Τμήμα που υπάγεται στο υπουργείο Δικαιοσύνης και Δημόσιας Τάξης και είναι υπεύθυνο για την ασφαλή φύλαξη των καταδίκων. Οι κατάδικοι και οι υπόδικοι κρατούνται στις Κεντρικές Φυλακές, που βρίσκονται στη Λευκωσία. Το αρχικό κτίριο των Φυλακών είχε κτιστεί από τους Άγγλους στα τέλη του 19ου αιώνα. Στις περιόδους πριν από την Αγγλοκρατία οι κατάδικοι κρατούνταν συνήθως σε κάστρα, μέσα σε άθλιες και απάνθρωπες συνθήκες, αρκετοί δε πέθαιναν από τις κακουχίες.
Μετά την ανακήρυξη της Κύπρου σε ανεξάρτητο κράτος (1960) έγιναν πολλές βελτιώσεις στα κτίρια των Φυλακών και αργότερα ανεγέρθηκαν και νέες πτέρυγες για την κράτηση των καταδίκων. Σήμερα οι Κεντρικές Φυλακές αποτελούντα από έντεκα πτέρυγες της κλειστής φυλακής, οκτώ για άνδρες, εκ των οποίων οι δυο πτέρυγες φιλοξενούν υποδίκους, μια πτέρυγα για γυναίκες, μια άλλη που φιλοξενεί νεαρούς μέχρι την ηλικία των 21 ετών.
Από το 1996 έχει δημιουργηθεί στις Κεντρικές Φυλακές, έξω από τον αυστηρά φρουρούμενο χώρο, η Ανοικτή Φυλακή. Πρόκειται για ειδικό χώρο κράτησης ελαφροποινιτών, που αποτελεί μέρος των Φυλακών και βρίσκεται υπό τη διεύθυνση του Διευθυντή Φυλακών. Λειτουργεί επίσηςτο Κέντρο Εξωιδρυματικής Απασχόλησης και Αποκατάστασης Κρατουμένων.
Η πολιτική του Τμήματος Φυλακών στηρίζεται στο τετράπτυχο ασφάλεια-ανθρωπιστική μεταχείριση-διαπαιδαγώγηση-αποκατάσταση. Το Τμήμα έχει ως βασική του αποστολή:
(α) Την ασφαλή κράτηση ατόμων που παραπέμπονται σ’ αυτό από τα δικαστήρια.
(β) Τη διασφάλιση συνθηκών κράτησης που να κατοχυρώνουν το σεβασμό της ανθρώπινης αξιοπρέπειας.
(γ) Την ίση μεταχείριση των κρατουμένων χωρίς οποιαδήποτε δυσμενή διάκριση ένεκα φυλής, χρώματος, φύλου, γλώσσας, θρησκείας, εθνικής ή κοινωνικής καταγωγής, πολιτικών ή άλλων πεποιθήσεων των κρατουμένων.
(δ) Την ενθάρρυνση του αυτοσεβασμού και την ανάπτυξη του αισθήματος ευθύνης των κρατουμένων με την παροχή σ’ αυτούς ευκαιριών εκπαίδευσης, επαγγελματικής κατάρτισης, δημιουργικής ψυχαγωγίας, προβληματισμού, αυτοκριτικής και αυτογνωσίας.
(ε) Την καθοδήγηση και υποβοήθηση των κρατουμένων για ένα νέο ξεκίνημα στη ζωή τους.
Στις φυλακές λειτουργούν προγράμματα και υπηρεσίες για τους κατάδικους που αφορούν τακτική απασχόλησή τους σε παραγωγικές εργασίες, ιατρικές, ψυχιατρικές και ψυχολογικές υπηρεσίες, εκπαιδευτικές υπηρεσίες, αθλητικές-ψυχαγωγικές υπηρεσίες, υπηρεσίες για κοινωνική και επαγγελματική αποκατάσταση κ.α.
Στις φυλακές λειτουργούν εργαστήρια, στα οποία οι κατάδικοι εργάζονται υπό την επίβλεψη και καθοδήγηση εκπαιδευτών, και ενθαρρύνονται να μάθουν ένα από τα πιο κάτω επαγγέλματα: μηχανικοί αυτοκινήτων, ράπτες, ξυλουργοί-επιπλοποιοί, βιβλιοδέτες, υποδηματοποιοί, κουρείς, υδραυλικοί-συγκολλητές, ελαιοχρωματιστές, οικοδόμοι, ηλεκτρολόγοι, χειροτέχνες-ζωγράφοι.
Το Τμήμα Φυλακών έχει εγκαταστάσεις θεάτρου και γήπεδα ποδοσφαίρου, πετόσφαιρας και καλαθόσφαιρας, καθώς επίσης και γυμναστήρια.
Ο αριθμός των κρατουμένων στις φυλακές παρουσιάζει ετήσια άνοδο. Αναφέρουμε ενδεικτικά τον αριθμό των ατόμων που καταδικάστηκαν σε φυλάκιση στη διάρκεια της πενταετίας 1981-1985: 305 το 1981, 352 το 1982, 446 το 1983, 458 το 1984 και 478 το 1985. Τα επόμενα χρόνια συνεχίστηκε η αύξηση του αριθμού των καταδίκων, προκαλώντας σοβαρό πρόβλημα υπερπληθυσμού. Το 2010 κρατούνταν στις Κεντρικές Φυλακές704 άτομα, εκ των οποίων 398 αλλοδαποί.