Μετά την κατάληψη της Λευκωσίας ο Λαλά Μουσταφά ζήτησε επίσης την «ειρηνική» παράδοση σ' αυτόν και της Αμμοχώστου και της Κερύνειας. Στην Αμμόχωστο, ο αρχηγός των αμυνομένων Μαρκαντώνιος Βραγαδίνος*, ο στρατηγός Αστόρρε Βαγλιόνε και οι λοιποί υπερασπιστές της, έμαθαν την είδηση για την πτώση της Λευκωσίας στις 11 Σεπτεμβρίου, όταν παρέλαβαν μέσα σε δίσκο την κομμένη κεφαλή του αντιστράτηγου της Κύπρου Νικολάου Δάνδολου* που είχε σκοτωθεί στην πρωτεύουσα. Το μακάβριο αυτό δώρο συνοδευόταν από επιστολή του Λαλά Μουσταφά, με την οποία ζητούσε να του παραδοθεί η Αμμόχωστος. Παρόμοια επιστολή, μαζί με δυο κομμένες κεφαλές, είχε στείλει ο Λαλά Μουσταφά και στους υπερασπιστές της Κερύνειας, οι οποίοι και ζήτησαν εντολές από την Αμμόχωστο για το τι έπρεπε να πράξουν. Ωστόσο, ενώ οι υπερασπιστές της Κερύνειας βεβαίωναν τους Αμμοχωστιανούς ότι ήσαν έτοιμοι να θυσιαστούν, τελικά απεφάσισαν — χωρίς ν' αναμένουν τις οδηγίες από την Αμμόχωστο — να παραδώσουν την πόλη στον Λαλά Μουσταφά χωρίς μάχη. Πράγματι, η Κερύνεια παραδόθηκε στις 14 Σεπτεμβρίου 1570, την ίδια μέρα που το τουρκικό ιππικό έφθανε μπροστά στα τείχη της Αμμοχώστου. Ο κύριος όγκος του τουρκικού στρατού έφθασε στην Αμμόχωστο δυο μέρες αργότερα, ενώ την άλλη μέρα η πόλη πολιορκήθηκε κι από την πλευρά της θάλασσας, από τον στόλο του Πιαλή.
Στην Αμμόχωστο τα πράγματα έπαψαν να είναι εύκολα για τον Λαλά Μουσταφά. Αφενός οι άριστες οχυρώσεις της πόλης, κι αφετέρου η γενναιότητα, το θάρρος, η αποφασιστικότητα και ο ηρωισμός των υπερασπιστών της, παρά δε το ότι ο αριθμός τους ήταν πολύ μικρός (περί τις 8.000 πολεμιστές), ανάγκασαν τις δυνάμεις των Τούρκων να καθηλωθούν εκεί, πολιορκώντας την για 11 ολόκληρους μήνες. Σ’ αυτούς τους 11 μήνες σκοτώθηκαν περίπου οι μισοί από τους υπερασπιστές της πόλης, Βενετούς, Έλληνες και άλλους, ενώ οι απώλειες των πολιορκητών ανήλθαν στις 80.000 νεκρούς, όπως ο ίδιος ο Λαλά Μουσταφά ανέφερε. Παρά τις συνεχείς λυσσώδεις επιθέσεις που εξαπέλυσε ο Λαλά Μουσταφά, και παρά τον αδιάκοπο κανονιοβολισμό της πόλης (οι Τούρκοι έριξαν συνολικά εναντίον της 163.000 οβίδες), η Αμμόχωστος δεν κατελήφθη και παρέμεινε απόρθητη. Μόνο ύστερα από παντελή έλλειψη τροφίμων και πολεμοφοδίων, κι αφού κάθε ελπίδα για βοήθεια από τους Χριστιανούς της Ευρώπης είχε εξανεμισθεί, οι υπερασπιστές της Αμμοχώστου αποφάσισαν να δεχθούν τις προτάσεις του Λαλά Μουσταφά και να του παραδώσουν την πόλη τους. Οι όροι της συμφωνίας υπεγράφησαν την 1η Αυγούστου 1571 (για την επική πολιορκία και την άλωση της Αμμοχώστου, βλέπε ειδικό κεφάλαιο στο λήμμα Αμμόχωστος).
Μετά την παράδοση της πόλης, κι αθετώντας κάθε υπόσχεση που είχε δώσει, αποδεικνύοντας έτσι την ηθική κατάπτωση και την απανθρωπιά των «νικητών» ενάντια στον ηρωισμό, την αυταπάρνηση και το ανώτερο ήθος των «ηττημένων», ο Λαλά Μουσταφά επέτρεψε πρωτοφανείς αγριότητες και βαρβαρότητες. Σκότωσε τους αρχηγούς της πόλης που πήγαν να του παραδώσουν επίσημα τα κλειδιά στη σκηνή του το βράδυ της 5ης Αυγούστου, με συνοδεία από 300 υπερασπιστές της Αμμοχώστου. Ιδιαίτερα τον Μαρκαντώνιο Βραγαδίνο εξετέλεσε ύστερα από πρωτοφανή βασανιστήρια (μεταξύ άλλων διέταξε να τον γδάρουν ζωντανό). Η ίδια η πόλη λεηλατήθηκε άγρια κι ο πληθυσμός της κατασφάχτηκε.
Με την κατάληψη και της Αμμοχώστου (στην οποία ο Λαλά Μουσταφάς εισήλθε επίσημα στις 8 Αυγούστου) ολοκληρώθηκε η κατάκτηση της Κύπρου από τον Τούρκο αρχιστράτηγο. Οι στρατιωτικές δυνάμεις με τις οποίες κατέκτησε την Κύπρο δεν είναι επακριβώς γνωστές. Σύμφωνα προς τον Morosini, αρχικά αποβίβασε στο νησί 20.000 πεζούς και 3.000 ιππείς. Από διάφορες πηγές, συνάγεται ότι η ολική δύναμη που πολιόρκησε και κατέλαβε τη Λευκωσία (στρατιώτες, βοηθητικοί και άλλοι) ανερχόταν στις 100.000 άνδρες περίπου. Ο Άγγελος Γάττος υποστηρίζει ότι στην Αμμόχωστο ο Λαλά Μουσταφά διέθετε στρατό που ανερχόταν στις 297.000 (250.000 πεζοί, 7.000 ιππείς και 40.000 σκαπανείς και άλλοι). Ο ίδιος ο Λαλά Μουσταφάς, όταν συναντήθηκε με τον Μαρκαντώνιο Βραγαδίνο και λίγο πριν διατάξει την έναρξη βασανισμού του, του είχε πει ότι τον θεωρούσε υπεύθυνο για τον θάνατο 80.000 ανδρών του μπροστά στα τείχη της Αμμοχώστου που δεν είχε παραδοθεί από την αρχή. Επίσης, στην Αμμόχωστο ο Λαλά Μουσταφά είχε παρατάξει και 70 τηλεβόλα και 4 βασιλίσκους, αργότερα δε ο αριθμός των τηλεβόλων ανήλθε σε 113. Ο Λαλά Μουσταφά, όταν ρωτήθηκε επανειλημμένα για τον συνολικό αριθμό των δυνάμεών του, έδινε διαφορετικούς αριθμούς κάθε φορά. Οπωσδήποτε, ανάμεσα στους επιτιθέμενους θα πρέπει να υπολογιστούν και τα δυσαρίθμητα μπουλούκια πειναλέων Τούρκων που είχαν σπεύσει στην Κύπρο για να πάρουν μέρος στις λεηλασίες, με πρόσκληση του ίδιου του Λαλά Μουσταφά, από τη Μικρά Ασία και τη Συρία. Μετείχαν επίσης πολλοί Αρμένιοι και άλλοι διαφόρων εθνικοτήτων.
Όταν επανήλθε στη Λευκωσία ο Λαλά Μουσταφά, μεταξύ άλλων διέταξε την απογραφή του πληθυσμού για σκοπούς φορολογίας. Έτσι, ο πληθυσμός των αρρένων κατοίκων της Κύπρου, από 14 μέχρι 50 χρόνων, βρέθηκε να είναι περίπου 85.000. Ήδη, πολλοί είχαν διαφύγει στο εξωτερικό, και στα άδεια σπίτια των πόλεων ο Λαλά Μουσταφά εγκατέστησε περί τις 22.000 Τούρκους εποίκους. Οι ξένοι αριστοκράτες που δεν κατόρθωσαν να διαφύγουν στο εξωτερικό, κι είχαν διαφύγει στα όρη, αργότερα παραδόθηκαν οι περισσότεροι στο έλεος των νέων κατακτητών. Ήδη είχε εκδοθεί διάταγμα του μεγάλου βεζύρη που όριζε ότι οι Λατίνοι δεν εδικαιούντο να διαμένουν στην Κύπρο. Τούτο απετέλεσε, μεταξύ άλλων, και τον τερματισμό της κυριαρχίας της Λατινικής Εκκλησίας στο νησί, με αποτέλεσμα σύντομα να παλινορθωθεί η Ορθόδοξη Εκκλησία της Κύπρου.
Τελικά ο Λαλά Μουσταφά αναχώρησε από την Κύπρο για την Κωνσταντινούπολη στις 22 Σεπτεμβρίου του 1571. Στα καράβια του, συνολικά 21, μετέφερε πολλούς αιχμαλώτους, σκλάβους, προϊόντα των λεηλασιών και το δέρμα του Μαρκαντώνιου Βραγαδίνου. Σύμφωνα προς τον Ποδοκάταρο, άφησε πίσω του τις ακόλουθες φρουρές Γενιτσάρων: 800 στην Αμμόχωστο, 500 στη Λευκωσία, 200 στην Κερύνεια, καθώς και σώμα από 3.000 ιππείς κατανεμημένους σε διάφορα άλλα μέρη του νησιού.
Στην Κωνσταντινούπολη, όπου έφθασε τον Οκτώβριο, δεν έγινε δεκτός με τις θριαμβευτικές τελετές που ανέμενε. Η ναυμαχία της Ναυπάκτου (7 Οκτωβρίου 1571), μόλις είχε τελειώσει. Κατά τη ναυμαχία αυτή, που απετέλεσε την εκδίκηση των Δυτικών για την απώλεια της Κύπρου, ο ενωμένος στόλος των χριστιανικών δυνάμεων είχε συντρίψει και καταστρέψει εντελώς τον στόλο των Τούρκων. Οι περισσότερες τουρκικές οικογένειες της Κωνσταντινουπόλεως θρηνούσαν νεκρά μέλη τους, χαμένα στα νερά της Ναυπάκτου, γι΄ αυτό και δεν ξεχύθηκαν στους δρόμους για να υποδεχθούν με χαρές κι ενθουσιασμούς τον κατακτητή της Κύπρου. Τους πανηγυρισμούς για την κατάληψη της Κύπρου ματαίωσε ο οδυρμός για τις φοβερές απώλειες στη Ναύπακτο.
Η Κύπρος θα παρέμενε, για τους επόμενους τρεις αιώνες, υπό τουρκική κυριαρχία και θα οδηγείτο κατά το διάστημα αυτό σε συνθήκες πλήρους εξαθλίωσης. Προς τιμήν του Λαλά Μουσταφά, το όνομά του δόθηκε από τους Τούρκους το 1954 στον καθεδρικό ναό του Αγίου Νικολάου, το ωραιότερο γοτθικό στολίδι της Αμμοχώστου, την οποία ωστόσο δεν κατόρθωσε να κατακτήσει με τη δύναμη των όπλων.