Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας η Λάπηθος ονομαζόταν και Λάπηθος και Λάμπουσα από τους Έλληνες αλλά Λα Πιζόν (La Pison) από τους Φράγκους. Ήταν φημισμένη ιδίως για την παραγωγή ζαχαροκάλαμου, για το μετάξι και για τα φρούτα της. Ο Λουί ντε Μας Λατρί μαρτυρεί ότι αποτελούσε το κύριο φέουδο του Φιλίππου ντε Λουζινιάν, γιου του Ερρίκου, πρίγκιπα της Γαλιλαίος κι αδελφού του βασιλιά της Κύπρου Ιανού (1398-1432). Ανήκε, καθ' όλη την περίοδο της Φραγκοκρατίας, σε μέλη της οικογένειας των Λουζινιανών βασιλιάδων της Κύπρου.
Μεταξύ των μεσαιωνικών χρονογράφων που αναφέρουν τη Λάπηθο είναι ο Λεόντιος Μαχαιράς κι ο Γεώργιος Βουστρώνιος.
Ο Λεόντιος Μαχαιράς αναφέρει τη Λάπηθο ως επισκοπική έδρα του αγίου Ευλαλίου. Αλλού πάλι αναφέρει ο Μαχαιράς (Χρονικόν, παρ. 632) ότι ἔπεψεν ὁ ρήγας [=βασιλιάς Ιανός] τήν ἀδελφήν του τήν παρθένον Μαργέτταν μέ κάτεργα [=γαλέρες] ἀπό τήν Kερυνίαν εἰς τόν ἄντραν της τόν ρέ [=βασιλιά] Σελάγο [=Λατισλάς της Νεαπόλεως] καί ἐπέζευσεν [=αποβιβάστηκε] εἰς τήν Λάπηθον. Καί ἐπῆγεν καί ὁ ρήγας μέ τήν μητέραν του τῆς γῆς [=διά ξηράς], καί ἐκεῖ ἔτρωγαν καί 'πίνναν πολλές ἡμερες...
Η αναφορά του Μαχαιρά ότι έγινε αποβίβαση στη Λάπηθο, όπου βασιλικοί καλεσμένοι είχαν φθάσει με γαλέρες, δεικνύει ότι βρισκόταν τότε ακόμη σε χρήση το μεσαιωνικό λιμάνι της πόλης.
Ο Γεώργιος Βουστρώνιος σημειώνει ότι κατά τη διάρκεια της διαμάχης για τον θρόνο της Κύπρου μεταξύ της βασίλισσας Καρλόττας και του ετεροθαλούς αδελφού της Ιακώβου του Νόθου, ο ευγενής Έκτωρ ντε Κιβίδες* είχε πάει στη Λάπηθο από την Κερύνεια ۬ σκοπός του ευγενούς αυτού, που υποστήριζε την Καρλόττα, ήταν να φέρει στην Κερύνεια προμήθειες, ιδιαίτερα μοσχάρια, από τη Λάπηθο, για εφοδιασμό του κάστρου. Έπεσε όμως σε ενέδρα του Ιακώβου, συνελήφθη κι εκτελέστηκε. Παρόμοια εκτελέστηκε και κάποιος που πήγαινε ν' αλέσει σιτάρι στους περίφημους μύλους της Λαπήθου, λέγει ο Βουστρώνιος. Ακόμη, την ίδια μέρα οι Σαρακηνοί (που ήσαν σύμμαχοι του Ιακώβου τότε) συνέλαβαν τη σύζυγο και τα δυο ωραία παιδιά του Φάντη, ιερέα της Λαπήθου. Τα παιδιά (αγόρια) οδηγήθηκαν στη Λευκωσία κι έγιναν μουσουλμάνοι.
Η πόλη υπέστη πάλι καταστροφές από επιδρομές πειρατών, αλλά και από ισχυρούς σεισμούς, που ανέκοψαν για άλλη μια φορά την πορεία της. 'Ήδη τον 16ο αιώνα (στα χρόνια του χρονογράφου Φλωρίου Βουστρωνίου), η πόλη είχε σχεδόν εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους της κι είχε αρχίσει ν' αναπτύσσεται η σημερινή Λάπηθος. Ο Ιωάννης Κοτόβικος (Cotovicus) που επεσκέφθη την Κύπρο το 1598-99, περιγράφει την παλαιά Λάπηθο ως μικρό χωριό με πολύ γόνιμο έδαφος, με άφθονο βαμβάκι, ζάχαρη, λεμόνια και πορτοκάλια (Excerpta Cypria, p. 194).
Την σχεδόν εγκαταλελειμμένη πλήρως από τους κατοίκους της Λάπηθο αναφέρει σε γράμματά του κι ο Αλέξανδρος Ντράμμοντ (Drummond) που βρέθηκε στην Κύπρο το 1745 και το 1750. Λέει ότι η Λάπηθος βρίσκεται σ' ευχάριστη τοποθεσία πάνω στους βράχους της παραλίας απ' όπου εκτεινόταν το λιμάνι προς τα δυτικά. Αν και δεν έχει ποταμό, όλο το έδαφος της πλαγιάς είναι εύφορο κι ευχάριστο, με μεγάλο αριθμό αυτοφυών και φυτεμένων δένδρων και καλή παραγωγή σιταριού. Γι' αυτό δεν απορώ γιατί προηγουμένως ονομαζόταν Αξιαγάπητη Λάπηθος. Τώρα δεν υπάρχει ούτε ένα καλό σπίτι σ' αυτή, από μερικά ερείπια ωστόσο μπορούσα να διαπιστώσω την ύπαρξη καλών οικοδομών και μερικών επιβλητικών κτιρίων στο παρελθόν (Excerpta Cypria, σ. 298).
Πράγματι, η πόλη της Λαπήθου είχε πλέον εξαφανισθεί. Στο μεταξύ είχε όμως αντικατασταθεί από τον νεότερο και γειτονικό οικισμό που φέρει το ίδιο όνομα. Τα ερείπιά της ήταν ορατά για πολλά χρόνια υστερότερα. Ο Αθ. Σακελλάριος (Τά Κυπριακά, Α' Αθήνα; 1890, σσ. 141-142) δίνει την ακόλουθη μαρτυρία:
... Ἐν τοῖς ἐρειπίοις δ' αὐτῆς ὑπάρχει νῦν ἡ λίαν πλουσία μονή τῆς Ἀχειροποιήτου (δηλ. εἰκόνος τοῦ Χριστοῦ),ἧς ἡ αὐλή εἶνε πλήρης βάσεων καί ἄλλων ἀρχαίων λειψάνων συναθροισθέντων ἐκ τῶν ἐρειπίων τῆς πόλεως. Εἰς τά νοτιοανατολικά δ' αὐτῆς βλέπομεν ὁλόκληρα μονόλιθα δωμάτια ἐκ βράχου, ὡς τά τῆς Νέας Πάφου, ἀλλά μεμονωμένα. Ἐπί τινος δέ τούτων παρά τήν μονήν ἀναβάς διά λελατομένης κλίμακος παρετήρησα ἐπί τῆς ἐκ τοῦ αὐτοῦ λίθου στέγης ὀπήν, δι' ἧς φαίνεται, ἀρχαίου ὂντος θυσιαστηρίου, ὅτι ἐξήρχετο ὁ καπνός. Ἐντός δ' αὐτοῦ ἐπί τοῦ τοίχου καί λεκάνη ἑτερομήκης ᾖτο ἐσκαμμένη, ἑτι δέ καί ἴχνη ἐφαίνοντο χριστιανικοῦ θυσιαστηρίου. Τῆς μονῆς δ' ἀνατολικῶς ὑπάρχει ὡραῖον καί λίαν ἐκτεταμένον ψηφιδωτόν, καί ἐπ' αὐτῆς τρία μικρά ναΐδια χριστιανικά, ὧν τό μεγαλείτερον φαίνεται ὅτι ἧτο ἀνατεθειμένον εἰς τόν Ἃγιον Εὐλάλιον. Ὅτι δ' ἐνταῦθα ὑπῆρχε σπουδαῖος ἑλληνικός ναός ἤ ἄλλο οἰκοδόμημα οὐδεμία εἶνε ἀμφιβολία. Ἐν Λαπήθῳ δ' ἐπί τῶν χρόνων τοῦ Φλωρίου Βουστρονίου ὑπῆρχον πολλοί ἀρχαῖοι πύργοι λίαν ὑψηλοί καί ἐξαισίας τέχνης ἐκ πολυγωνικῶν λίθων εἰργασμένοι, καί ἄλλα ἐν τοῖς βράχοις ὑψηλά οἰκοδομήματα ۬ ἔτι δέ παρά τήν θάλασσαν πολλαί κρῆναι μετ' ἀφθόνων καί ψυχροτάτων ὑδάτων.
Λείψανα δέ κιόνων καί κιονοκράνων ὑπάρχουσι καθ' ἅπασαν τήν πόλιν καί θά ἧσαν ἒτι πλείονα, ἀν οἱ νοτιοδυτικῶς ἐν ταῖς κώμαις Καραβᾷ καί Λαπήθῳ κατοικοῦντες δέν μετεκόμιζον ἐξ αὐτῆς τούς καλλιτέρους αὐτῶν, δι' αὐτῶν κτίζοντες τάς οἰκίας των.
Τέσσαρες δέ ὄρμοι παρά τήν πόλιν ὑπάρχουσιν, ἀλλ' ὁ τῆς Βασιλείας εἶνε ὁ καλλίτερος ۬ ἐπειδή δέ πολύ μακράν τῆς πόλεως κεῖται καί παρ' αῦτόν οῦδεν ἴχνος ἀρχαιότητος δείκνυται, παραδεχόμεθα ὡς τόν ὑπό τοῦ Στράβωνος εἰρημένον τόν παρά τήν Ἀχειροποίητον κείμενον, ἐν ᾦ καί τά τῆς πόλεως νεώρια ὑπῆρχον.
Τά νεκροταφεία δέ τῆς πόλεως κεῖνται εἰς τό ἀνατολικόν αὐτῆς μέρος.
Καί εἰς τά νῦν καλούμενα Περιβόλια κατά τό μέρος τῆς θαλάσσης ὑπάρχουσι δεξαμεναί ἐσκαμμέναι ἐπί τῶν βράχων μετά τίνων ἑκάστη θέσεων, αἵτινες πιθανῶς ἦσαν λουτῆρες τῆς πόλεως, κείμενοι ὁ εἶς παρά τόν ἄλλον. Μεταξύ δ' αὐτῶν ὑπάρχει ὀχετός, δι' οὗ τῆς θαλάσσης τά ὕδατα χύνονται εἰς ἑκάστην αὐτών καί ἐκεῖθεν εἰς ἑκάστην τῶν δεξαμενῶν. Ἀλλά μή ταῦτα ἦσαν ἰχθυοτροφεῖα; διότι ἐπί τῶν χρόνων τοῦ Φλωρίου Βουστρονίου ἐφαίνοντο ἔτι παρά τινα μεγάλην οἰκίαν πιθανῶς παρά τά ἀνάκτορα τῶν βασιλέων τῆς πόλεως ἰχθυοτροφεῖα ἐσκαμμένα ἐν τοῖς βράχοις, ἔχοντα τετραγωνικά σχήματα, ἐν οἷς δι' ὀχετῶν εἰσήρχοντο εἰς αὐτά ἡ θάλασσα καί οἱ ἰχθῦς.