Η Θεολογική Σχολή της Χάλκης λειτούργησε κατά το διάστημα 1845 -1971 και σ’ αυτήν φοίτησαν αρκετοί Κύπριοι, οι οποίοι πρόσφεραν στη συνέχεια πολύτιμες υπηρεσίες στην Εκκλησία της Κύπρου. Οι σχέσεις της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης με την Κύπρο αρχίζουν από το έτος ίδρυσής της, όταν ο οικουμενικός πατριάρχης Γερμανός Δ' (1842-1845 και 1852-1853) ενημέρωσε με επιστολή του τον τότε αρχιεπίσκοπο Κύπρου Ιωαννίκιο (1840-1849) για την πρόθεσή του να ιδρύσει στη μονή της Αγίας Τριάδος Χάλκης Θεολογική Σχολή και ζήτησε για τον σκοπό αυτό την ενίσχυση της Κυπριακής Εκκλησίας. Ο αρχιεπίσκοπος Ιωαννίκιος ανταποκρίθηκε στην παράκληση του πατριάρχη Γερμανού και έστειλε το ποσό των 5.000 γροσιών. Παρόμοια βοήθεια από την Κυπριακή Εκκλησία ζήτησε και ο οικουμενικός πατριάρχης Νεόφυτος Η' (1891-1894) από τον αρχιεπίσκοπο Κύπρου Σωφρόνιο Γ’ (1865-1900) όταν φοβερός σεισμός κατέστρεψε τη Θεολογική Σχολή Χάλκης στις 28 Ιουνίου 1894. Δεν σώζονται όμως στοιχεία για τη βοήθεια που έστειλε ο Σωφρόνιος. Η Σχολή ανοικοδομήθηκε από τον μεγάλο ευεργέτη Παύλο Στεφάνοβικ Σκυλίτση και εξακολούθησε να λειτουργεί μέχρι τις 21 Ιουλίου 1971, οπότε το τουρκικό καθεστώς ανέστειλε τη λειτουργία της.
Στη Θεολογική Σχολή Χάλκης φοίτησαν αρκετοί Κύπριοι με πρώτο τον μετέπειτα μητροπολίτη Κυρηνείας Μελέτιο Β' (1872-1878). Ο Μελέτιος μάλλον δεν ολοκλήρωσε τις σπουδές του αφού το όνομά του απουσιάζει από τον κατάλογο των αποφοίτων. Στη συνέχεια αποφοίτησε το 1860 ο μετέπειτα αρχιεπίσκοπος Ιορδάνου Επιφάνιος Ματτέος (1838-1908), ο οποίος υπηρέτησε ως καθηγητής και διευθυντής της Θεολογικής Σχολής του Σταυρού Ιεροσολύμων. Τον 19ο αιώνα αποφοίτησαν επίσης από τη Σχολή ο Γεράσιμος Κυκκώτης (1850-1911) το 1887, ο οποίος υπηρέτησε ως ηγούμενος της μονής Κύκκου (1890-1911) και υπήρξε βουλευτής του διαμερίσματος Λευκωσίας-Κερύνειας (1891-1896) και ο Γεννάδιος Γιαναγκάς από την Κάτω Παναγιά το 1897, ο οποίος υπηρέτησε ως εφημέριος σε ελληνικές κοινότητες της Αφρικής. Στη Σχολή φοίτησαν για ορισμένο διάστημα (1892-1894) και ο Κωνσταντίνος Μυριανθόπουλος (1874-1962), ο οποίος όμως εξαιτίας του σεισμού διέκοψε τις σπουδές του, και ο μετέπειτα αρχιεπίσκοπος Κύπρου Μακάριος Β’ (1948-1950), ο οποίος μεταγράφηκε το 1900 στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Κατά τη διάρκεια του 20ού αιώνα φοίτησαν στη Σχολή πολλοί Κύπριοι, αρκετοί από τους οποίους ανήλθαν σε σημαντικά εκκλησιαστικά αξιώματα. Ανάμεσά τους περιλαμβάνονται και ο ηγούμενος Κύκκου (1911-1937) και αργότερα μητροπολίτης Πάφου (1948-1951) Κλεόπας (1908), οι Κυκκώτες μοναχοί Γεννάδιος (1914) και Νίκανδρος (1917), ο μητροπολίτης Πάφου (1951-1959) Φώτιος Κουμίδης (1934), ο αρχιμανδρίτης Μάξιμος Κουρσουμπάς (1942), ο ηγούμενος της μονής Μαχαιρά (1949-1960) και αργότερα επίσκοπος Πατάρων Ειρηναίος (1949), ο ηγούμενος της μονής Χρυσορροϊάτισσας (1956-1964) και Αγίου Νεοφύτου (1964-1972) Αλέξιος Γεωργιάδης (1950), ο αρχιμανδρίτης Άνθιμος Αναστασίου (1950), ο αρχιμανδρίτης Σωφρόνιος Χαραλάμπους (1964) και ο ηγούμενος της μονής Χρυσορροϊάτισσας Διονύσιος (1965).
Απόφοιτοι της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης υπήρξαν και πολλοί λαϊκοί, οι οποίοι στην πλειονότητά τους υπηρέτησαν ως καθηγητές σχολείων Μέσης Εκπαίδευσης. Ανάμεσά τους ο διευθυντής του περιοδικού της Εκκλησίας της Κύπρου Απόστολος Βαρνάβας Ανδρέας Μιτσίδης (1955).
Προσπάθειες για να ανοίξει ξανά
Τον Οκτώβριο του 1998, το Κογκρέσο των ΗΠΑ υποστήριξε την επαναλειτουργία της Χάλκης. Η Ευρωπαϊκή Ένωση έχει αναφέρει επίσης το ζήτημα στις διαπραγματεύσεις για την τουρκική προσχώρηση στην ΕΕ. Ο Πρόεδρος των ΗΠΑ, Μπιλ Κλίντον επισκέφτηκε την Χάλκη στην επίσκεψή του στην Τουρκία το 1999 και ζήτησε από τον Τούρκο Πρόεδρο Σουλεϊμάν Ντεμιρέλ να επιτρέψει την επαναλειτουργία της σχολής.
Τον Αύγουστο του 2011, ο Τούρκος Πρωθυπουργός Ερντογάν αποφάσισε με διάταγμα ότι τα ακίνητα και τα θρησκευτικά κτίρια του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης, τα οποία κατασχέθηκαν στο παρελθόν πρέπει να επιστραφούν προς το Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης.Τον Σεπτέμβριο του 2011 ο Μητροπολίτης Προύσης Ελπιδοφόρος διορίστηκε Καθηγούμενος της Ιεράς Μονής Αγίας Τριάδος Χάλκης.
Τον Ιανουάριο του 2013, ανέφερε η τουρκική εφημερίδα Today's Zaman ότι το τουρκικό Συμβούλιο Ιδρυματων επέστρεψε 190 εκτάρια γης πρός το ίδρυμα της Μονής της Αγίας Τριάδος. Το εν λόγω ίδρυμα είναι ο ιδιοκτήτης της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης. Το μεγαλύτερο μέρος αυτής της γης βρίσκεται στο χώρο της Θεολογικής Σχολής.
Τον Φεβρουάριο του 2019 επισκέφθηκε τη Θεολογική Σχολή για πρώτη φορά εν ενεργεία Έλληνας πρωθυπουργός, ο Αλέξης Τσίπρας, στο πλαίσιο επίσημης επίσκεψής του στην Τουρκία. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως παρόντος του εκπροσώπου της Προεδρίας της Τουρκικής Δημοκρατίας, Ιμπραήμ Καλίν, υπενθύμισε ότι η Θεολογική Σχολή της Χάλκης ιδρύθηκε επί Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και ζήτησε την αποκατάσταση της αδικίας που υπέστη το Οικουμενικό Πατριαρχείο.