Τον Νοέμβριο του 1967 ξέσπασε στην Κύπρο η κρίση της Κοφίνου. Το τουρκοκυπριακό αυτό χωριό, στα μισά του δρόμου Λευκωσίας- Λεμεσού, δημιουργούσε κατά διαστήματα σοβαρά προβλήματα επειδή από το 1963/4, στο πλαίσιο των Διακοινοτικών Ταραχών, όταν απόχώρησαν οι Τουρκοκύπριοι από την Κυβέρνηση της Κυπριακής Δημοκρατίας, είχε μετατραπεί σε τουρκοκυπριακό θύλακα που έλεγχε την οδό η οποία συνέδεε τις δυο κυριότερες πόλεις της Κύπρου. Συχνά γινόταν προβληματική η διέλευση των οχημάτων από το χωριό αυτό, εξαιτίας των προκλήσεων και των παρενοχλήσεων των Τουρκοκυπρίων, οι οποίοι σε μερικές περιπτώσεις είχαν αποκόψει τον δρόμο για σύντομα χρονικά διαστήματα. Τελικά, κι αφού οι αλλεπάλληλες παραστάσεις της κυπριακής κυβέρνησης προς την Ειρηνευτική Δύναμη των Ηνωμένων Εθνών στην Κύπρο δεν έφεραν αποτέλεσμα, στις 14 Νοεμβρίου 1967 επετέθη κατά του χωριού ο στρατηγός Γρίβας, επικεφαλής τμημάτων της Εθνικής Φρουράς και το κατέλαβε. Στις αψιμαχίες που προηγήθηκαν σκοτώθηκαν 24 Τουρκοκύπριοι και 9 τραυματίστηκαν, ενώ οι απώλειες της ελληνοκυπριακής πλευράς ήταν ένας νεκρός και δύο τραυματίες.
Αποτέλεσμα της επίθεσης αυτής κατά της Κοφίνου ήταν η σοβαρή κρίση που ξέσπασε, με την Τουρκία να στέλλει τα πολεμικά της αεροπλάνα να πετούν πάνω από την Κύπρο, και να ετοιμάζει τον πολεμικό της στόλο για εισβολή. (Βλέπε Μάχες Τηλλυρίας).
Η Ελλάδα, στην οποία κυβερνούσε από την 21η Απριλίου του 1967 η στρατιωτική χούντα του δικτάτορα Γεωργίου Παπαδόπουλου, αντιδρούσε σπασμωδικά. Στην Κύπρο, ο πρόεδρος Μακάριος δήλωνε αποφασισμένος να εξεγείρει τον λαό σε αγώνα μέχρις εσχάτων κατά των Τούρκων. Σε διάγγελμά του προς τον λαό στις 24 Νοεμβρίου1967, έλεγε και αυτά: «...Διερχόμεθα δραματικάς πράγματι στιγμάς καί τά νέφη τοῦ πολέμου ἀπλοῦνται ἀπειλητικῶς ὑπεράνω τῆς Κύπρου. Μισοῦμεν τόν πόλεμον... ἐάν ὅμως παρ' ἐλπίδα μᾶς ἐπιβληθῇ, τότε θά ἀμυνθῶμεν μέ ὃλα τά μέσα, μέ ὃλας τάς δυνάμεις μας... Ὁ ἀγών μας θά εἶναι ἀγών ὑπέρ πάντων...»
Οι Αμερικανοί
Στις κρίσιμες αυτές στιγμές, κατά τις οποίες η εισβολή της Τουρκίας στην Κύπρο και ίσως και η γενικότερη στρατιωτική αναμέτρηση Ελλάδας και Τουρκίας αναμενόταν να συμβεί από στιγμή σε στιγμή, επενέβη ο Αμερικανός πρόεδρος Τζόνσον ο οποίος απέστειλε επείγοντα αυστηρά μηνύματα στην Αθήνα, στην Άγκυρα και στη Λευκωσία, διέταξε τον Έκτο Αμερικανικό Στόλο να πλεύσει στην περιοχή της Κύπρου, και απέστειλε στις τρεις πρωτεύουσες ειδικό απεσταλμένο του, τον Σάυρους Βανς, με εντολή να εργαστεί για αποφυγή του πολέμου κι αποκατάσταση της ηρεμίας.
Στην Κύπρο είχε στο μεταξύ διαταχθεί μερική επιστράτευση, ενώ οι ξένοι υπήκοοι αναχωρούσαν με ενέργειες και συμβουλές των πρεσβειών τους. Στην Άγκυρα η βουλή ετοιμαζόταν να δώσει στην κυβέρνηση Ντεμιρέλ έκτακτες εξουσίες, ενώ βρισκόταν σε κινητοποίηση η πολεμική μηχανή. Ο Σάυρους Βανς πήγε πρώτα στην Άγκυρα, ενώ ο γενικός γραμματέας του ΟΗΕ Ου Θαντ έστειλε στην περιοχή δικό του απεσταλμένο, τον Χοσέ Ρολζ Μπένετ, και το NATO εκινείτο προς τις κατευθύνσεις της Αθήνας και της Άγκυρας.
Ο Βάνς έφτασε στην περιοχή στις 23 Νοεμβρίου 1967 και για 10 μέρες εκινείτο μεταξύ Άγκυρας, Αθήνας και Λευκωσίας, κατορθώνοντας τελικά να επιτύχει αποφυγή του πολέμου και επιβάλλοντας στη χούντα των Αθηνών τους όρους που η Τουρκία αλλά και οι ΗΠΑ είχαν θέσει τελεσιγραφικά. Οι όροι αυτοί ήταν:
Σ' αντάλλαγμα η Τουρκία προσφερόταν να σεβαστεί την ανεξαρτησία και ακεραιότητα της Κυπριακής Δημοκρατίας, καθώς επίσης να αποσύρει τα στρατεύματά της που είχε συγκεντρώσει στα απέναντι της Κύπρου τουρκικά παράλια, προετοιμάζοντας Εισβολή.
Ο Γρίβας είχε ήδη αποχωρήσει από την Κύπρο πριν ολοκληρωθεί το τουρκικό τελεσίγραφο (έφυγε στις 19 Νοεμβρίου 1967).
Η Χούντα
Η ελληνική χούντα απεδέχθη το τελεσίγραφο αυτό ύστερα από σχετικές πιέσεις του Βανς, και η αποχώρηση της ελληνικής μεραρχίας άρχισε αμέσως κι ολοκληρώθηκε εντός της τακτής προθεσμίας. Η Κυβέρνηση που σχηματίστηκε αμέσως μετά το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου με πρωθυπουργό τον Κωνσταντίνο Κόλια που διόρισε ο βασιλιάς Κωνσταντίνος, με υπουργό Προεδρίας τον ηγέτη του πραξικοπήματος Γεώργιο Παπαδόπουλο, και με τους επίσης στρατιωτικούς πραξικοπηματίες Γρηγόριο Σπαντιδάκη, Στυλιανό Παττακό και Νικόλαο Μακαρέζο σε τρία άλλα νευραλγικά υπουργεία, ανέθεσε τη διαπραγμάτευση με τον Βανς στον Παναγιώτη Πιπινέλη, διπλωμάτη, έμπιστο του ΝΑΤΟ, που είχε διατελέσει και υπηρεσιακός πρωθυπουργός το 1963. Ο Πιπινέλης, στον οποίο η χούντα στήριξε πολλές ελπίδες ότι θα μπορούσε να τη βγάλει από τη διεθνή απομόνωση και από την εξαιρετικά δύσκολη θέση στην οποία είχε περιέλθει εξαιτίας της κρίσης της Κοφίνου, είχε διοριστεί υπουργός Εξωτερικών στις 20 Νοεμβρίου 1967.
Σ’ όλο το διάστημα των διαπραγματεύσεων με τον Βανς η ελληνική Κυβέρνηση δεν είχε την παραμικρή διαβούλευση με τον Μακάριο, ούτε ο Μακάριος είχε οποιαδήποτε συνεργασία με την ελληνική Κυβέρνηση. Σύμφωνα μάλιστα με αμερικανικά απόρρητα έγγραφα ο Μακάριος αρνήθηκε να δεχτεί υποδείξεις του Μπέλτσιερ, Αμερικανού πρέσβη στην Κύπρο, να διευκολύνει την ελληνική Κυβέρνηση να αποσύρει τη Μεραρχία ζητώντας ο ίδιος από αυτή να το πράξει, για να αποφευχθεί εισβολή στην Κύπρο και γενικότερος ελληνοτουρκικός πόλεμος. (Βλέπε: αντιστράτηγος Πανουργιάς Πανουργιάς, «Κύπρος: Η Αποχώρηση της Ελληνικής Μεραρχίας – Εθνική Μειοδοσία», σ.54, 57).
Η αποχώρησή της Μεραρχίας από την Κύπρο ήταν το κυριότερο επίτευγμα του Σάυρους Βανς κι αποτελούσε στην ουσία τουρκική νίκη. Και τούτο γιατί η Τουρκία μπορούσε να συγκεντρώσει ξανά τα στρατεύματά της και ν' απειλεί την γειτονική της Κύπρο σε οποιαδήποτε μελλοντική κρίσιμη στιγμή (που παρουσιάστηκε το καλοκαίρι του 1974 κι αξιοποιήθηκε πλήρως από την Άγκυρα), ενώ η Ελλάδα απομακρυνόταν οριστικά από την Κύπρο. Για οποιαδήποτε μελλοντική στρατιωτική επέμβαση της Ελλάδας στην Κύπρο, αξεπέραστο πια πρόβλημα θα ήταν η απόσταση, την οποία εξάλλου επικαλέστηκε το καλοκαίρι του 1974, όταν αποδείχθηκε ότι δεν μπορούσε να προστατεύσει ή έστω να βοηθήσει αποτελεσματικά την Κύπρο που δέχθηκε τη στρατιωτική εισβολή της Τουρκίας.
Αντιπροτάσεις Μακαρίου
Αφού ο Σάυρους Βανς πέτυχε να γίνουν δεκτοί οι τουρκικοί όροι από την Αθήνα ήλθε στην Κύπρο στις 29 Νοεμβρίου 1967 για να διαπραγματευθεί με τον πρόεδρο Μακάριο το μέρος εκείνο του τουρκικού τελεσιγράφου που τον αφορούσε (διάλυση της Εθνικής Φρουράς, αφοπλισμός της, και διευρυμένες εξουσίες στους στρατιώτες του ΟΗΕ). Παρόλο ότι στις αλλεπάλληλες συσκέψεις μεταξύ Μακαρίου και Βανς επικράτησε φιλική και εγκάρδια ατμόσφαιρα, ο δεύτερος δεν μπόρεσε να επιτύχει τίποτε περισσότερο από τον πρώτο, παρά την δεδομένη αποδοχή των αποφάσεων που είχε ήδη πάρει η χούντα των Αθηνών. Στις αξιώσεις του Βανς, ο Μακάριος αντέταξε τους δικούς του όρους, που ήταν:
Όπως έγραψε τότε μια αγγλική εφημερίδα (Daily Telegraph, 4 Δεκεμβρίου 1967), σε οργισμένο άρθρο της, ο Μακάριος στηρίχθηκε στους φίλους του στα Ηνωμένα Έθνη, στην υποστήριξη της Σοβιετικής Ένωσης και στις προσπάθειες του NATO ν' αποτρέψει πόλεμο Ελλάδας και Τουρκίας.
Μια ολόκληρη νύχτα (2 προς 3 Δεκεμβρίου 1967) μαχόταν ο Βανς να πείσει τον Κύπριο πρόεδρο να ενδώσει, χωρίς να το κατορθώσει. Ύστερα είπε στους δημοσιογράφους: «Η αποστολή μου τέλειωσε».
Όπως έγραψαν οι Times του Λονδίνου (4.12.1967), κουρασμένος και μελαγχολικός αναχώρησε ο Βανς από τη Λευκωσία... Κατόρθωσε ν' αποτρέψει τον πόλεμο, αλλά οι υπολογισμοί των ΗΠΑ για την αναδιάταξη των Δυνάμεων στην Ανατολική Μεσόγειο δεν έλαβαν υπόψιν τον παράγοντα Μακάριο...
Μετά την καταστροφή της Κύπρου, εξαιτίας του πραξικοπήματος της ελληνικής χούντας και της τουρκικής εισβολής του καλοκαιριού του 1974, κι όταν στις Ηνωμένες Πολιτείες πρόεδρος εξελέγη ο Τζίμμυ Κάρτερ, ο Σάυρους Βανς ανέλαβε το υπουργείο των Εξωτερικών, αντικαθιστώντας τον Χένρυ Κίσσιγκερ. Ως υπουργός των Εξωτερικών (1977 - 1980) ο Βανς ασχολήθηκε και με το Κυπριακό ζήτημα, αλλά παρά τις προεκλογικές υποσχέσεις του Τζίμμυ Κάρτερ, δεν πρόσφερε καμιά ουσιαστική βοήθεια για την επίλυσή του. Αντίθετα, μια από τις πρώτες πρωτοβουλίες των Κάρτερ και Βανς ήταν η αύξηση της στρατιωτικής βοήθειας προς την Τουρκία (από 125.000.000 δολλάρια, σε 175.000.000 για το οικονομικό έτος 1978). Επίσης ο Βανς ήταν ο εισηγητής προς το Κογκρέσο των ΗΠΑ της ενίσχυσης της τουρκικής πολεμικής αεροπορίας, με την έγκριση πώλησης από τις ΗΠΑ 40 μαχητικών αεροσκαφών F-4.