Ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός είχε χαιρετίσει την εγκαθίδρυση της αγγλικής διοίκησης, επειδή πίστεψε πως η Κύπρος θα απαλλασσόταν οριστικά από τα δεινά που γνώρισε κατά τη μακρόχρονη περίοδο της Τουρκοκρατίας, και πως θα άρχιζε μια νέα περίοδος ευτυχίας και προόδου για τον κυπριακό λαό. Οι ελπίδες του όμως αυτές πολύ γρήγορα άρχισαν να διαψεύδονται.
Αφορμή στη διένεξη Κυπριανού με τις αγγλικές αρχές έδωσε η στάση του διοικητή της επαρχίας Λεμεσού Falk Warren πάνω σε διάφορα θέματα που αφορούσαν κατοίκους της επαρχίας, αλλά και τον ίδιο και τη μητρόπολη Κιτίου. Ο Warren έχοντας τις γενικές οδηγίες του Wolseley σαν γνώμονα στις ενέργειές του, προσπάθησε μέσα σε σύντομο διάστημα να κάνει αισθητή την παρουσία του σε κάθε τομέα της διοίκησης και να επιφέρει τις επιθυμητές βελτιώσεις. Γι’ αυτό, μη έχοντας και την ανάλογη εμπειρία ούτε του συστήματος, ούτε των γλωσσών και της νοοτροπίας των κατοίκων, δεν άργησε να έρθει σε σύγκρουση με εκείνη τη μερίδα των κατοίκων, που λόγω της μόρφωσής τους και της θέσης τους μπορούσαν να γίνουν εκφραστές της δυσφορίας του λαού για τον τρόπο που εφάρμοζε τη διοίκησή του. Ο Κυπριανός, πιστεύοντας πως ο διοικητής της Λεμεσού δρούσε λανθασμένα λόγω άγνοιας των θεσμών και των νόμων που υφίσταντο, και έχοντας συνηθίσει να απευθύνεται κατά την προηγούμενη τουρκική διοίκηση στις αρχές, απηύθυνε δυο φιλικές, όπως ο ίδιος τις χαρακτήρισε, επιστολές στον Warren, τη μια στις 17/29 Νοεμβρίου 1878 και την άλλη στις 7/19 Δεκεμβρίου 1878 αναφέροντάς του ορισμένα παράπονα των κατοίκων του διαμερίσματος Λεμεσού σχετικά με τις ταλαιπωρίες των αμπελουργών κατά το ζύγισμα των κρασιών τους, τον διορισμό ως ζαπτιέδων Τούρκων που είχαν βεβαρυμένο ποινικό μητρώο, τη φυλάκιση για χρέη ιερωμένων στις κοινές φυλακές μαζί με εγκληματίες, και τις λανθασμένες αποφάσεις του διοικητικού συμβουλίου (μετζιλίς ιταρέ) σχετικά με τη δεκάτη των ελιών. Οι επιστολές αυτές προκάλεσαν την αντίδραση του Warren, ο οποίος σε έντονο ύφος ζήτησε από τον Κυπριανό να μη του απευθύνει ιδιωτικές επιστολές.
Ο Κυπριανός, θέλοντας να προλάβει χειροτέρευση της κατάστασης, έγραψε στις 15/27 Δεκεμβρίου 1878 μιαν επιστολή στον Ονούφριο Ιασονίδη από τη Λεμεσό, που σπούδαζε τότε στην Αγγλία, και που από τον Οκτώβριο είχε αρθρογραφήσει στον αγγλικό Τύπο για την κατάσταση στην Κύπρο. Ο Κυπριανός εξέφραζε στην επιστολή του τη διάψευση των προσδοκιών του από τους αντιπροσωπεύοντες το αγγλικό έθνος στην Κύπρο και κυρίως από τον Warren, ο οποίος ἀνερυθριάστως κηρύττει γεγονυίᾳ τῇ φωνῇ ἐν πάσῃ δοθείσῃ περιστάσει, ὅτι ἡ νῦν διοίκησις δέν εἶναι νέα, ἀλλά συνέχεια τῆς προτέρας αὐτῆς, αὐτός δέ εἶναι... ὑπάλληλος τῆς Τουρκίας!! Καί δυστυχῶς αἱ πράξεις του ἐν πάσαις ταῖς λεπτομερείαις αὐτῶν διατρανοῦσιν, ὅτι δέν ἀστεΐζεται. Συμπεριφέρεται πρός τούς χριστιανούς ἐν γένει τοῦ διαμερίσματος τούτου καί τούς ἱερεῖς αὐτῶν, καί πρός ἐμέ τόν πνευματικόν αὐτῶν ἀρχηγόν, ὡς πρός ὑπηκόους τέως ἀτιθάσσους καί σκληροτραχήλους, οἵτινες δι’ ἐπανειλημμένων ἐπαναστάσεων κατεβασάνιζον ἀδύνατον πατρικήν Κυβέρνησιν, ἐξ ἧς ἀπέσπασαν ὑπέρμετρα προνόμια, δι’ ὧν ἠδίκουν τήν τε διοίκησιν καί τήν ἀθώαν ὁμοεθνῆ αὐτῆς μειονότητα τῶν κατοίκων καί ἦλθεν ἡ γενναιότης αὐτοῦ διά νά ἐπανορθώσῃ τό ἀδίκημα!! Μόλις ἡ ὑπόθεσις αὕτη δύναται νά ἐξηγήσῃ τήν διαγωγήν του... (Νέον Κίτιον, 14, 22/3.9.1879 και Φ. Ζαννέτου, μν. έ., σσ. 103-104).
Στη συνέχεια ο Κυπριανός, αφού ανέφερε ορισμένα από τα παράπονα των κατοίκων, ζητούσε από τον Ιασονίδη να συνεννοηθεί με τον ιερέα της ελληνικής παροικίας στο Λονδίνο Ιερώνυμο Μυριανθέα και να απευθυνθούν προς την αγγλική κυβέρνηση. Ο Ιερώνυμος όμως αρνήθηκε να συνεργαστεί, ενώ ο Ιασονίδης άρχισε να επικοινωνεί με παράγοντες της αντιπολίτευσης και συγκεκριμένα τους φιλελεύθερους βουλευτές Tozer, Foster και Dilke.
Ο Κυπριανός δεν παρέλειψε να απευθυνθεί και προς τον ύπατον αρμοστή. Με εμπιστευτική επιστολή του προς τον Wolseley στις 24 Φεβρουαρίου 1879 (έ.π.) κατάγγελλε τη διαγωγή του Warren για την ανάμειξή του στο επαρχιακό δικαστήριο Λεμεσού, για τον εκ μέρους του σφετερισμό εξουσιών του δημαρχείου, για τη στέρηση του δικαιώματος στους Έλληνες κατοίκους και στον ίδιο να αναφέρονται στις αρχές χρησιμοποιώντας την ελληνική γλώσσα, για την επιβολή αδικαιολόγητα αυστηρών ποινών για ασήμαντες παραβάσεις, για τη φυλάκιση δυο ιερέων της μητρόπολής του στις κοινές φυλακές με καταναγκαστικά δημόσια έργα, για την αδικαιολόγητη επιβολή στον ίδιο προστίμου £5 για μοναστηριακά κτήματα και για την κατάργηση της συνήθειας να υποβάλλει ο μητροπολίτης καταγγελίες προς τις αρχές.
Στην Αγγλία οι φιλελεύθεροι αφού ενημερώθηκαν για την κατάσταση που επικρατούσε στην Κύπρο από τον Ιασονίδη καθώς και με νέα στοιχεία που τέθηκαν υπ’ όψιν τους με επιστολές του Κυπριανού, του Α.Κ. Παλαιολόγου και του προέδρου της Κυπριακής Αδελφότητας Αιγύπτου Οράτη, προκάλεσαν μια εκτενή συζήτηση στη Βουλή των Κοινοτήτων στις 24 Μαρτίου 1879 κατά την οποία επέκριναν με σφοδρότητα την κυβέρνηση του Disraeli και την αγγλική διοίκηση της Κύπρου. Το υπουργείο Εξωτερικών ζήτησε τότε από τον Wolseley να διερευνήσει σε βάθος τα παράπονα και να ενημερώσει την αγγλική κυβέρνηση. Ο Wolseley πήρε τότε εκθέσεις από όλους τους διοικητές, οι οποίοι αντέκρουσαν τις κατηγορίες σαν υπερβολικές και αστήρικτες, ο ίδιος δε σε αλλεπάλληλες επιστολές του προς το υπουργείο Εξωτερικών παρουσίασε την κατάσταση στην Κύπρο σαν αρκετά ικανοποιητική και υποστήριξε ότι τα παράπονα προέρχονταν κυρίως από εκείνους, των οποίων η προνομιακή θέση που ετύγχαναν επί Τουρκοκρατίας είχε διασαλευθεί με την αγγλική διοίκηση, η οποία επέβαλλε την εφαρμογή του νόμου χωρίς διάκριση σε όλους. Ο Wolseley υιοθετούσε επίσης την κατηγορία του Warren ότι υποκινητές της εναντίον της διοίκησής του αντίδρασης ήσαν εκείνοι που προωθούσαν τις ελληνικές ιδέες, το εθνικό κίνημα για ένωση με την Ελλάδα.
Τελικά, αποφασίστηκε να κληθεί ο Κυπριανός σε δημόσια δίκη στη Λεμεσό υπό την προεδρία του δικαστή Φίλλιψ, για να υποστηρίξει με μάρτυρες και επιχειρήματα τις εναντίον του Warren κατηγορίες. Η δίκη κράτησε από τις 2 Ιουνίου 1879 μέχρι τις 11 του ίδιου μήνα (έ.ν.) και σ' αυτή παρουσιάστηκαν αρκετά στοιχεία και από τις δυο πλευρές. Φαίνεται ότι κατά τη διάρκεια της δίκης καταβλήθηκαν προσπάθειες για συμφιλίωση των δυο μερών, οι οποίες έφεραν κάποιο σχετικό αποτέλεσμα. Οι Άγγλοι όταν τέλειωσε η ακρόαση έμειναν με την εντύπωση ότι τα περισσότερα από τα παράπονα δεν είχαν επαρκώς υποστηριχθεί. Αντίθετα, τόσο ο Κυπριανός, όσο και οι κάτοικοι της Λεμεσού πίστευαν ότι τα παράπονά τους ήσαν αρκετά βάσιμα. Η προβολή τους εξάλλου από τον αγγλικό Τύπο και ιδιαίτερα από το βήμα της αγγλικής Βουλής συνετέλεσε, ώστε να περιοριστούν οι υπερβολικές και αδικαιολόγητες περιπτώσεις δεσποτικής μεταχείρισης των πολιτών από τα διοικητικά όργανα.