Το Τμήμα Tελωνείων αποτελείται από το Τελωνείο και την Υπηρεσία Φόρου Προστιθέμενης Αξίας και υπάγεται στο υπουργείο Οικονομικών. Είναι υπεύθυνο για την αποτελεσματική εφαρμογή της τελωνειακής νομοθεσίας και της νομοθεσίας για το Φ.Π.Α. Ως αποτέλεσμα της εφαρμογής των νομοθεσιών αυτών, το Τμήμα εισπράττει τελωνειακούς δασμούς, φόρους κατανάλωσης και το Φόρο Προστιθέμενης Αξίας τόσο στις εισαγωγές όσο και σε φορολογητέες πράξεις εντός της Δημοκρατίας.
Με την τουρκική εισβολή του 1974 το Τμήμα Τελωνείωνέχασε τον έλεγχο των λιμανιών Αμμοχώστου, Κερύνειας και Καραβοστασίου, καθώς και του διεθνούς αεροδρομίου Λευκωσίας. Εμπορεύματα αξίας πάνω από 20 εκατομμύρια λίρες εγκλωβίστηκαν στις αποθήκες αποταμιεύσεως και στο λιμάνι της Αμμοχώστου.
Οι κύριες ευθύνες και λειτουργίες του Τμήματος Τελωνείων, μεταξύ άλλων, είναι:
- Η επιβολή και η είσπραξη εισαγωγικών δασμών, φόρων κατανάλωσης και του Φ.Π.Α. στα εισαγόμενα αγαθά
- Ο έλεγχος της διακίνησης εναρμονισμένων προϊόντων από άλλα κράτη-μέλη προς την Κύπρο και αντίστροφα και η επιβολή και είσπραξη φόρων κατανάλωσης και Φ.Π.Α. σε τέτοια εμπορεύματα
- Ο έλεγχος της ροής αγαθών από περιοχές της Κυπριακής Δημοκρατίας που δεν βρίσκονται κάτω από τον αποτελεσματικό έλεγχο της Κυβέρνησης της Κυπριακής Δημοκρατίας προς τις περιοχές της που βρίσκονται κάτω από τον αποτελεσματικό έλεγχο της Κυβέρνησης με βάση το ισχύον νομικό πλαίσιο της Ε.Ε.
- Η περιφρούρηση της ασφάλειας της αλυσίδας προμηθειών των εμπορευμάτων
- Η επιβολή απαγορεύσεων και περιορισμών στην εισαγωγή, εξαγωγή και διαμετακόμιση ορισμένων αγαθών, όπως ναρκωτικών, πρόδρομων χημικών ουσιών, πυροβόλων και άλλων όπλων, ειδών διπλής χρήσης και η εφαρμογή κυρώσεων (εμπάργκο)
- Η εφαρμογή απαγορεύσεων και περιορισμών στην εισαγωγή, εξαγωγή και διαμετακόμιση ειδών χλωρίδας και πανίδας που απειλούνται με αφανισμό, ειδών πολιτιστικής κληρονομιάς, πνευματικών δικαιωμάτων, πειρατικών προϊόντων και υλικού αισχρού περιεχομένου
- Η προστασία της υγείας και ασφάλειας των καταναλωτών από εμπορεύματα που δεν συνάδουν με τα πρότυπα
- Η παρακολούθηση της διακίνησης βαρυτελών εμπορευμάτων και κυρίως τσιγάρων
- Η ενεργητική συμμετοχή στο ρόλο της Κύπρου στην περιοχή, ως σημείου διαμετακόμισης εμπορευμάτων.
Το Αρχιτελωνείο βρίσκεται στη Λευκωσία και έχει την ευθύνη για τη χάραξη της πολιτικής του Τμήματος και τη διεύθυνση των τεχνικής φύσεως εργασιών του. Υπάρχουν τρία Επαρχιακά Τελωνεία, στη Λευκωσία, στη Λεμεσό και στη Λάρνακα. Το Τελωνείο της Πάφου λειτουργεί ως υπομονάδα του Τελωνείου Λεμεσού.