμελούκους ύστερα από υπόδειξη σ' αυτούς ενός αδύνατου σημείου του (από κάποια προηγούμενη καταστροφή υπήρχε άνοιγμα που δεν ξανακτίστηκε καλά). Την υπόδειξη του ανοίγματος έκαμαν μερικοί Σαρακηνοί που δούλευαν στο κάστρο ως σκλάβοι. Η επίθεση του 1425 εκ μέρους των Αιγυπτίων έγινε με μεγαλύτερες δυνάμεις απ' ό,τι εκείνη του προηγούμενου χρόνου, προκάλεσε δε πολλές καταστροφές, λεηλασίες και πυρπολήσεις σ' όλη την παραθαλάσσια έκταση της Κύπρου από την Αμμόχωστο μέχρι τη Λεμεσό. Μεταξύ άλλων, πυρπολήθηκαν και τα χωριά γύρω από τη Λάρνακα.
Η μεγάλη όμως εισβολή των Αιγυπτίων πραγματοποιήθηκε το καλοκαίρι του επόμενου χρόνου, 1426. Οι δυνάμεις τους αποβιβάστηκαν στον κόλπο της Αυδήμου την 1η Ιουλίου, απέτυχαν να καταλάβουν ή απέφυγαν να κτυπήσουν την Επισκοπή και το Κολόσσι (των οποίων οι οχυρώσεις ήσαν ισχυρές) και βάδισαν κατά της Λεμεσού. Βρήκαν την πόλη οχυρωμένη, παρά τις καταστροφές που οι ίδιοι είχαν προκαλέσει σ' αυτήν τα δυο προηγούμενα καλοκαίρια. Όμως φαίνεται ότι η πολύ βιαστική επιδιόρθωση που είχε γίνει δεν ήταν ικανοποιητική και η Λεμεσός κατελήφθη εύκολα από τους Μαμελούκους στις 4 Ιουλίου. Οι εισβολείς παρέμειναν εκεί για μερικές μέρες, λεηλατώντας και καίγοντας. Ο Στέφανος Λουζινιανός γράφει ότι τόσο η πόλη όσο και το κάστρο της καταστράφηκαν εκ θεμελίων. Όμως φαίνεται ότι τουλάχιστον σ' ό,τι αφορά το κάστρο, η καταστροφή του δεν πρέπει να ήταν ολοκληρωτική.
Ακολούθησε η μάχη στη Χοιροκοιτία, στην οποία ηττήθηκαν οι κυπριακές δυνάμεις۬ συνελήφθη μάλιστα αιχμάλωτος κι απεστάλη δέσμιος στο Κάιρο ο βασιλιάς της Κύπρου Ιανός (1398-1432). Από την εισβολή του 1426 επλήγησαν σοβαρότατα και η Λάρνακα καθώς και η ίδια η πρωτεύουσα Λευκωσία.
Ακολούθησε, την ίδια εποχή, η εξέγερση των ιδίων των Κυπρίων χωρικών, υπό τον ρήγα Αλέξη*, στην οποία μετείχε και η Λεμεσός. Την πληροφορία δίνει και πάλι ο Λεόντιος Μαχαιράς (Χρονικόν, παρ. 696):
...Ἔβαλαν οἱ χωργιάτες καπετάνον εἰς τήν Λεύκαν, ἄλλον καπετάνον εἰς τήν Λεμεσόν, ἄλλον εἰς τήν Ὀρεινήν, καί εἰς τήν Περιστερόναν ἄλλον, καί εἰς τοῦ Μόρφου καπετάνον, καί εἰς τό Λευκόνοικον ρήγαν Ἀλέξην, καί ὅλοι οἱ χωργιάτες ἐδόθησαν εἰς τήν 'πόταξίν του....
Μετά την καταστολή του πολύμηνου κινήματος του ρήγα Αλέξη, στη Λεμεσό έγιναν συλλήψεις και δίκες υποστηρικτών του, όπως και σε άλλα μέρη που υπήρξαν εστίες του κινήματος.
Παρακμή κατά τον 16ο αιώνα: Η περίοδος της Φραγκοκρατίας τερματίστηκε το 1489, με την εκχώρηση της Κύπρου από την τελευταία βασίλισσα του νησιού Αικατερίνη Κορνάρο στη Βενετία. Οι Βενετοί, κατά τα χρόνια που κατείχαν το νησί (1489-1570/71) ενδιαφέρθηκαν αποκλειστικά για την όσο το δυνατό σκληρότερη εκμετάλλευση των πόρων του. Έτσι κατά τον 16ο αιώνα, κατά τον οποίο η Κύπρος κατακτήθηκε από τους Τούρκους (1570-71), οι περιγραφές της Λεμεσού που μας άφησαν ξένοι περιηγητές δίνουν μια εικόνα μεγάλης παρακμής της πόλης.
Ο Jacques le Saige, που είδε τη Λεμεσό στα 1518, γράφει:
...Αφήσαμε το καράβι μας κι αποβιβασθήκαμε στη Λεμεσό. Αυτή είναι τώρα χωριό σε πεδινή περιοχή κοντά στη θάλασσα, χωρίς ωστόσο λιμάνι. Υπάρχει κάστρο, το οποίο είναι αρκετά ισχυρό. Η Λεμεσός ήταν κάποτε περιτειχισμένη και μεγάλη, οι Άγγλοι όμως την άφησαν έτσι ερειπωμένη για να εκδικηθούν τον βασιλιά της Κύπρου, ο οποίος ντρόπιασε την αδελφή του βασιλιά της Αγγλίας, που επέστρεφε από ιερό ταξίδι στην Ιερουσαλήμ. Εδώ μας πούλησαν αρκετά φτηνό κρασί, το οποίο είχε όμως τη γεύση πίσσας, επειδή το βάζουν μέσα σε μεγάλα πιθάρια πισσωμένα από μέσα. Τις μέρες του καλοκαιριού έκανε τόση ζέστη ώστε δεν τολμούσαμε να βγούμε από τα σπίτια μας. Βγήκαμε ένα βράδυ για να δούμε τις βαμβακοφυτείες των οποίων υπάρχουν μεγάλες εκτάσεις...
Η αναφορά του le Saige ότι το κάστρο της πόλης ήταν τότε αρκετά ισχυρό, σημαίνει πως τούτο θα πρέπει να είχε επιδιορθωθεί ξανά, ύστερα από τις τόσες περιπέτειες που είχε γνωρίσει. Λιμάνι βέβαια δεν υπήρχε, όπως σημειώνει ο επισκέπτης αυτός, τα δε καράβια αγκυροβολούσαν στον κόλπο, ανοικτά της πόλης, όπως εξάλλου συνέβαινε με τα πλοία μέχρι και σχεδόν πρόσφατα.
Ο Seigneur de Villamont είδε τη Λεμεσό το 1588, λίγα μόνο χρόνια μετά την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους:
... Ο καπετάνιος μας οδήγησε στη Λεμεσό, χωριό μέσα σε όμορφη πεδιάδα και κοντά στη θάλασσα. Τα σπίτια κτίζονται κυρίως με πηλό, με άχυρα και κλαδιά, έχουν ένα μόνο πάτωμα κι είναι τόσο χαμηλά ώστε ένας πρέπει να σκύψει για να μπει μέσα. Οι πόρτες είναι έτσι χαμηλές για να μη μπορεί να μπει στο σπίτι καβαλάρης Τούρκος, ούτε εξημμένα πλήθη. Εδώ δεν υπήρχε τίποτε το αξιόλογο. Πριν από πέντε χρόνια σεισμός κατέστρεψε όλα τα σπίτια, τα οποία οι Τούρκοι ξανάκτισαν σαν χοιροστάσια. Οι φτωχοί Χριστιανοί δεν κατοικούν σε καλύτερα σπίτια από τους Τούρκους, μα σε ακόμη χειρότερα. Αυτοί έκτισαν ωστόσο μικρή εκκλησία ύψους 15 ποδιών, όπου λειτουργούν σύμφωνα με το ελληνικό δόγμα. Βλέπεις τα λουτρά όπου οι Τούρκοι λούζονται κάθε μέρα και τους τάφους όπου θάβονται...
Ο Villamont δίνει, στο πιο πάνω απόσπασμα, ενδιαφέρουσες πληροφορίες. Πράγματι οι σεισμοί (και όχι ο σεισμός) κατά το δεύτερο μισό του 16ου αιώνα και κυρίως του 1567 και 1568, προκάλεσαν εκτεταμένες καταστροφές στην πόλη που δεν ήταν πλέον παρά ένα άθλιο χωριό. Ο επισκέπτης αυτός δεν μνημονεύει το κάστρο, που τότε θα πρέπει να ξανακτιζόταν από τους Τούρκους μετά την ανατίναξη του από τους Βενετούς. Στην πόλη είχαν, στο μεταξύ, εγκατασταθεί και Τούρκοι, ενώ αμέσως μετά την τουρκική κατάκτηση της Κύπρου εκδιώχθηκαν οι Λατίνοι, ευγενείς, κληρικοί και άλλοι.
Τελευταίος επισκέπτης της πόλης, που άφησε γραπτές εντυπώσεις, ήταν ο Ioannes Cotovicus το 1598:
...Η Λεμεσός δεν είναι τώρα παρά χωριό, άνκαι με αρκετό πληθυσμό, πάνω στην ακτή, σε μια πλατειά κι ευχάριστη πεδιάδα. Κοντά είναι ο ποταμός Λύκος, ο οποίος κατεβαίνει από το όρος Όλυμπο και χύνεται στη θάλασσα. Το έδαφος ευνοεί το αμπέλι, διάφορα φυτά, κηπευτικά είδη και κάθε είδος δέντρου, ιδιαίτερα τις συκιές, τις ελιές και τις χαρουπιές...
Εκτός από τους καταστροφικούς σεισμούς, κυριότερα γεγονότα του 16ου αιώνα, σχετικά με την πόλη της Λεμεσού, ήταν μια επίθεση των Τούρκων το 1538 και, βέβαια, η εισβολή και κατάληψη της Κύπρου το 1570.
Η επιδρομή των Τούρκων το 1538 είχε ως αποτέλεσμα καταστροφή της πόλης και του κάστρου της (μερικές πηγές τοποθετούν την τουρκική αυτή επιδρομή το 1539۬ ο Jodocus v. Meggen δίνει την ημερομηνία 14 Μαΐου 1539۬ ο Est. de Lusignan γράφει αλλού ότι η πόλη πυρπολήθηκε από τους Τούρκους το 1537, κι αλλού ότι καταστράφηκε ολοσχερώς από τους Τούρκους το 1538). Τόση ήταν η καταστροφή, ώστε από τα οικοδομήματα της πόλης μόνο ο λατινικός καθεδρικός ναός της είχε παραμείνει όρθιος (G. Hill, A History οf Cyprus, vol. Ill, 1972, p. 863, όπου και παραπομπές σε πηγές).
Ωστόσο το κάστρο της πόλης αναφέρεται ότι είχε καταστραφεί από τις ίδιες τις κυπριακές αρχές, δηλαδή από τους ίδιους τους Βενετούς, το 1539 (Hill, ο.π.π.). Η καταστροφή του εκρίθη αναγκαία, προκειμένου να μη χρησιμοποιηθεί από τους Τούρκους ή και άλλους επιδρομείς, αφού δεν ήταν δυνατό να επανδρωθεί ικανοποιητικά, ή και να μπορεί ν' αντεπεξέλθει στα νέα πολεμικά μέσα της εποχής αυτής.
Οι Βενετοί δεν προέβησαν σε καμιά ενέργεια για οχύρωση της Λεμεσού εν όψει της αναμενόμενης μεγάλης τουρκικής επίθεσης που τελικά πραγματοποιήθηκε το 1570. Την ίδια αδιαφορία επέδειξαν και για την Πάφο και για τη Λάρνακα, συγκεντρώνοντας τις αμυντικές τους προσπάθειες στη βόρεια Κύπρο κι ενισχύοντας τον άξονα Αμμόχωστος - Λευκωσία - Κερύνεια. Όταν η τουρκική εισβολή πραγματοποιήθηκε, η κατάληψη της Λεμεσού, που βρισκόταν εξάλλου σε παρακμή, έγινε χωρίς καμιά ουσιαστική αντίσταση. Σημαντική αντίσταση οι εισβολείς συνάντησαν μόνο στη Λευκωσία (40 μέρες) και ιδίως στην Αμμόχωστο (11 μήνες). Ωστόσο οι Τούρκοι όταν κατέλαβαν τη Λεμεσό στην αρχή του Ιουλίου του 1570, δεν απέφυγαν τις ακρότητες και τις αγριότητες. Έτσι, για μια ακόμη φορά, η πόλη λεηλατήθηκε και πυρπολήθηκε, όπως κι αρκετά μέρη γύρω απ' αυτήν (το χωριό Ακρωτήρι, το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου των Γάτων κ.ά., μέχρι τα Πολεμίδια).