Η έλλειψη οποιουδήποτε κρατικού ενδιαφέροντος και η απουσία οποιασδήποτε κρατικής προσπάθειας για ανάπτυξη, κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, ήταν βασικοί λόγοι για τους οποίους όχι μόνο η Κερύνεια αλλά ολόκληρη η Κύπρος είχε περιέλθει σε κατάσταση πλήρους παρακμής κι αδυνατούσε ν' ακολουθήσει πορεία προόδου. Οπως κι οι Βενετοί πιο πριν, έτσι κι οι Τούρκοι κυρίαρχοι ενδιαφέρονταν ζωηρά για την είσπραξη φόρων και την εκμετάλλευση των πόρων του νησιού, αλλά δεν έδειχναν το παραμικρό ενδιαφέρον για την ανάπτυξή του, πολύ δε περισσότερο δεν είχαν τη διάθεση για κρατικές ή άλλες επενδύσεις ή δαπάνες. Ο αναπόφευκτος μαρασμός που επήλθε (οικονομικός, πνευματικός) επηρέασε και την Κερύνεια.
Οι διάφοροι ταξιδιώτες που είχαν επισκεφθεί την πόλη κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, τη βρήκαν ερειπωμένη και με ελάχιστους κατοίκους. Πρέπει όμως να σημειωθεί ότι ναι μεν ο πληθυσμός της πόλης είχε μειωθεί σημαντικά αμέσως μετά την τουρκική κατάκτησή της το 1570 εξαιτίας της φυγής των δυτικών αλλά κι αρκετών Ελλήνων, όμως οι ταξιδιώτες της περιόδου της Τουρκοκρατίας όταν έγραφαν πως η πόλη εκατοικείτο από λίγες μόνο οικογένειες, δεν συνυπολόγιζαν στον πληθυσμό της και τους κατοίκους της Πάνω Κερύνειας.
Πράγματι, στην Κάτω Κερύνεια, αυτήν που οι επισκέπτες της περιόδου της Τουρκοκρατίας περιγράφουν, παρέμειναν οι λίγοι ψαράδες και ναυτικοί κάτοικοί της, στους οποίους προστέθηκαν και λίγες οικογένειες Τούρκων που, όπως ελέχθη πιο πάνω, διέμεναν στο κάστρο μαζί με τους στρατιώτες, για λόγους ασφάλειας. Στην Πάνω Κερύνεια όμως, γνωστή και με την ονομασία Ρηάτικον (=βασιλικό κτήμα) οι Έλληνες κάτοικοι που στην πλειοψηφία τους ήταν γεωργοκτηνοτρόφοι, παρέμειναν. Εκεί είχαν αποσυρθεί ήδη από την εποχή των αραβικών επιδρομών (7ος - 10ος αιώνας), ενώ μετά την τουρκική κατάκτηση της πόλης κι άλλοι Έλληνες κάτοικοι της Κάτω Κερύνειας μετακινήθηκαν προς τη Θέρμια.
Η μετακίνηση κατοίκων της πόλης προς τα έξω θα πρέπει να συνέβη λίγο μετά την τουρκική κατάκτηση της Κύπρου, οπότε και ο ελληνικός πληθυσμός της Αμμοχώστου είχε μετακινηθεί, για λόγους ασφάλειας των Τούρκων, εκτός της παλαιάς πόλης κι ίδρυσε τα Βαρώσια (Βαρώσι σημαίνει προάστιο, από την τουρκική λέξη varoş). Για τη μετακίνηση των κατοίκων της Αμμοχώστου σε βαρώσι έξω από την πόλη, σώζεται σχετική σουλτανική διαταγή του 1573 (βλέπε λήμμα Βαρώσι ή Βαρώσια). Το ίδιο πιστεύεται ότι ίσχυσε και για τη Λευκωσία και για την Κερύνεια, που περικλείονταν σε τείχη, όπου και πάλι οι Έλληνες κάτοικοι των πόλεων αυτών αναγκάστηκαν να μετακινηθούν προς τα έξω, σε βαρώσια - προάστια.
Έτσι, στην Κάτω Κερύνεια παρέμειναν λίγες μόνο οικογένειες που ασχολούνταν με τη θάλασσα και γι' αυτό έπρεπε να κατοικούν κοντά της. Εκεί ίδρυσαν, περί τα μέσα του 18ου αιώνα, μεγαλύτερο καρνάγιο (ναυπηγείο) στο οποίο όχι μόνο μπορούσαν να επιδιορθώνουν τα σκάφη τους και να κατασκευάζουν ψαρόβαρκες όπως γινόταν και πιο πριν, αλλά να κατασκευάζουν και μεγαλύτερα σκάφη και κυρίως καΐκια. Μπορούσαν έτσι οι Κερυνειώτες, όπως κι οι κάτοικοι κοντινών οικισμών όπως ο Καραβάς, να ασχοληθούν τώρα με το εμπόριο από το οποίο άρχισαν ν' αποκτούν κέρδη. Μεταξύ άλλων, άρχισαν σιγά - σιγά ν' αγοράζουν από τους Τούρκους, σε χαμηλές τιμές, κτήματα και περιουσίες. Αρκετοί από τους εμπορευόμενους Κερυνειώτες σταδιακά εγκαταστάθηκαν και πάλι στην Κάτω Κερύνεια, κοντά στη θάλασσα. Το εμπόριο, κυρίως με τη Μικρά Ασία, διεξαγόταν ομαλά και οι τουρκικές τοπικές αρχές αν δεν το υποβοηθούσαν, τουλάχιστον δεν παρενέβαλλαν στους Έλληνες εμπόρους σοβαρά εμπόδια αφού οι τελευταίοι φρόντιζαν να αποστέλλουν τακτικά δώρα στον καϊμακκάμη, στον καδή και στο μικρό στρατιωτικό απόσπασμα που έδρευε στην πόλη τους.
Κατά τα τέλη του 18ου και τις αρχές του 19ου αιώνα οι Κερυνειώτες εμπορευόμενοι διατηρούσαν πυκνές σχέσεις με την Ελλάδα. Μάλιστα πολλοί Έλληνες ναυτικοί έφθαναν μέχρι την Κερύνεια, όπου αρκετοί απ' αυτούς παρέμειναν, απέκτησαν περιουσία, νυμφεύθηκαν κι εγκαταστάθηκαν. Ονόματα οικογενειών της Κερύνειας, που απαντώνται και σήμερα, υποδηλώνουν και την αρχική καταγωγή των ιδρυτών των οικογενειών αυτών: Σκοπελίδης (από το νησί Σκόπελος), Χαλκίδης (από τη Χάλκη), Χιωτέλης (από τη Χίο), Κρανιδιώτης (από το Κρανίδι της Πελοποννήσου), Βράχας (από τα Ιόνια νησιά), Έλληνας (από την κυρίως Ελλάδα) κλπ. Επίσης ένας Ιταλός καπετάνιος, ο Λορέττι (Loretti) αγόρασε μια τεράστια έκταση γης κοντά στην Κερύνεια (αυτήν που απετέλεσε την έπαυλη Φουντζ'ίν) στην τιμή της μιας λίρας! Αργότερα η έπαυλη έγινε ιδιοκτησία Αυστριακών προξένων.
Στα 1830 κατά τον Ιερώνυμο Περιστιάνη, ή κατ' άλλους αργότερα, γύρω στα 1854 ή 1855, ολόκληρος ο πληθυσμός της Κερύνειας κινδύνευσε ν' αφανιστεί από επιδημία πανώλους εξαιτίας της οποίας πολλοί πέθαναν. Οι λίγοι Κερυνειώτες που απέμειναν - και που ήταν, σύμφωνα προς την παράδοση, ακριβώς 100 - εγκατέλειψαν την πόλη και κατέφυγαν στη μικρή εκκλησία της Παναγίας Γλυκιώτισσας, στα δυτικά της Κερύνειας, κοντά στην ακτή. Επικεφαλής αυτών ήταν ο παπά Χαράλαμπος Οικονόμος* από το Κάρμι, ιερέας, δάσκαλος, κτηματίας αλλά και ηγετική φυσιογνωμία της Κερύνειας αυτή την εποχή (πέθανε το 1875). Στη Γλυκιώτισσα παρέμειναν το καλοκαίρι του χρόνου εκείνου κι εκεί μια από τις γυναίκες γέννησε ένα υγιές αγόρι που το ονόμασαν Παναγή, προς τιμήν της Παναγίας την οποία αρκετοί ισχυρίστηκαν πως είχαν δει να κυνηγά και να διώχνει το θανατικό. Το Σεπτέμβριο οι κάτοικοι επέστρεψαν στην πόλη μαζί με το νεογέννητο, πράγμα που θεωρήθηκε και πάλι ως θαύμα γιατί, ενώ είχαν φύγει 100 για να γλυτώσουν από το θάνατο, επέστρεψαν 101.