Η σημερινή Σκάλα (ή Echelles) ή Μαρίνα της Λάρνακας ονομαζόταν Αλυκές (Salines) κατά τις περιόδους της Φραγκοκρατίας και της Βενετοκρατίας και διατήρησε την ονομασία αυτή μέχρι και τα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Οι Αλυκές δέχτηκαν το βάρος της εισβολής των Σαρακηνών το 1426 και σ’ αυτές οδήγησαν οι επιδρομείς τον αιχμάλωτο βασιλιά της Κύπρου Ιανό*, για να τον μεταφέρουν απ’ εκεί με καράβι στην Αίγυπτο. Ο μεσαιωνικός χρονογράφος Γεώργιος Βουστρώνιος* (15ος αιώνας) είχε διατελέσει διοικητής των Αλυκών και στο Χρονικόν του κάνει συχνά αναφορές στην πόλη. Ως τα χρόνια του, η πόλη ήταν το κυριότερο λιμάνι του νησιού (αντικατέστησε ως ένα μεγάλο βαθμό την Αμμόχωστο, που καταλήφθηκε από τους Γενουάτες το 1373 και η οποία ήταν, ως τότε, ένα από τα πιο σημαντικά εμπορικά λιμάνια της Ανατολικής Μεσογείου. Η απώλεια της Αμμοχώστου, από το 1373 και εξής, ήταν σοβαρότατο πλήγμα για το κυπριακό βασίλειο των Λουζινιανών. Η Λάρνακα όμως, που την αντικατέστησε, δεν κατόρθωσε ποτέ να φθάσει την αίγλη και τον πλούτο της Αμμοχώστου).
Η πόλη δεν διέθετε κλειστό λιμάνι. Ο κόλπος της Λάρνακας όμως, από το ακρωτήρι του Κιτίου ως εκείνο της Πύλας, προσφερόταν σαν καλό καταφύγιο των πλοίων ιδιαίτερα ενάντια στους νότιους ανέμους, όπως μαρτυρούν μερικοί επισκέπτες των Μεσαιωνικών και Νεότερων χρόνων. Ο Pietro Della Valle (1625) θεωρεί τις Αλυκές ως αγκυροβόλιο μέσα σ’ ένα μεγάλο κόλπο, που προστατεύεται σχεδόν από κάθε πλευρά από ξηρά, είναι ωστόσο μεγάλο, ευρύχωρο κι ασφαλές για πλοία όλων των ειδών· είναι ουσιαστικά εκείνο που χρησιμοποιείται για αγκυροβόλημα στο νησί.
Τα πλοία έριχναν άγκυρα σε απόσταση από την ακτή, συνήθως περί το ένα μίλι μακριά, και πολλά ανάγγελλαν την άφιξή τους με κανονιές. Φιλοξενούνταν καράβια εμπορικά, μεγάλα και μικρά, γαλέρες πολεμικές και άλλα πλοία. Κι εδώ, όπως και σε άλλα λιμάνια της Μεσογείου, διεξαγόταν και το είδος του ευκαιριακού εμπορίου: οι κανονιές με τις οποίες τα καράβια ανάγγελλαν την άφιξή τους και τα σαλπίσματα από τη ξηρά, κυρίως για τη συγκέντρωση των μισθοφόρων και των στρατευμένων κατοίκων που φρουρούσαν τις ακτές κατά των κουρσάρων, προσέλκυαν στην ακτή και πολύ λαό για να πωλήσει προϊόντα του στους ξένους ναυτικούς ή ν’ αγοράσει απ’ αυτούς πράγματα της Ανατολής και της Δύσης.
Την εμπορική άνοδο της πόλης και τη νίκη της επί της Αμμοχώστου μετά το 1373, σημειώνει ως εξής στην Ἱστορία του ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός:
...Αὐτή ἡ παραθαλασσία τῶν Ἁλικῶν φαίνεται νά ἄρχισε νά κατοικῇται ἀπό ἀνθρώπους περισσότερον καί νά θαμίζουσιν [=συχνάζουν] πλοῖα, μεγάλα καί μικρά πραγματευτῶν καί πολέμου, ἀφ’ οὖ ὁ λιμήν τοῦ Κιτίου διεφθάρη καί μάλιστα ἀφ’ οὖ οἱ Γενουβέζοι μέ πανουργίαν ἂρπαξαν ἀπό τούς γνησίους βασιλεῖς τῆς νήσου τήν Ἀμμόχουστον καί τήν κατεξουσίασαν ὁμοῦ μέ τόν λιμένα περί τά τέλη τοῦ ΙΔ΄ αἰῶνος, βασιλεύοντος ἐν τῇ νήσῳ τότε Πιερίνου [=Πέτρου Β΄],υἰοῦ Πέτρου [Α΄] Λουζινιανοῦ. Οἱ Γενουβέζοι διότι ὡς ἐξουσιασταί τῆς Ἀμμοχώστου, ἀκολούθως καί τοῦ λιμένος, ὑστέρησαν τό βασιλικόν θησαυροφυλάκιον ἀπό τά τοῦ τελωνείου ἐκεῖ εἰσοδήματα, ὄθεν ἦτον χρεία ἡ νῆσος νά ἔχῃ ἂλλον λιμένα δι’ ἀνάπαυσιν τῶν ξένων πλοίων καί τῶν ἐδικῶν της καί ἀκολούθως νά ἀπαιτοῦνται τά παρά τῆς ἐξαγωγῆς καί εἰσαγωγῆς τῶν πραγματειῶν βασιλικά εἰσοδήματα...
Από την αρχή της περιόδου της Φραγκοκρατίας (1192) και μέχρι την εισβολή των Γενουατών στην Κύπρο (1373-74), οι Αλυκές ήσαν δευτερεύουσα σε σημασία πόλη, όπως εξάλλου και η Λεμεσός. Αντίθετα, η Λευκωσία είχε αναπτυχθεί ως πρωτεύουσα του βασιλείου, ενώ ως πολεμικές κι εμπορικές ναυτικές βάσεις είχαν αναπτυχθεί κατά κύριο λόγο η Αμμόχωστος και, σε μεγάλο βαθμό, η Κερύνεια και η Πάφος. Βασικός λόγος ήταν το γεγονός ότι τόσο η Αμμόχωστος (κυρίως αυτή) όσο και η Κερύνεια και η Πάφος διέθεταν κλειστά λιμάνια που προστατεύονταν με αλυσίδες που έφρασσαν τις εισόδους τους, αλλά και με επαρκείς οχυρώσεις, τείχη και παραθαλάσσια κάστρα.
Έτσι τα λιμάνια των πόλεων αυτών προτιμούνταν από τους εμπόρους και τους καπετάνιους των εμπορικών καραβιών, γιατί παρείχαν επαρκή προστασία σε μια περίοδο κατά την οποία ανθούσε η πειρατεία στις γύρω θάλασσες. Ως εκ της θέσεώς της μάλιστα (πλησιέστερα προς τις αγορές της Ανατολής), η Αμμόχωστος είχε γνωρίσει πρωτοφανή ακμή κι είχε καταστεί μια από τις πλουσιότερες πόλεις του κόσμου τότε. Μετά την εισβολή των Γενουατών, όμως, απωλέσθησαν τόσο η Αμμόχωστος όσο κι η Κερύνεια, γι’ αυτό κι αναγκαστικά πλέον άρχισε να αναπτύσσεται ως εμπορικό και στρατιωτικό λιμάνι η Λάρνακα. Τότε φαίνεται πως είχαν γίνει και προσπάθειες για προστασία του αγκυροβολίου της Λάρνακας. Ο βασιλιάς της Κύπρου Ιάκωβος Α΄ (1382-1398) οικοδόμησε το κάστρο της πόλης, σύμφωνα με αναφορές μεσαιωνικών συγγραφέων όπως ο Φλώριος Βουστρώνιος, πιθανό δε να έγιναν και άλλες οχυρωματικές - αμυντικές εργασίες.
Κατά τον 15ο αιώνα (τελευταία περίοδος της Φραγκοκρατίας) πολλοί από τους επισκέπτες της Λάρνακας ήταν προσκυνητές που ταξίδευαν από τη Δύση προς τους Αγίους Τόπους, κι ανάμεσά τους αρκετοί ευγενείς και κληρικοί. Διάφοροι απ’ αυτούς αναφέρουν την πόλη σε κείμενά τους, κάνοντας και ειδική μνεία στο ναό του Αγίου Λαζάρου που δέσποζε του μικρού οικισμού. Τον 16ο αιώνα οι περισσότεροι επισκέπτες ήταν βέβαια Βενετοί, αφού το νησί βρισκόταν υπό την κατοχή της Βενετίας. Ενδιαφέρουσες όμως πληροφορίες μας δίνει ένας Άγγλος επισκέπτης, ο Τζων Λοκ (John Locke):
... To Arnacho είναι όμορφο χωριό και προς την πλευρά της θάλασσας υπάρχουν διάφορα μνημεία που δείχνουν ότι κατέρρευσαν πολλά κτίρια, αφού σήμερα δεν περνά χρόνος που να μη βρουν οι άνθρωποι, σκάβοντας το χώμα, είτε νομίσματα είτε σπηλιές και τάφους αρχαίους, όπως είδαμε κι εμείς περπατώντας στην παραλία...
Είναι φανερό πως όταν επισκέφθηκε την πόλη ο ταξιδιώτης αυτός, ήταν μικρή και κτισμένη ανάμεσα στα πολλά κι ορατά ίχνη του αρχαίου Κιτίου, που φαίνεται ότι αποτελούσαν μόνιμο στόχο πολλών τυμβωρύχων που έψαχναν τα χαλάσματα και τους αρχαίους τάφους για ανεύρεση πολυτίμων αντικειμένων.
Κατά τις περιόδους της Φραγκοκρατίας και της Βενετοκρατίας στις Αλυκές δεν υφίστατο επισκοπική έδρα της Λατινικής Εκκλησίας. Υφίσταντο η αρχιεπισκοπική έδρα της Λευκωσίας και οι επισκοπές Αμμοχώστου, Λεμεσού και Πάφου. Οι ελληνικές ορθόδοξες επισκοπικές έδρες είχαν σταδιακά μειωθεί από 14 σε 4 (όσες και οι λατινικές) κι είχαν εκδιωχθεί από τις πόλεις, εδρεύοντας σε διάφορα χωριά. Υπό τη δικαιοδοσία του Λατίνου αρχιεπισκόπου Λευκωσίας τελούσαν και οι τέως ορθόδοξες επισκοπές Κιτίου και Τρεμιθούντος (στην επαρχία Λάρνακας), όπως κι εκείνες της Λευκωσίας, της Λαπήθου, της Κερύνειας, των Χύτρων, της Σολέας και της Ταμασσού.
Το αλάτι που παραγόταν από τη γειτονική αλυκή, αποτέλεσε ένα από τα κυριότερα εξαγωγικά προϊόντα της Κύπρου κατά τους τελευταίους δυο αιώνες της Φραγκοκρατίας και καθ’ όλη την περίοδο της Βενετοκρατίας. Αλάτι παραγόταν, βέβαια, και στην αλυκή της Λεμεσού αλλά μαζευόταν κι από τις βραχώδεις ακτές μερικών περιοχών. Όμως η αλυκή της Λάρνακας έδινε τη μεγαλύτερη ποσότητα. Κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας αναφέρεται ότι εξάγονταν από τη Λάρνακα ποσότητες αλατιού αρκετές για φόρτωμα περίπου 70 πλοίων κάθε χρόνο, πέρα από την ποσότητα που εχρησιμοποιείτο για τις επιτόπιες ανάγκες (βλέπε λεπτομερέστερα στο λήμμα αλάτι).
Εκτός όμως από την παραγωγή αλατιού, η πεδινή περιοχή της Λάρνακας παρήγε κι αρκετές ποσότητες σιταριού, επίσης βασικού εξαγωγικού είδους κατά την ίδια περίοδο.
Κατά τη σχετικά σύντομη περίοδο της κυριαρχίας των Βενετών (1489-1570/71), οι κατακτητές αυτοί ενδιαφέρθηκαν μόνο για την όσο το δυνατόν μεγαλύτερη εκμετάλλευση των παραγωγικών πόρων της Κύπρου και για τίποτε άλλο. Κι όταν κατέστη πια βέβαιο πως επέκειτο τουρκική επίθεση κατά της Κύπρου, οι Βενετοί, αδυνατώντας να υπερασπιστούν αποτελεσματικά ολόκληρο το νησί, συγκέντρωσαν τις αμυντικές τους προσπάθειες στον άξονα Αμμοχώστου - Λευκωσίας - Κερύνειας, των τριών πόλεων που διέθεταν τις καλύτερες οχυρώσεις στο νησί. Είναι πάντως γεγονός πως μπροστά στον τουρκικό κίνδυνο, Βενετοί αξιωματούχοι στην Κύπρο όπως ο διοικητής (lieutenant) Μάρκος Αντώνιος Τρεβιζάνο* (Marco Antonio Trevisano) κι ο προβλεπτής (proveditore) Στέφανος Τιέπολο*(Stefano Tiepolo) είχαν εισηγηθεί κατά το 1532 την ανέγερση κάστρου στη Λάρνακα αντί της επισκευής κι ενισχύσεως του κάστρου της Κερύνειας. Οι δυο αυτοί Βενετοί αξιωματούχοι θεώρησαν ίσως ότι από την πλευρά της Λάρνακας θα επεχειρείτο η τουρκική επίθεση, παρά από τη βόρεια Κύπρο. Ίσως ακόμη να είχαν υπ’ όψιν σχέδιο άμυνας σε σχέση Λάρνακας - Αμμοχώστου. Η εισήγησή τους πάντως προς τις βενετικές αρχές δεν εισακούστηκε. Έτσι οι Αλυκές, όπως εξάλλου και η Λεμεσός και η υπόλοιπη νότια και δυτική Κύπρος, δεν ήταν σε θέση να προβάλουν ούτε καν στοιχειώδη αντίσταση στις τουρκικές δυνάμεις εισβολής. Και πράγματι, όταν πραγματοποιήθηκε η μεγάλη επίθεση, το 1570, ο κύριος όγκος των δυνάμεων του Λαλά* Μουσταφά αποβιβάστηκε ανενόχλητος στον κόλπο της Λάρνακας. Η πόλη αυτή ήταν η πρώτη που κατελήφθη από τους Τούρκους, χωρίς αντίσταση. Κι από τη Λάρνακα ήταν που οι τουρκικές δυνάμεις προχώρησαν προς τα Λεύκαρα, προς τη Λευκωσία (που καταλήφθηκε στις 9 Σεπτεμβρίου του 1570 ύστερα από πολιορκία 40 ημερών), προς την Κερύνεια (που παραδόθηκε αμαχητί) και, τέλος, προς την Αμμόχωστο (που πρόβαλε γενναία άμυνα για 11 μήνες).
Οι οχυρώσεις της Λάρνακας, τότε, ήσαν υποτυπώδεις. Το κάστρο της δεν φαίνεται να ήταν ιδιαίτερα σημαντικό. Οι μικροί πύργοι στο Κίτι και στη Ξυλοφάγου (στα δυο ακρωτήρια του κόλπου της Λάρνακας) ήσαν μόνο μικρά παρατηρητήρια χωρίς καμιά αμυντική ικανότητα. Ο Ιωάννης Κοτόβικος, που είδε τη Λάρνακα το 1598, λίγα μόνο χρόνια μετά την άλωση της Κύπρου από τους Τούρκους, κάνει λόγο για την ύπαρξη ενός τετράγωνου πύργου παρά ενός ισχυρού κάστρου.