Η γεωγραφική θέση της Κύπρου ανάμεσα σε τρεις ηπείρους, την Ευρώπη, την Ασία και την Αφρική, καθιστά το νησί προνομιούχο σ' ό,τι αφορά τη ναυτιλιακή ανάπτυξη. Ήδη από την Αρχαιότητα η Κύπρος ήταν ο ενδιάμεσος σταθμός επικοινωνίας και εμπορίου μεταξύ Ανατολής και Δύσης. Αλλά και κατά τα μεσαιωνικά χρόνια το μεγαλύτερο εμπόριο μεταξύ Ευρώπης και Ανατολής διεξαγόταν μέσω της Κύπρου, πράγμα που βοήθησε στη συρροή τεράστιου πλούτου στο νησί και ιδίως στην Αμμόχωστο, το πιο σημαντικό λιμάνι στην ανατολική Μεσόγειο τότε, που έγινε ως εκ τούτου μια από τις πιο πλούσιες πόλεις του κόσμου κατά τον 13ο / 14ο αιώνα.
Ταυτόχρονα όμως η προνομιακή γεωγραφική θέση της Κύπρου είχε πάντοτε και σημαντική στρατηγική σημασία, γι’ αυτό και το νησί έγινε, σε διάφορες περιόδους της Ιστορίας, το μήλο της έριδος και αντικείμενο διεκδικήσεων των δυνατών. Έτσι, καθ' όλη σχεδόν τη μακρά ιστορία της, η Κύπρος δεχόταν επιδρομές και κατακτήσεις από δυνάμεις που έφθαναν από τη θάλασσα, τόσο από την Ανατολή όσο κι από τη Δύση.
Αφού η Κύπρος είναι νησί, οι θαλάσσιες συγκοινωνίες ήταν από τα προϊστορικά χρόνια μέχρι και την εντελώς πρόσφατη εποχή, ο μόνος τρόπος σύνδεσής της με τον υπόλοιπο κόσμο (ας σημειωθεί ότι η Κύπρος συνδέθηκε με αεροπορική γραμμή για πρώτη φορά με την Αίγυπτο, το 1936).
Σύμφωνα προς μια θεωρία, οι πρώτοι νεολιθικοί κάτοικοι της Κύπρου έφθασαν στο νησί με σχεδίες από τις απέναντι ακτές της Μικράς Ασίας ή της Συρίας. Η θεωρία αυτή αμφισβητείται, αλλά η θαλασσινή σύνδεση της Κύπρου με τις πλησιέστερές της ακτές της Μικράς Ασίας αποδεικνύεται ότι υφίστατο από τη Νεολιθική εποχή αφού κατά τη διάρκεια ανασκαφών έχουν βρεθεί στην Κύπρο λίθινα εργαλεία κατασκευασμένα από πέτρωμα που δεν υπάρχει στο νησί. Πρέπει συνεπώς να δεχθούμε ότι, είτε αριθμός αποίκων ήλθε στην Κύπρο από τη Μικρά Ασία δια θαλάσσης φέρνοντας και τα εργαλεία τους, είτε διεξαγόταν ένα είδος εμπορίου μεταξύ Κύπρου και Μικράς Ασίας, αν και η ύπαρξη τέτοιου εμπορίου δεν αποκλείει την άφιξη κι εγκατάσταση στο νησί και κάποιου αριθμού αποίκων, ανεξάρτητα αν αυτοί ήταν οι πρώτοι του κάτοικοι ή προστέθηκαν στον προϋπάρχοντα ιθαγενή πληθυσμό.
Το θαλασσινό εμπόριο, και κατ' ακολουθία η θαλασσινή σύνδεση της Κύπρου με την Κρήτη, το Αιγαίο και τις γύρω από το νησί χώρες, οπωσδήποτε υφίστατο ακόμη και πριν από την ανακάλυψη και εμπορία του χαλκού. Η ανεύρεση στην Κύπρο του πολυτίμου αυτού μετάλλου σε μεγάλες ποσότητες, και η εμπορία του, είχαν σαν αποτέλεσμα την κατακόρυφη αύξηση των θαλασσίων επαφών μεταξύ της Κύπρου και όλων των γειτονικών της χωρών, που έκτοτε συνεχίστηκαν.
Κατά τον προηγούμενο αιώνα και μέχρι τα μέσα του 20ού αιώνα, εκτός από τα δρομολόγια των πλοίων που συνέδεαν την Κύπρο με τον υπόλοιπο κόσμο (με κύριες γραμμές προς και από την Αίγυπτο, την Ελλάδα και την Ευρώπη), διεξαγόταν και παράκτια ναυσιπλοΐα για μεταφορά τόσο εμπορευμάτων όσο και επιβατών, κυρίως κατά μήκος των νότιων και ανατολικών ακτών της Κύπρου, με μικρά σκάφη (καΐκια). Με τέτοια σκάφη κατά καιρούς διακινούνταν επιβάτες σε διάφορα μέρη της Κύπρου, με την ευκαιρία γεγονότων, όπως για παράδειγμα προσκυνητές στο μοναστήρι του Αποστόλου Ανδρέα από τη Λεμεσό, τη Λάρνακα και την Αμμόχωστο.
Επίσης, για κάποιο διάστημα στα χρόνια του δευτέρου Παγκοσμίου πολέμου, ακόμη και το ταχυδρομείο (που μέχρι τότε μεταφερόταν με καράβια) διακινείτο με υδροπλάνο που έφθανε στη θάλασσα της Λεμεσού από το Κάιρο.
Σήμερα η Κύπρος συνδέεται με κανονικές θαλάσσιες γραμμές με όλες σχεδόν τις γειτονικές της χώρες, τον Αραβικό κόλπο, όλες τις ευρωπαϊκές χώρες, με τη Μαύρη Θάλασσα, την Άπω Ανατολή καθώς και με την Αυστραλία, τις Ηνωμένες Πολιτείες Αμερικής και τη Νότιο Αμερική. Κατά το 1985 υπήρχαν 82 κανονικές γραμμές φορτηγών πλοίων με 2.899 προσεγγίσεις σε κυπριακά λιμάνια. Επίσης υπήρχαν και 20 βασικές γραμμές για την εξυπηρέτηση της επιβατικής κίνησης με 753 συνολικά προσεγγίσεις στα λιμάνια της Λεμεσού και της Λάρνακας. Εξάλλου, κατά το 1985, 1.487 πλοία με ακαθάριστο εκτόπισμα 9.596.882 τόνων ήσαν εγγεγραμμένα στο κυπριακό νηολόγιο. Οι κυβερνητικές πρόσοδοι (φόροι και τέλη) από αυτά ανέρχονταν σε £1.419.325.
Κατά το 1984 διακινήθηκαν συνολικά 6.075 πλοία - εμπορικά και επιβατικά - από τα κυπριακά λιμάνια, συνολικής δυναμικότητας 12.729.000 τόνων. Από αυτά, το 63,8% των πλοίων διακινήθηκαν μέσω του λιμανιού της Λεμεσού, το 30,2% μέσω του λιμανιού της Λάρνακας και το 6% μέσω των λιμανιών του Βασιλικού, της Μονής και της Δεκέλειας, καθώς και μέσω των λιμενικών εγκαταστάσεων πετρελαιοειδών στη Λάρνακα. Τα φορτηγά πλοία που διακινήθηκαν μέσω των κυπριακών λιμανιών κατά το 1984 ανέρχονταν σε 5.068 και μετέφεραν 5.372.000 τόνους φορτίου, από τους οποίους το 48,6% μετεφέρθη μέσω του λιμανιού της Λεμεσού, το 24% μέσω του λιμανιού της Λάρνακας, το 15,6% μέσω των λιμενικών εγκαταστάσεων πετρελαιοειδών και το υπόλοιπο 11,8% μέσω των λιμανιών του Βασιλικού, της Μονής και της Δεκέλειας. Επίσης το 1984 οι προσεγγίσεις επιβατικών πλοίων σε κυπριακά λιμάνια ανήλθαν στις 1.007 και οι επιβάτες που διακινήθηκαν προς και από την Κύπρο ανήλθαν στις 327.000. Απ' αυτούς, οι 234.700 διακινήθηκαν μέσω του λιμανιού της Λεμεσού και οι 92.300 μέσω του λιμανιού της Λάρνακας.
Τα λιμάνια της Κύπρου εξελίχθηκαν κυρίως από τη δεκαετία του 1990 και εξής σε σημαντικά κέντρα κρουαζιέρων στην ανατολική Μεσόγειο και περιλαμβάνονται σε δρομολόγια όχι μόνο των κυπριακών αλλά και διεθνών κρουαζιερόπλοιων. Κατά το 2004 οι αφίξεις – αναχωρήσεις επιβατών στο σύνολό τους από τα δύο κύρια λιμάνια (Λεμεσού και Λάρνακας) ανήλθαν σε 509.140, με αυξητικές τάσεις.
Κατά το 2004 έγιναν στα κυπριακά λιμάνια 4.560 αφίξεις πλοίων, επιβατηγών και φορτηγών. Κατά τον ίδιο χρόνο τα δύο κύρια λιμάνια εξυπηρέτησαν το 60% της ολικής θαλάσσιας εμπορευματικής κίνησης της χώρας. Τον ίδιο χρόνο 61 ναυτιλιακές εταιρείες περιελάμβαναν στα δρομολόγιά τους τα κυπριακά λιμάνια. Οι φορτοεκφορτώσεις ανήλθαν σε 305.000 ΤΕUs. Τα δύο λιμάνια χειρίστηκαν δηλαδή φορτίο (εισαγωγές – εξαγωγές) περί τα 4,4 εκατομμύρια μετρικούς τόνους.
Η αναβάθμιση, εξάλλου, των δύο κυρίων λιμανιών υπήρξε επιβεβλημένη. Το λιμάνι της Λεμεσού διαθέτει:
*προκυμαία μήκους 1.980 μέτρων (μέγιστο βάθος 15 μέτρα)
*χωρητικότητα σκαφών οποιουδήποτε ολικού μήκους (LOA)
*4 γερανογέφυρες ανυψωτικής δύναμης 40 τόνων
*2 γερανογέφυρες τύπου post panamax
*πλοηγίδες και ρυμουλκά
*2 προβλήτες για εμπορευματοκιβώτια συνολικού μήκους 1.000 μέτρων
*αποθηκευτικούς χώρους 490.000 τετραγωνικών μέτρων.
Το λιμάνι της Λάρνακας διαθέτει:
*προκυμαία μήκους 866 μέτρων (μέγιστο βάθος 12 μέτρα)
*χωρητικότητα σκαφών μήκους μέχρι και 200 μέτρα
*2 γερανογέφυρες και άλλους συνήθεις γερανούς
*2 ρυμουλκά και 1 πλοηγίδα
*ανοικτούς αποθηκευτικούς χώρους 220.000 τετραγωνικών μέτρων.
Σήμερα το σπουδαιότερο λιμάνι της Κύπρου, με τις περισσότερες διακινήσεις επιβατών και την υψηλότερη διακίνηση εμπορευμάτων, είναι εκείνο της Λεμεσού. Πριν από την τουρκική εισβολή του 1974 και την κατοχή του, το λιμάνι της Αμμοχώστου ήταν το πλέον σημαντικό. Βλέπε γι’ αυτό ειδικό κεφάλαιο στο λήμμα Αμμόχωστος, όπως και για τα άλλα λιμάνια ανάλογα κεφάλαια στα σχετικά λήμματα των πόλεων στις οποίες ανήκουν. Βλέπε επίσης και λήμματα λιμάνια και ναυτιλία.