Η Σχολή του Ζήνωνος λειτούργησε στην Ποικίλη Στοά των Αθηνών με δάσκαλο, φυσικά, τον ίδιο τον Κύπριο φιλόσοφο. Η πρώτη περίοδος λειτουργίας της Σχολής ήταν προβληματική. Οι μαθητές ήσαν ελάχιστοι, και όπως φαίνεται απουσίαζαν οι αριστοκράτες και οι νέοι των πλουσίων οικογενειών που συνήθιζαν να συχνάζουν στις φιλοσοφικές και ρητορικές Σχολές της πόλης. Αντίθετα, οι αργόσχολοι και οι περίεργοι της αγοράς παρακολουθούσαν τη διδασκαλία του Ζήνωνος όταν δεν είχαν κάτι καλύτερο να κάνουν, και μπορούμε να υποθέσουμε ότι αυτοί ενοχλούσαν και κορόιδευαν περισσότερο, παρά μετείχαν στην διδασκαλία, πράγμα που δικαιολογεί τον χαρακτηρισμό της Σχολής από τον Τίμωνα ως «άσυλο αλητών και ανέργων». Τελικά οι άνεργοι και οι αλήτες απεχώρησαν, όταν ο Ζήνων καθιέρωσε την καταβολή κάποιων διδάκτρων.
Επειδή αρχικά ο αριθμός των μαθητών του Ζήνωνος ήταν μικρός, η διδασκαλία γινόταν ενώ δάσκαλος και μαθητές περπατούσαν πάνω κάτω στη στοά. Αργότερα, όταν ο αριθμός των μαθητών αυξήθηκε, η διδασκαλία γινόταν κανονικά.
Με τον καιρό η Σχολή απέκτησε φήμη που εξαπλώθηκε και πολύ πέραν των Αθηνών. Αναφέρεται χαρακτηριστικά ότι μεταξύ εκείνων που κάλεσαν κοντά τους τον Ζήνωνα ή ενδιαφέρονταν ζωηρά για τη διδασκαλία του, ήσαν και ο Πτολεμαίος Β' Φιλάδελφος και ο Αντίγονος Γονατάς. Ο Πτολεμαίος, βασιλιάς της Αιγύπτου, ζητούσε από τους εκάστοτε πρέσβεις του στην Αθήνα να του διαβιβάζουν τα διδάγματα του Ζήνωνος. Ο Αντίγονος, γιος του Δημητρίου του Πολιορκητή και βασιλιάς της Μακεδονίας, επανειλημμένα κάλεσε κοντά του τον Ζήνωνα ο οποίος, όμως, δεν εγκατέλειψε την Αθήνα αλλά έστειλε τελικά στη Μακεδονία δυο μαθητές του, τον Κύπριο (από το Κίτιον) Περσαίο* και τον Φιλωνίδη.
Αναφέρεται ακόμη ότι, ενώ με το πέρασμα του χρόνου η Σχολή απέκτησε φήμη και ο ιδρυτής της μεγάλο κύρος, ωστόσο ο Ζήνων σαν δάσκαλος ήταν στρυφνός ή και ανεπαρκής και η Σχολή εστερείτο επαγωγού συστήματος που ήταν και το χαρακτηριστικό της όλης φιλοσοφίας της.
Μεταξύ των μαθητών του Ζήνωνος οι κυριότεροι ήσαν ο Κλεάνθης από την Άσσο της Τρωάδος, ο Χρύσιππος από τους Σόλους της Κιλικίας και οι δυο που αναφέρθηκαν ήδη πιο πάνω, Περσαίος και Φιλωνίδης από τις Θήβες. Ο Κλεάνθης ήταν ο κύριος διάδοχος του Ζήνωνος στη Στοά και υπήρξε εκείνος από τους στωικούς που τελικά συστηματοποίησε τη στωική φιλοσοφία. Ο Χρύσιππος υπήρξε επίσης διάδοχος του Ζήνωνος στη Σχολή, μετά και τον Κλεάνθη. Ο Περσαίος Δημητρίου Κιτιεύς αναφέρεται ότι ήταν είτε σκλάβος στο σπίτι του Ζήνωνος είτε συγκάτοικος και υπηρέτης του, υπήρξε δε ο ιδιαίτερα αγαπητός μαθητής του Κυπρίου φιλοσόφου. Άλλοι μαθητές του ήσαν ο Αρίστων από τη Χίο, ο Σφαίρος Βοσποριανός, ο Αθηνόδωρος από τους Σόλους, ο Ζήνων από τη Σιδώνα, ο Θεόδωρος ο Άθεος, ο Ποσειδώνιος από την Αλεξάνδρεια, ο Διογένης ο Βαβυλώνιος, ο Αντίπατρος από την Ταρσό, ο Αρχέδημος από την Αθήνα κ.α.
Ο στωικισμός απετέλεσε τελικά ένα από τα κυριότερα ρεύματα της ελληνιστικής και της ρωμαϊκής φιλοσοφίας, παράλληλο με εκείνα των επικούρειων και των σκεπτικιστών. Ο στωικισμός διακρίθηκε σε τρεις περιόδους, που είναι:
Α) Πρώτη περίοδος (3ος- 2ος π.Χ. αιώνας) που αποκαλείται Αρχαία Στοά, οπότε έδρασαν ο ιδρυτής της στωικής φιλοσοφίας Ζήνων ο Κιτιεύς και οι μαθητές του. Η περίοδος αυτή διακρινόταν για την υπερβολική της αυστηρότητα και την αδιαλλαξία της ηθικής διδασκαλίας.
Β) Δεύτερη περίοδος (2ος- 1ος π.Χ. αιώνας) που αποκαλείται Μέση Στοά, με κύριους εκπροσώπους της τον Παναίτιο και τον Ποσειδώνιο. Χαρακτηρίζεται από μετριασμό της αυστηρότητας της πρώτης περιόδου, αλλά κυρίως από τη χρησιμοποίηση αριστοτελικών και πλατωνικών μεθόδων, γι' αυτό και η περίοδος αυτή ονομάστηκε και περίοδος του στωικού πλατωνισμού.
Γ) Τρίτη περίοδος (1ος -2ος μ.Χ. αιώνας) που αποκαλείται Νέα Στοά. Διακρινόταν για την τάση προς τη θρησκευτικότητα και θεωρείται σαν ο στωικός πλατωνισμός του Σενέκα, του Επικτήτου, του Μάρκου Αυρηλίου και άλλων.
Στη συνέχεια ο στωικισμός εξελίχθηκε προς την κατεύθυνση του νεοπλατωνισμού με τον οποίο τελικά συγχωνεύθηκε.
Ο στωικισμός τον οποίο ο Ζήνων θεμελίωσε, επηρέασε βαθιά την ανθρώπινη σκέψη με συγκεκριμένες αρχές και θέσεις που σαν σύνολο διασφαλίζουν την εσωτερική ελευθερία του ατόμου, οι οποίες μπορούν να συνοψιστούν ως ακολούθως:
Η ανθρώπινη ευτυχία στηρίζεται στο «ὁμολογουμένως ζῆν». Η φύση παρέχει τα μέσα που υπαγορεύουν τις ορθές πράξεις, ενώ το καθήκον υπαγορεύει τις ορθές επιλογές, έναντι όλων των άλλων πράξεων που είναι αδιάφορες. Βάση της γνώσης είναι η κατάληψη μέσω της νόησης και της αίσθησης. Η πραγματική γνώση (=η επιστήμη) πρέπει απαραίτητα να συνοδεύεται και να επαληθεύεται με αποδοχή. Ο σοφός άνθρωπος αποτελεί το ανθρώπινο πρότυπο. Η βασική ουσία των πραγμάτων είναι το «θείον πῦρ», ως ύλη και ως νόηση. Ο κόσμος υπόκειται σε εκπύρωση και ανανέωση. Η ειμαρμένη και η αναγκαιότητα διέπουν τα πάντα. Το κοσμοπολίτικο πνεύμα αποτελεί την φυσική συνέπεια της αποδοχής του κοινού δικαίου.
Ο στωικισμός χώρισε, για πρώτη φορά, τη φιλοσοφία σε τρεις κλάδους: τη λογική, τη φυσική και την ηθική.
Ο όρος «λογική» που πρώτοι οι στωικοί χρησιμοποίησαν, σήμαινε την επιστήμη της λογοτεχνικής έκφρασης. Η στωική λογική διαιρείται στη ρητορική και στη διαλεκτική.
Σχετικά με τη φυσική, οι στωικοί αποκατέστησαν την κοσμολογία του Ηράκλειτου και τη διδασκαλία του για τη φωτιά ως το πρωταρχικό στοιχείο από το οποίο απορρέουν τα πάντα σαν αποτέλεσμα της μετατροπής του σε άλλα στοιχεία. Η πρωταρχική φωτιά είναι το πνεύμα και η πνοή που γεμίζουν τον κόσμο και δημιουργούν όλα τα πράγματα περιλαμβανομένου και του ανθρώπου. Η πρωταρχική φωτιά και ο λόγος που περικλείει εμφανίζονται σε άπειρες μορφές και δημιουργικές εντάσεις. Ο κάθε άνθρωπος είναι και μια από τις άπειρες μεταμορφώσεις της πρωταρχικής φωτιάς - πνεύματος.
Όσο για την ηθική, για την οποία χαρακτηρίζονταν από αδιαλλαξία, οι στωικοί προσέγγισαν τους κυνικούς αλλά χωρίς να επιδεικνύουν και την ίδια μ' αυτούς περιφρόνηση προς τον πολιτισμό και την επιστήμη. Η δημιουργική φωτιά, η θεία πρόνοια και η μοίρα είναι ένα και το αυτό. Όσοι δεν το κατανοούν, υποφέρουν μάταια αγαπώντας τον εαυτό τους και όχι τη μοίρα τους, χωρίς την οποία τίποτε δεν υπάρχει. Ο άνθρωπος είναι το ανώτερο και λογικότερο ον και η αρετή του έγκειται στην «πρακτική σοφία», στη «δύναμη του πνεύματος», που (κατά το πλατωνικό πρότυπο) αποτελείται από τέσσερις κύριες αρετές. Ο άνθρωπος χαρακτηρίζεται και από ψυχικές συγκινήσεις που θολώνουν τη σκέψη του, και πρέπει να αποβληθούν από τη ψυχή του.
Οι στωικοί υποστήριζαν ότι η ίδια η ζωή είναι ένα χάος που ο σοφός πρέπει να το τακτοποιήσει λογικά και σε περίπτωση που δεν μπορεί να το πράξει, πρέπει να θέσει τέρμα στη ζωή του. Πιστοί στη διδασκαλία τους αυτή, τόσο ο ίδιος ο Ζήνων όσο και ο μαθητής και διάδοχός του Κλεάνθης και αρκετοί άλλοι στωικοί τερμάτισαν την ζωή τους με την αυτοκτονία.