Κατά τα τελευταία χρόνια της αρχιεπισκοπείας του ο γηραιός αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος υπέφερε από ρευματισμούς εξαιτίας των οποίων μόλις μπορούσε να κινηθεί. Τη διακυβέρνηση της Αρχιεπισκοπής στην ουσία είχε ο Κυπριανός που στα χρόνια κατά τα οποία υπηρέτησε ως οικονόμος απέκτησε αρκετούς πολιτικούς φίλους και υποστηρικτές. Η μερίδα των Χριστιανών της Κύπρου της οποίας την ηγεσία είχε ο Κυπριανός, δεν έβλεπε επίσης με καλό μάτι το γεγονός ότι στους επισκοπικούς θρόνους Πάφου και Κιτίου βρίσκονταν δυο ανεψιοί του αρχιεπισκόπου Χρυσάνθου, οι Χρύσανθος* και Χρύσανθος*. Οι υποστηρικτές του Κυπριανού διέδιδαν, ασφαλώς όχι εν αγνοία του, ότι ήταν απαράδεκτο να κυβερνάται η Κυπριακή Εκκλησία από μόνη την οικογένεια του αρχιεπισκόπου Χρυσάνθου. Πέρα όμως από τις διαδόσεις, το κόμμα του Κυπριανού προχώρησε και σε ενέργειες καθ’ όλα απαράδεκτες κατά του υπέργηρου και άρρωστου αρχιεπισκόπου που είχε ήδη προσφέρει κατά τη διάρκεια της μακράς αρχιεπισκοπείας του σημαντικές υπηρεσίες: με διάφορες παραστάσεις και με διάφορους τρόπους που, πιθανότατα περιελάμβαναν και εξαγορασμούς, οι άνθρωποι του Κυπριανού — πιθανώς και με προσωπική συμμετοχή του ιδίου —κατόρθωσαν να πείσουν τις τουρκικές αρχές να εκδώσουν αυτοκρατορικό διάταγμα για εξορία του ανυπεράσπιστου αρχιεπισκόπου Χρυσάνθου και του ανεψιού του, επισκόπου Κιτίου Χρυσάνθου. Πράγματι, ο γέρος και άρρωστος αρχιεπίσκοπος οδηγήθηκε, τον Ιούνιο του 1810, στον δρόμο της εξορίας για να πεθάνει λίγο αργότερα στην Εύβοια. Όπως σημειώνει ο Λοΐζος Φιλίππου, ἡ ἐνέργεια πρός ἐξορίαν τοῦ γηραιοῦ ἀρχιεπισκόπου ἀποτελεί στῖγμα ἀνεξάλειπτον εἰς βάρος ἐκείνων, οἱ ὁποῖοι ἐπρωτοστάτησαν εἰς τοιαύτην ἐπαίσχυντον πρᾶξιν. Ὁ ἀρχιεπίσκοπος Χρύσανθος... εὑρισκόμενος εἰς τό χεῖλος τοῦ τάφου, ἔπρεπε νά εἶναι τό ἀντικείμενον ὑπέρτατου σεβασμοῦ καί ἐπ’ οὐδενί λόγῳ ἦτο ἐπιτετραμμένον, πάσχων καί ἀσθενής καί ὑπέργηρως, νά σταλῇ ὑπερόριος εἰς τήν Εύβοιαν... (βλέπε Λ. Φιλίππου, Ἡ Ἐκκλησία Κύπρου ἐπί Τουρκοκρατίας, Λευκωσία, 1975, σ. 132).
Η ευθύνη του Κυπριανού στο θέμα της εξορίας του Χρυσάνθου αποδεικνύεται και από το γεγονός ότι σχεδόν ταυτόχρονα με το αυτοκρατορικό διάταγμα εξορίας του δευτέρου έφθασαν στην Κύπρο και τα σχετικά σουλτανικά έγγραφα με τα οποία ο Κυπριανός διοριζόταν νέος αρχιεπίσκοπος Κύπρου. Στη θέση του επίσης εξόριστου επισκόπου Κιτίου Χρυσάνθου διορίσθηκε ο αρχιμανδρίτης Μελέτιος*.
Προέκυψε, ωστόσο, σοβαρό θέμα εις βάρος τόσο του επιβληθέντος Κυπριανού όσο και του Μελετίου, ως προς το ζήτημα της χειροτονίας τους, που δεν μπορούσε να πραγματοποιηθεί εφόσον οι προκάτοχοί τους, αν και εστάλησαν στην εξορία, ωστόσο βρίσκονταν ακόμη στη ζωή και δεν είχαν καθαιρεθεί ούτε και υποβάλει παραίτηση. Το πρόβλημα επεσήμανε ο αρχιεπίσκοπος Σιναίου Κωνστάντιος, που έτυχε να βρίσκεται τότε στη Λάρνακα κι είχε προσκληθεί να χειροτονήσει τον νέο αρχιεπίσκοπο Κυπριανό και τον Κιτίου Μελέτιο. Επενέβη τότε το οικουμενικό πατριαρχείο, που με δυο επιστολές του — που κρίνονται ως αντικανονικές — διέτασσε την χειροτονία του Κυπριανού και του Μελετίου. Ωστόσο την 1η Οκτωβρίου του 1810 ο αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος πέθανε στην εξορία του, οπότε το κώλυμα της χειροτονίας του Κυπριανού ξεπεράστηκε. Η χειροτονία του ως νέου αρχιεπισκόπου Κύπρου έγινε στις 30 Οκτωβρίου του 1810. Στις 3 Νοεμβρίου του ιδίου χρόνου έγινε και η χειροτονία του Κιτίου Μελετίου, όμως χωρίς τη συμμετοχή του αρχιεπισκόπου Κωνσταντίου, που θεώρησε τη δεύτερη ως αντικανονική.