Ο αρχαιολογικός χώρος της Μακρονήσου βρίσκεται στην ομώνυμη παραλιακή τοποθεσία, δυτικά της Αγίας Νάπας, σε βραχώδη ακτή. Στην περιοχή της Μακρονήσου φαίνεται ότι είχε λειτουργήσει κατά την Αρχαιότητα ένα λατομείο, όπως εξάλλου φαίνεται και από τη σημερινή εικόνα της ακτής στα ανατολικά του ανασκαφέντος αρχαιολογικού χώρου.
Παρά την ονομασία Μακρόνησος δεν πρόκειται για νησίδα αλλά είναι εμφανές ότι σε παλαιότερες εποχές ήταν νησάκι, ενωμένο σήμερα λόγω προσχώσεων με την ακτή.
Ο αρχαιολογικός χώρος που έχει ανασκαφεί και διερευνηθεί αποτελείται από ένα νεκροταφείο των Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων καθώς και από λίγα κατάλοιπα ενός μικρού ιερού. Προφανώς στην περιοχή είχε ακμάσει κάποιος αρχαίος οικισμός. Στην περιοχή της Αγίας Νάπας, εξάλλου, μαρτυρούν και παλαιότεροι μελετητές (όπως ο Αθανάσιος Σακελλάριος κατά το β΄ μισό του 19ου αιώνα) για ύπαρξη αρχαιολογικών χώρων, αρχαίων τάφων και καταλοίπων ιερών και ενός υδραγωγείου. Κάπου δε στην περιοχή τοποθετούν και την μαρτυρούμενη αρχαία πόλη των Θρόνων, την οποία αναφέρει και ο Κλαύδιος Πτολεμαίος.
Το νεκροταφείο στη Μακρόνησο αποτελείται από αριθμό τάφων λαξευμένων στους βράχους της ακτής. Ο κάθε τάφος έχει και μικρό λαξευτό «δρόμο» που οδηγεί στην είσοδό του. Οι τάφοι φαίνεται ότι είχαν χρησιμοποιηθεί για περισσότερες από μία ταφές, μέχρι και πέντε. Όλοι οι τάφοι που ανεσκάφησαν και ερευνήθηκαν βρέθηκε ότι είχαν συληθεί στο παρελθόν από τυμβωρύχους, γι’ αυτό και απέδωσαν λίγα σχετικά κτερίσματα.
Πάντως, με βάση τις ανασκαφικές μαρτυρίες, φαίνεται ότι οι νεκροί θάβονταν μέσα σε πήλινες σαρκοφάγους. Σε μερικές περιπτώσεις εντοπίστηκαν ίχνη πυράς, γεγονός που παραπέμπει και σε ύπαρξη ελληνικών ταφικών εθίμων.
Από το διπλανό μικρό αρχαίο ιερό, που βρισκόταν κοντά στην ακτή επίσης, λίγα μόνο κατάλοιπα έχουν απομείνει.