Μετά την ανακήρυξη της Κύπρου σε ανεξάρτητο κράτος (1960), η πόλη της Λάρνακας συνέχισε να είναι η διοικητική πρωτεύουσα της επαρχίας Λάρνακας, έδρα της επαρχιακής διοίκησης, των επαρχιακών δικαστηρίων και άλλων υπηρεσιών. Ένα από τα σημαντικότερα έργα που έγιναν κατά την περίοδο μετά την ανεξαρτησία, ήταν η ίδρυση του διυλιστηρίου* πετρελαιοειδών στα βόρεια κράσπεδα της πόλης, που άρχισε τη λειτουργία του στις 13 Ιανουαρίου 1972. Στην ίδια περιοχή βρίσκονται και οι μεγάλες πετρελαιοδεξαμενές που ανήκουν σε διάφορες εταιρείες πετρελαιοειδών.
Ανασταλτικός παράγων στη γενικότερη πρόοδο της Λάρνακας υπήρξε η δημιουργία, από τους Τουρκοκυπρίους, ισχυρού τουρκοκυπριακού θύλακα το 1964, μετά την έναρξη της ανταρσίας των Τουρκοκυπρίων (τέλος του 1963 κ.ε.). Για μια περίπου δεκαετία, από το 1964 μέχρι το 1974, η πόλη ήταν ουσιαστικά διχοτομημένη, με τους Τουρκοκυπρίους αυτοεγκλωβισμένους στο νότιο - νοτιο- δυτικό τμήμα της, που αποτελεί και την τουρκική συνοικία. Κατά την διάρκεια της τουρκικής στρατιωτικής εισβολής, το καλοκαίρι του 1974, οι ελληνοκυπριακές δυνάμεις κατέλαβαν κι εξουδετέρωσαν τον τουρκοκυπριακό θύλακα της Λάρνακας που περιελάμβανε και το κάστρο της πόλης. Χωρίς όμως να εκδιωχθούν, οι Τουρκοκύπριοι κάτοικοι της Λάρνακας προτίμησαν να εγκαταλείψουν την πόλη το 1975, μαζί με όλο τον τουρκοκυπριακό πληθυσμό των ελευθέρων περιοχών της Κύπρου, και να μεταβούν στις κατεχόμενες περιοχές του νησιού, ακολουθώντας τις εντολές της Άγκυρας που εξυπηρετούσαν τον στόχο του πλήρους διαχωρισμού και της διχοτόμησης. Ωστόσο οι σχέσεις των Ελλήνων και των Τούρκων κατοίκων της Λάρνακας ήταν γενικά πολύ αρμονικές μέχρι το τέλος του 1963.
Η εκδίωξη, από τα τουρκικά στρατεύματα εισβολής, των χιλιάδων Ελλήνων Κυπρίων από το κατεχόμενο βόρειο τμήμα της Κύπρου, δημιούργησε το τεράστιο προσφυγικό πρόβλημα. Πολλές χιλιάδες πρόσφυγες συνέρρευσαν το καλοκαίρι του 1974 στη Λάρνακα και γύρω από την πόλη στήθηκαν αρκετοί πρόχειροι προσφυγικοί οικισμοί με αντίσκηνα και παραπήγματα. Αργότερα κτίστηκαν γύρω από την πόλη οι προσφυγικοί συνοικισμοί (για τους οποίους δίνονται λεπτομέρειες στο δεύτερο κεφάλαιο του λήμματος αυτού) ενώ αριθμός Ελληνοκυπρίων προσφύγων εγκαταστάθηκε και στην τουρκική συνοικία της Λάρνακας.
Πέρα όμως από την τραγικότητα των γεγονότων του 1974, υπήρξαν εξαιτίας αυτών και άλλες σημαντικές επιπτώσεις πάνω στην πόλη της Λάρνακας, μερικές από τις οποίες στάθηκαν ευεργετικές για την οικονομική και γενικότερη ανάπτυξή της: Το διεθνές αεροδρόμιο Λευκωσίας έκλεισε και παραμένει έκτοτε αχρησιμοποίητο. Αντικαταστάθηκε από άλλο, το διεθνές αεροδρόμιο Λάρνακας, που κατασκευάστηκε στην περιοχή της αλυκής κι άρχισε να λειτουργεί από τις 8.2.1975 (βλέπε λήμμα αεροδρόμια). Αρχικά λειτούργησε με πρόχειρες εγκαταστάσεις, που βελτιώθηκαν σταδιακά αργότερα, και το αεροδρόμιο αυτό αποτελεί σήμερα το κυριότερο της Κύπρου. Αλλά και το λιμάνι της Αμμοχώστου, το σημαντικότερο της Κύπρου, χάθηκε το 1974. Αντικαταστάθηκε ως ένα πολύ μεγάλο βαθμό από το λιμάνι της Λεμεσού, αλλά περισσότερη κίνηση απέκτησε και το λιμάνι της Λάρνακας, που οι εγκαταστάσεις και οι υπηρεσίες του βελτιώθηκαν σημαντικά. Αλλά και η τουριστική βιομηχανία υπέστη ριζικές ανακατατάξεις. Μετά την απώλεια της Αμμοχώστου, της Κερύνειας και άλλων τουριστικών περιοχών του βορείου τμήματος της Κύπρου, το τουριστικό ρεύμα διοχετεύθηκε αναγκαστικά στις ελεύθερες περιοχές του νησιού και κυρίως στις περιοχές Παραλιμνίου - Αγίας Νάπας, Πάφου, Λεμεσού και Λάρνακας. Η επαναδραστηριοποίηση της τουριστικής βιομηχανίας μετά το ισχυρότατο πλήγμα του 1974, σήμαινε και την ανέγερση νέων ξενοδοχειακών μονάδων και άλλων σχετικών εγκαταστάσεων. Στη Λάρνακα, ξενοδοχεία και εγκαταστάσεις ιδρύθηκαν και λειτουργούν κυρίως κατά μήκος του παραλιακού μετώπου και στις παραθαλάσσιες περιοχές στα βόρεια και στα νότια της πόλης. Τα ξενοδοχεία είναι υπερσύγχρονα και πολυτελή. Έργα υποδομής έγιναν επίσης, όπως η δημιουργία αμμωδών παραλιών. Έτσι, κατά τα τελευταία χρόνια, έχει αλλάξει ριζικά η φυσιογνωμία της πόλης.