Η πολιτική, οικονομική και πολιτιστική ανάπτυξη της Ιωνίας έμελλε να ανασταλεί με την εμφάνιση ισχυρών πολιτικών δυνάμεων από την Ανατολή, που επεδίωξαν την κατάληψη των ιωνικών πόλεων. Από τον 7ο κιόλας αιώνα οι Λυδοί άρχισαν την σταδιακή κατάκτησή τους και την ολοκλήρωσαν στα μέσα του 6ου αι. π.Χ., την εποχή του βασιλιά Κροίσου. Εξαίρεση αποτέλεσε η Μίλητος.
Η πραγματική, ωστόσο, υποδούλωση των Ιώνων άρχισε την εποχή της περσικής εξάπλωσης. Ο Κύρος ο Μέγας (550 -29 π.Χ), αφού ένωσε τους Μήδους και Πέρσες κατάφερε, το 546 π.Χ., να νικήσει τους Λυδούς και να καταστήσει το αχανές κράτος τους, απλή επαρχία της Περσικής αυτοκρατορίας. Οι ελληνικές πόλεις της Μ. Ασίας δήλωσαν υποταγή στους Πέρσες, υποχρεώθηκαν να πληρώνουν βαρείς φόρους και προμήθευαν στρατό και στόλο για τις περσικές εκστρατείες. Τέθηκαν επίσης κάτω από τοπικούς τυράννους, όργανα των Περσών, που καταπίεζαν τους ελληνικούς πληθυσμούς, για να είναι αρεστοί και να διατηρούνται στην εξουσία.
Η εμφάνιση της Περσικής αυτοκρατορίας στα μικρασιατικά παράλια και η επεκτατική πολιτική των Περσών ήταν μοιραίο ότι θα τους έφερνε αντιμέτωπους με τους Έλληνες. Η πολιτική αυτή φάνηκε αργότερα ξεκάθαρη με την επίθεση εναντίον της Ελλάδας.
Ο Δαρείος Α' (522 - 486) το 514/13 π.Χ. εισέβαλε στη Σκυθία. Με τη βοήθεια των τυράννων των ιωνικών πόλεων έφτιαξαν πλωτή γέφυρα και πέρασαν στην Ευρώπη. Αργότερα έφτιαξαν μια άλλη στον Δούναβη, που τη φύλαξή της άφησαν σε Έλληνες. Είναι χαρακτηριστικό ότι ο τύραννος της Μιλήτου Ιστιαίος απέρριψε την πρόταση των Σκυθών να καταστρέψουν την πλωτή γέφυρα του Δούναβη και ν' αποκόψουν τους Πέρσες. Η δικαιολογία που τους έδωσε ήταν ότι, αν καταστραφεί ο Δαρείος, και αυτοί θα χάσουν τ' αξιώματά τους!
Ωστόσο η επιτυχία της περσικής εκστρατείας είχε σοβαρές οικονομικές συνέπειες για τις ελληνικές πόλεις της Μ. Ασίας, επειδή περιόρισε στο ελάχιστο τις εμπορικές επαφές με τον Εύξεινο Πόντο. Το γεγονός αυτό, μαζί με την παραχώρηση εμπορικών προνομίων στους Φοίνικες, συνέτεινε στη δημιουργία γενικής δυσαρέσκειας εναντίον των τυράννων, που με τις αυθαιρεσίες τους έκαναν ακόμη πιο επαχθή τον περσικό ζυγό. Διάχυτη ήταν η ιδέα ότι η μόνη λύση ήταν η επανάσταση.
Η αφορμή δόθηκε το 510 π.Χ., όταν οι ολιγαρχικοί της Νάξου, διωγμένοι από τους δημοκρατικούς, ζήτησαν τη βοήθεια του Αρισταγόρα, τυράννου της Μιλήτου, που διαδέχθηκε τον Ιστιαίο, για να ξαναπάρουν την εξουσία. Πράγματι με την προτροπή εκείνου ο σατράπης της Ιωνίας Αρταφέρνης εκστράτευσε εναντίον της Νάξου, αλλά η προσπάθειά του ν' αποκαταστήσει τους ολιγαρχικούς απέτυχε. Μετά την εξέλιξη αυτή ήταν επόμενο ο Αρισταγόρας να βρεθεί εκτεθειμένος. Για ν' αποφύγει την τιμωρία προσπάθησε να εκμεταλλευθεί τα αντιπερσικά αισθήματα των Ιώνων και να τεθεί επικεφαλής επαναστατικού κινήματος για αποτίναξη του περσικού ζυγού.
Αρχικά επέβαλε δημοκρατικό πολίτευμα στη Μίλητο και στη συνέχεια συγκάλεσε σε συνέδριο τις ιωνικές πόλεις, που, όπως ήταν επόμενο, αποφάσισε την έναρξη αγώνα εναντίον των Περσών (499 π.Χ.). Μέσα σε λίγο χρονικό διάστημα ολόκληρη η Ιωνία και η Αιολίδα είχαν επαναστατήσει. Ζήτησε, επίσης, βοήθεια και από την ηπειρωτική Ελλάδα, αλλά το μόνο που κατάφερε ήταν να εξασφαλίσει 25 τριήρεις ως συμβολική βοήθεια από τους Αθηναίους και άλλες 5 από τους Ερετριείς. Την άνοιξη του 498 π.Χ. κατέλαβαν και πυρπόλησαν τις Σάρδεις, πρωτεύουσα της Λυδίας, αλλά η ακρόπολη έμεινε ανέπαφη. Στη συνέχεια υποχώρησαν και νικήθηκαν έξω από την Έφεσο. Μετά τη σύγκρουση αυτή ο αθηναϊκός στόλος, για άγνωστους λόγους, εγκατέλειψε τον αγώνα. Ωστόσο, η επανάσταση απλώθηκε από τον Βόσπορο ως την Κύπρο.
Η επανάσταση ξαπλώνεται ως την Κύπρο: Επικεφαλής της επανάστασης στην Κύπρο ετέθη ο πρίγκιπας του βασιλικού οίκου της Σαλαμίνος Ονήσιλος*, αδελφός του τότε βασιλιά της πόλης Γόργου*. Αφού εκθρόνισε τον Γόργο, που ζήτησε καταφύγιο στους Πέρσες, προσπάθησε να συνασπίσει τις άλλες κυπριακές πόλεις για απελευθερωτικό αγώνα. Με εξαίρεση την Αμαθούντα οι άλλες πόλεις αποδέχθηκαν την πρόταση του Ονήσιλου. Ζήτησε, επίσης, τη βοήθεια των Ιώνων, οι οποίοι με απόφαση του Κοινού πρόθυμα του έστειλαν μεγάλο αριθμό πλοίων. Ο ιωνικός στόλος νίκησε σε ναυμαχία τον φοινικικό. Όμως η τελική αναμέτρηση έμελλε να δοθεί στην πεδιάδα της Σαλαμίνος, όπου οι κυπριακές δυνάμεις αντιμετώπισαν τις περσικές. Η έκβαση της μάχης ανατράπηκε με το μέρος των Περσών από τη στιγμή που ο βασιλιάς του Κουρίου Στασάνωρ* και τά Σαλαμινίων πολεμιστήρια ἅρματα συνενώθηκαν με τους αντιπάλους. Τούτο, φυσικά, συνέτεινε στην ήττα των δυνάμεων του Ονήσιλου, ο οποίος σκοτώθηκε. Μετά την εξέλιξη αυτή οι Ίωνες επέστρεψαν στην πατρίδα τους, ενώ οι Πέρσες τιμώρησαν σκληρά τους Κυπρίους. Αντικατέστησαν, επίσης, τις φιλελληνικές δυναστείες με φιλοπερσικές ή ακόμη με φοινικικές. Σύμφωνα με τις χαρακτηριστικές φράσεις του Ηροδότου Κύπριοι μέν δή ἐνιαυτόν ἐλεύθεροι γενόμενοι αὖτις ἐκ νέης κατεδεδούλοντο (V, 116,3).
Οι ιωνικές πόλεις άρχισαν να παραδίδονται η μια μετά την άλλη, ενώ ο Αρισταγόρας εγκατέλειψε τη Μίλητο και κατέφυγε στη Θράκη, όπου πέθανε. Η τελική σύγκρουση των αντιπάλων δόθηκε στη Λάδη, μικρό νησί έξω από τη Μίλητο. Ο ιωνικός στόλος, που συγκεντρώθηκε εκεί για να υπερασπίσει τη Μίλητο, το τελευταίο ελληνικό προπύργιο, συγκρούστηκε, το 494 π.Χ., με τον φοινικικό στόλο και ηττήθηκε. Η ναυμαχία της Λάδης σήμανε και το τέλος της ιωνικής επανάστασης. Ο δρόμος για την υλοποίηση των περσικών επεκτατικών σχεδίων ήταν πια ανοικτός. Λίγα χρόνια αργότερα ο Ξέρξης (486 - 465 π.Χ.) θα επιχειρήσει να καταλάβει ολόκληρη την Ελλάδα.