Αρχιεπίσκοπος Κύπρου, ο πρώτος κανονικός αρχιεπίσκοπος μετά την κατάκτηση του νησιού από τους Τούρκους (1570-71). Είναι ο υπ' αριθμόν 62 στον κατάλογο των Ορθοδόξων Αρχιεπισκόπων Κύπρου της Μεγάλης Κυπριακής Εγκυκλοπαίδειας. Η περίοδος της αρχιεπισκοπείας του τοποθετείται μεταξύ του 1572 και του 1579 ή του 1587. Αρκετοί θεωρούν ότι ο Τιμόθεος παρέμεινε στον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Κύπρου μέχρι το 1587-8 (Λ. Φιλίππου, Ἡ Ἐκκλησία Κύπρου ἐπί Τουρκοκρατίας 1975, σσ. 37-38, Α. Ν. Μιτσίδης «Ὁ πρῶτος κατά τήν Τουρκοκρατία κανονικός ἀρχιεπίσκοπος Κύπρου Τιμόθεος ὁ Κυκκώτης», Επετηρίδα Κέντρου Μελετών Ιεράς Μονής Κύκκου, αρ. 1, 1990, σσ. 25-30). Επίσης οι Χάκκετ-Παπαϊωάννου (Ἱστορία τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας τῆς Κύπρου, τόμος Α', 1923, σ. 260), γράφουν χωρίς ν' αναφέρουν πού στηρίζονται, ότι ο Τιμόθεος πέθανε το 1592. Ο Λ. Φιλίππου (ό.π.π., σ. 40), γράφει ότι τον Τιμόθεο διαδέχθηκε ο αρχιεπίσκοπος Νεόφυτος* το 1587.
Ωστόσο, μεταξύ Τιμοθέου και Νεοφύτου αναφέρεται κι άλλος αρχιεπίσκοπος Κύπρου, ο Λαυρέντιος*, που θα πρέπει να είχε ανέλθει στον αρχιεπισκοπικό θρόνο κατά ή λίγο πριν από το 1579 και παρέμεινε μέχρι το 1586/7. Συνεπώς ο Τιμόθεος υπολογίζεται ότι διετέλεσε αρχιεπίσκοπος Κύπρου από το 1572 μέχρι το 1579. Δεν υπάρχουν, εξάλλου, ισχυρές ειδήσεις που να αποδεικνύουν ότι αυτός ζούσε μέχρι το 1587/8, εκτός από ισπανικό αντίγραφο επιστολής του προς τον βασιλιά της Ισπανίας που φέρεται να έχει ημερομηνία 24.10.1587. Υπάρχουν έτσι τρεις πιθανότητες: είτε η ημερομηνία του εγγράφου είναι λανθασμένη, είτε ο Λαυρέντιος δεν υπήρξε αρχιεπίσκοπος (οπότε ο Τιμόθεος παρέμεινε μέχρι το 1587), είτε ο Τιμόθεος απεχώρησε ή εκτοπίστηκε από τον Λαυρέντιο (που χαρακτηρίζεται ως εγκληματικό στοιχείο) κι επανήλθε αργότερα πάλι ως αρχιεπίσκοπος.
Αμέσως μετά την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους αρχιεπίσκοπος της Κύπρου έγινε ένας άγνωστος (δεν σώθηκε το όνομά του) αλλά Σέρβος την καταγωγή (κατ' άλλους Σύρος). Η εκλογή του όμως δεν ήταν κανονική και δεν διήρκεσε παρά ελάχιστο χρόνο. Το 1572 το Οικουμενικό Πατριαρχείο συγκάλεσε σύνοδο στην Κωνσταντινούπολη που ασχολήθηκε με τα ζητήματα της Εκκλησίας της Κύπρου η οποία μόλις τότε αναδιοργανωνόταν μετά τη μακρά υποδούλωσή της στους Λατίνους και τους διωγμούς που είχε υποστεί κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας. Στη σύνοδο παρακάθησαν ο οικουμενικός πατριάρχης Ιερεμίας Β', οι πατριάρχες Αλεξανδρείας Σίλβεστρος και Ιεροσολύμων Γερμανός Α΄ , εκπρόσωπος του πατριάρχη Αντιοχείας Ιωακείμ Δ' και άλλοι 53 μητροπολίτες. Η σύνοδος αποφάσισε να συγχωρέσει τους Κυπρίους κληρικούς για την ως τότε υποταγή τους στους Λατίνους και να επιτρέψει την αποκατάσταση των σχέσεων της Εκκλησίας της Κύπρου με τις άλλες Ορθόδοξες Εκκλησίες. Επίσης η σύνοδος εξέλεξε κανονικό Ορθόδοξο αρχιεπίσκοπο Κύπρου, κι αυτός ήταν ο Τιμόθεος.
Σύμφωνα προς τις υπάρχουσες πληροφορίες, ο Τιμόθεος αυτός (άγνωστο πότε και πού γεννήθηκε) ήταν Κύπριος κι είχε αρχικά διατελέσει μοναχός στο μοναστήρι του Κύκκου. Είκοσι περίπου χρόνια πριν από την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους, δηλαδή γύρω στα 1550, είχε πάει στην Κωνσταντινούπολη και παραμείνει εκεί. Στην Κωνσταντινούπολη είχε χειροτονηθεί ιεροδιάκονος και τελικά εξελέγη αρχιεπίσκοπος Κύπρου. Μετά την εκλογή και χειροτονία του ο ίδιος χειροτόνησε στην Κωνσταντινούπολη άλλους δυο ιεράρχες, επισκόπους Πάφου και Σολέας, και αφού εφοδιάστηκε με το σχετικό συνοδικό γράμμα, ήλθε στην Κύπρο όπου έγινε δεκτός από τον λαό με μεγάλο ενθουσιασμό.
Όλες οι πιο πάνω πληροφορίες για τον Τιμόθεο αντλούνται από σωζόμενη επιστολή, ημερομηνίας 24.10.1633, του αρχιμανδρίτη της Μεγάλης Εκκλησίας Αρσενίου προς τον πρωτονοτάριο Φίλιππο τον Κύπριο στην Κωνσταντινούπολη (το κείμενο της επιστολής βλέπε στην Επετηρίδα... Κύκκου, αρ. 1, 1990, σσ. 26-28).
Δεν ευσταθεί, λοιπόν, η γνώμη των Χάκκετ-Παπαϊωάννου (ο.π.π., σ. 260), ότι ο Τιμόθεος μετά τη χειροτονία του παρέμεινε στην Κωνσταντινούπολη, γιατί η μαρτυρία του Αρσενίου είναι πολύ σαφής: αυτός ήλθε στην Κύπρο όπου έγινε δεκτός με θερμές εκδηλώσεις. Ο Αρσένιος χαρακτηρίζει επίσης τον Τιμόθεο ως ἁγιότατον ἂνθρωπον.
Η επόμενη περί Τιμοθέου γνωστή πληροφορία είναι ότι τον Ιούλιο του 1575 βρισκόταν ξανά στην Κωνσταντινούπολη, όπου πήγε μάλλον για εκκλησιαστικές υποθέσεις κι όπου μετείχε σε σύνοδο η οποία ασχολήθηκε με ζητήματα του μοναστηριού του Σινά (επανίδρυση της αρχιεπισκοπής Σινά κ.α.). Σε σχετικό έγγραφο υπάρχει η υπογραφή του Τιμοθέου, μάλιστα πρώτη μετά τις υπογραφές των τριών μετασχόντων πατριαρχών (Κωνσταντινουπόλεως, Αντιοχείας και Ιεροσολύμων). Υπάρχει επίσης η υπογραφή άλλου Κυπρίου ιεράρχη, που προφανώς είχε συνοδεύσει τον Τιμόθεο, του επισκόπου Αμαθούντος Γερμανού.
Σώζεται επίσης ισπανικό αντίγραφο επιστολής του αρχιεπισκόπου Τιμοθέου προς τον βασιλιά της Ισπανίας Φίλιππο Β'. Με την επιστολή του αυτή ο Κύπριος ιεράρχης πληροφορεί τον Ισπανό μονάρχη ότι είχαν σημειωθεί στην Κύπρο αυθαιρεσίες και εγκλήματα των Τούρκων εις βάρος των Χριστιανών, όπως αρπαγή περιουσιών, λεηλασίες (σπιτιών, εκκλησιών, μοναστηριών), βιασμοί γυναικών, απειλές, βασανιστήρια, καθώς και παιδομαζώματα. Ο Τιμόθεος κάνει στη συνέχεια έκκληση προς τον Ισπανό βασιλιά να εργαστεί για την απελευθέρωση της Κύπρου από τον τουρκικό ζυγό.
Την επιστολή του Τιμοθέου είχε μεταφέρει στην Ισπανία ο Κύπριος ιερέας Γαβριήλ Νομικός, που αργότερα μετέφερε πίσω στην Κύπρο προφορική απάντηση των ισπανικών αρχών ότι αδυνατούσαν να βοηθήσουν την Κύπρο.
Σώζεται, τέλος, έγγραφο του αρχιεπισκόπου Τιμοθέου περί διορισμού κάποιου Φιλαρέτου ως ηγουμένου στο μοναστήρι της Παναγίας των Ελιτζιών* στο δάσος Πάφου.