Οι καταστροφικοί σεισμοί που έπληξαν την πόλη του Κουρίου ιδίως κατά το δεύτερο μισό του 4ου μ.Χ. αιώνα, σημαδεύουν την έναρξη της παρακμής της πόλης. Ένας άλλος λόγος παρακμής ήταν η εγκατάλειψη, πλέον, της λατρείας του Απόλλωνος Υλάτη εξαιτίας της επικράτησης του Χριστιανισμού, πράγμα που σήμαινε ότι η πόλη εστερήθη πλέον των πολλών ωφελημάτων από την μη συρροή του πλήθους προσκυνητών στο ιερό του Απόλλωνος.
Ωστόσο οι σεισμικές καταστροφές φαίνεται ότι ως ένα βαθμό είχαν αντιμετωπιστεί, και αρκετά νέα λαμπρά οικοδομήματα είχαν κτιστεί, όπως ο «Οίκος του Ευστολίου» που κτίστηκε στα ερείπια κατεστραμμένου από τους σεισμούς παλατιού, η ανοικοδόμηση της αγοράς, η ανοικοδόμηση του Νυμφαίου (4η φάση), η ανοικοδόμηση μέρους της «Οικίας των Μονομάχων» και η ανέγερση κατά τον 5ο αιώνα της μεγάλης βασιλικής και της δεύτερης εκτός των τειχών βασιλικής. Άλλα όμως οικοδομήματα, όπως η «Οικία του Αχιλλέως» ( ή «Οικία του μωσαϊκού του Αχιλλέως») δεν ξανακτίστηκαν. Διάφορα άλλα μικρά οικοδομήματα φανερώνουν ότι η πόλη συνέχισε να ζει και μετά τους καταστροφικούς σεισμούς, όμως είχε χάσει πλέον την οικονομική της ευρωστία και την παλαιά της αίγλη.
Το χαριστικό όμως πλήγμα κατά της πόλης του Κουρίου έδωσαν οι αραβικές επιδρομές που άρχισαν περί τα μέσα του 7ου μ.Χ. αιώνα και συνεχίστηκαν μέχρι τον 10ο αιώνα. Όπως και άλλες παραλιακές πόλεις του νησιού, ιδίως η πρωτεύουσα Σαλαμίς - Κωνσταντία που καταστράφηκε πλήρως, έτσι και το Κούριον καταστράφηκε από τις πρώτες αραβικές επιδρομές. Η πόλη λεηλατήθηκε και πυρπολήθηκε κατά τον 7ο αιώνα, οι δε κάτοικοί της την εγκατέλειψαν, μετακινούμενοι για λόγους ασφάλειας στα ενδότερα. Η επισκοπική έδρα του Κουρίου μετεφέρθη επίσης στο χωριό δίπλα, που εξαιτίας της εγκατάστασης σ' αυτό του επισκόπου του Κουρίου, ονομάστηκε Επισκοπή.
Η άλλοτε λαμπρή πόλη παρέμεινε πλέον ερειπωμένη κι ακατοίκητη. Μερικά από τα άλλοτε λαμπρά οικοδομήματά της στέγασαν κατά καιρούς λίγους τρωγλοδύτες ή και βοσκούς, σε πρόχειρες κατασκευές, μέχρι που αποχώρησαν λίγο αργότερα κι αυτοί.