Είναι πολύ πιθανό οι δύο Ηράκλειοι, πατέρας και γιος, να βρέθηκαν και στην Κύπρο κάποια στιγμή μεταξύ του 602 και του 610, οπότε ο πατέρας Ηράκλειος είχε αποσχισθεί από την Αυτοκρατορία και είχε κυβερνήσει ως ανεξάρτητος ηγεμόνας τη Βόρειο Αφρική. Πάντως, τουλάχιστον ο γιος Ηράκλειος και μετέπειτα αυτοκράτορας είχε περάσει από την Κύπρο το 610. Φαίνεται ότι και η Κύπρος είχε, κατά κάποιο τρόπο, υποστηρίξει τη σοβαρή ενέργεια του πατέρα Ηρακλείου κατά του ανίκανου αυτοκράτορα Φωκά. Δεν υπάρχουν σαφείς πληροφορίες ως προς τη στάση που είχε τηρήσει η τότε βυζαντινή διοίκηση της Κύπρου κατά την περίοδο της κρίσης του 602 – 610, η υποστήριξή της όμως προς τον αποσχισθέντα Ηράκλειον φαίνεται ότι όντως είχε δοθεί. Τούτο συνάγεται από το ότι οι δύο Ηράκλειοι είχαν χρησιμοποιήσει νομισματοκοπεία της Κύπρου για κοπή δικών τους νομισμάτων, πράγμα σημαντικό διότι έμπρακτα δήλωνε την απόσχιση από την Κωνσταντινούπολη.
Πιθανός δούκας, κυβερνήτης δηλαδή της Κύπρου αυτή την περίοδο, ή έστω σημαντικός αξιωματούχος με έδρα την Αμαθούντα, ήταν ο Επιφάνιος*, που επί αυτοκράτορα Μαυρικίου συνέδραμε τον πατέρα Ηράκλειον κατά την περίοδο των αγώνων κατά των Περσών, και μάλλον το ίδιο έπραξε και τώρα. Υποστήριξε, δηλαδή, τους δύο Ηρακλείους στον αγώνα τους κατά του Φωκά και ακόμη ίσως να έθεσε και την Κύπρο υπό τη δική τους εξουσία. Η μαρτυρία, εξάλλου, ότι με την υποστήριξη του Ηρακλείου είχε ανέλθει στον πατριαρχικό θρόνο της Αλεξανδρείας, το 610, ο γιος του Επιφανίου, ο άγιος Ιωάννης ο Ελεήμων, δεν φαίνεται να ήταν άσχετη προς τις καλές σχέσεις και τη συνεργασία του Ηρακλείου με τον Επιφάνιο. Η χρησιμοποίηση, πάλι, κυπριακών νομισματοκοπείων, τουλάχιστον εκείνου της Σαλαμίνος, που επαναλειτούργησε για πρώτη φορά ύστερα από αδράνεια τεσσάρων περίπου αιώνων, προκειμένου να κόβονταν νομίσματα των δύο Ηρακλείων, αποτελεί επαρκή απόδειξη της κυπριακής υποστήριξης προς εκείνους.
Τα νομίσματα που κόπηκαν στην τότε πρωτεύουσα της Κύπρου, την Κωνσταντία/ Σαλαμίνα, εικόνιζαν στη μία όψη τους δύο Ηρακλείους, ενώ στην άλλη υπήρχε ένα μεγάλο Μ και η επιγραφή ERACLIO CONSUL. Ιδιαίτερα αξιοπρόσεκτο είναι το ότι σε κάποια των νομισμάτων αυτών απαντάται στην επιγραφή και η ελληνική λέξη ΚΥΠΡΟΥ. Τούτο δηλώνει ότι και η Κύπρος είχε τότε τεθεί υπό την δική τους εξουσία.
Ο γιος Ηράκλειος, κατά την επαναστατική του πορεία από την Αφρική προς το θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως, το 610, πέρασε και από την Κύπρο με το στόλο και το στρατό του. Παρέμεινε μάλιστα για κάποιο σύντομο διάστημα στο νησί, διαμένοντας μάλλον στη Σαλαμίνα/Κωνσταντία. Στο νησί έγινε ευμενώς δεκτός και ενισχύθηκε από τον τότε κυβερνήτη, που ίσως να ήταν ακόμη ο Επιφάνιος. Μάλιστα ο Ηράκλειος πιθανό να διέθεσε και κάποιο χρηματικό ποσόν ως συμβολή στην αποπεράτωση του περιβόητου υδραγωγείου της κυπριακής πρωτεύουσας, ενός φιλόδοξου έργου για το οποίο πολλοί είχαν εργαστεί και συμβάλει. Επρόκειτο για μεγάλο έργο, αφού μετέφερε νερό από τους Χύτρους (Κυθρέα) στη Σαλαμίνα, διασχίζοντας ολόκληρη την πεδιάδα της Μεσαορίας.
Δεν είναι γνωστό έως πότε ζούσε ο Επιφάνιος. Πάντως λίγο μετά την άνοδο του Ηρακλείου στο θρόνο, απαντάται να δρα στην Κύπρο ένας στρατηγός Ασπαγούριος, που το 616/7 είχε έλθει σε οξεία ρήξη με τους κατοίκους της Κωνσταντίας, είχε μάλιστα απειληθεί και σοβαρή σύγκρουση, που απεφεύχθη χάρις στην κατευναστική παρέμβαση του αγίου Ιωάννη του Ελεήμονος (βλέπε λήμμα Ασπαγούριος). Πιθανό θεωρείται ότι ο Ασπαγούριος ηγείτο κάποιας επιχείρησης, οπότε θέλησε να χρησιμοποιήσει την Κύπρο ως βάση της στρατιωτικής του δραστηριότητας, αλλά υπήρξε αντίθεση των Κυπρίων που φοβόντουσαν αντίποινα.
Ο Ηράκλειος, ως αυτοκράτορας πλέον, χρησιμοποίησε και πάλι το νομισματοκοπείο της Σαλαμίνος για κοπή νομισμάτων του, μεταξύ του 626 – 629, και τα νομίσματα αυτά ήταν τα τελευταία των Βυζαντινών Χρόνων που κόπηκαν στην Κύπρο, καθώς στο νησί ίσχυαν τα επίσημα νομίσματα της Αυτοκρατορίας. (Η επόμενη κοπή νομισμάτων στο νησί έγινε από τον Ισαάκιο Κομνηνό κατά την περίοδο της απόσχισής του από την Αυτοκρατορία, το 1184 – 1191). Φαίνεται ότι η δεύτερη κοπή νομισμάτων από τον Ηράκλειο στην Κύπρο εξυπηρετούσε τις οικονομικές ανάγκες των πολέμων κατά των Περσών, οπότε η Κύπρος ήταν ο πλησιέστερος φιλικός και ασφαλής (ως νησί) χώρος όταν ο αυτοκράτορας αγωνιζόταν στη Μέση Ανατολή. Πιθανότατα η Κύπρος να είχε χρησιμοποιηθεί τότε και ως βάση για εξυπηρέτηση κάποιων αναγκών του αυτοκρατορικού στρατού και στόλου (όπως τροφοδοσία).
Ο Ηράκλειος, κατά τη μακρά περίοδο της βασιλείας του είχε να αντιμετωπίσει και τις πολύ σοβαρές εκκλησιαστικές και θεολογικές διαμάχες που μάστιζαν την Αυτοκρατορία. Το 626 προσπάθησε να χρησιμοποιήσει την Κύπρο ως χώρο θεολογικού – θρησκευτικού πειραματισμού, γεγονός που συνάγεται από σωζόμενη επιστολή του τότε επισκόπου Φάσιδος Κύρου προς τον πατριάρχη Σέργιον. Κατά την επιστολή, ο αυτοκράτορας είχε προβάλει την άποψη προς τον τότε αρχιεπίσκοπο Κύπρου Αρκάδιον, ότι η Κύπρος θα μπορούσε να αποτελούσε το παράδειγμα για ολόκληρη την Αυτοκρατορία εάν κατόρθωνε να επιτύγχανε την εκκλησιαστική ενότητα. Τούτο σήμαινε τη συμφιλίωση της Ορθοδοξίας με το κίνημα του Μονοφυσιτισμού (= αίρεση που υποστήριζε ότι ο Χριστός είχε μία μόνο φύση, τη θεϊκή). Το επιδιωκόμενο «παράδειγμα» της Κύπρου σήμαινε ότι στο νησί το κίνημα των Μονοφυσιτών ήταν τότε ισχυρό. Πιθανότατα το κίνημα είχε ενισχυθεί και με την εγκατάσταση ενωρίτερα (από το 578) Αρμενίων στην Κύπρο. Η «συμφιλίωση» σήμαινε την εισαγωγή νέου δόγματος, του Μονοθελητισμού (= υποστήριξη της θέσης ότι ο Χριστός είχε μεν δύο τέλειες συνενωμένες φύσεις, θεϊκή και ανθρώπινη, αλλά μία μόνο θέληση και ενέργεια, τη θεία). Τον Μονοθελητισμό προσπάθησε να εισάξει ο Ηράκλειος λίγο αργότερα, σε συνεργασία με τον πατριάρχη Σέργιον, με την έκδοση μιας «Εκθέσεως» το 638. Πριν όμως καταλήξει σ’ αυτή του την ενέργεια, φαίνεται ότι δοκίμασε να πειραματιστεί στην Κύπρο. Όμως τόσο ο αρχιεπίσκοπος Αρκάδιος όσο και κάποιος Παύλος που αναφέρεται ως ο ηγέτης, τότε, των Μονοφυσιτών στην Κύπρο, απέρριψαν την «πειραματική» πρόταση του αυτοκράτορα. Ο Αρκάδιος αντιτάχθηκε και αργότερα στη μονοθελητική «Έκθεσιν» του Ηρακλείου, η οποία είχε προκαλέσει νέες μεγάλες έριδες στην Αυτοκρατορία γενικότερα.
Κατά την περίοδο βασιλείας του Ηρακλείου αναφέρεται ότι η Κύπρος είχε δεχθεί την πρώτη από μία σειρά αραβικών επιδρομών, το 633, υπό τον Αβουβάχαρο (Αμπού Μπεκρ), πενθερό του Προφήτη Μωάμεθ και πρώτο χαλίφη του Ισλάμ (632 – 634). Την πληροφορία αυτή, που πάντως αμφισβητείται σοβαρά, παραδίδει μία μόνο πηγή, ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Πορφυρογέννητος (913 – 959) στο βιβλίο του «Περί Θεμάτων». Η πρώτη μεγάλη και ιδιαίτερα καταστροφική επιδρομή των Αράβων στην Κύπρο είχε συμβεί το 649, 8 χρόνια μετά το θάνατο του Ηρακλείου.