Η πρώτη αναφερόμενη Ελληνική Σχολή στην Κύπρο ιδρύθηκε στη Λευκωσία το 1741 από τον αρχιεπίσκοπο Κύπρου Φιλόθεο (1733 -1759). Η Σχολή λειτούργησε με την ευθύνη της Αρχιεπισκοπής. Ο Φιλόθεος κάλεσε στην Κύπρο τον διαπρεπή δάσκαλο και αργότερα πατριάρχη Ιεροσολύμων Εφραίμ τον Αθηναίο για να αναλάβει τη διεύθυνση της Σχολής, η οποία ονομαζόταν και Ελληνομουσείον. Κατά τον Αγκύρας Σεραφείμ (Περιγραφή τῆς Ἱερᾶς Μονῆς Κύκκου ὑπό τοῦ Ἐφραίμ, έκδοση β', Βενετία, 1782, σ. 11), ο Εφραίμ ἐννεακαίδεκα χρόνους ὑπῆρξεν ἐν Κύπρῳ καθηγεμών τοῦ Ἑλληνομουσείου καί πολλούς τῶν μαθητῶν παιδείᾳ καί μαθήσει κατακοσμῶν, μετέβη κακεῖθεν καί εἰς Ἱεροσόλυμα πορευθείς, τόν πατριαρχικόν θρόνον τῶν Ἱεροσολύμων ἐπληρώσατο...
Δεν είναι απόλυτα ξεκαθαρισμένο πότε ακριβώς ήλθε στην Κύπρο ο Εφραίμ. Ότι όμως ανέλαβε και διατήρησε για 19 χρόνια τη διεύθυνση του Ελληνομουσείου, μαρτυρείται επαρκώς και από άλλες πηγές.
Ο αρχιμανδρίτης Κυπριανός αναφέρει στην Ιστορία του (Βενετία, 1788) τη Σχολή του αρχιεπισκόπου Φιλοθέου ως Σχολήν Ἑλληνικῆς Μουσικῆς καί Διδασκάλων.
Δεν είναι γνωστές πολλές λεπτομέρειες για τη λειτουργία της Σχολής και τα διδασκόμενα μαθήματα. Γνωρίζουμε όμως από διάφορες μαρτυρίες ότι η Σχολή απετελείτο από τρεις τάξεις, ότι ο ὑποδιδάσκαλος Παρθένιος δίδασκε τεχνολογίαν, και ότι οι μαθητές διδάσκονταν ἑλληνικά καί ἀκροαματικά μαθήματα. Στη Σχολή Μουσικής (παράρτημα ή παράλληλο της Ελληνικής Σχολής εκπαιδευτικό ίδρυμα), δίδασκε ο ιερομόναχος Χρύσανθος, πρωτοψάλτης της Κύπρου. Το πρόγραμμα της Σχολής θα πρέπει να είχε ως πρότυπό του το πρόγραμμα διδασκαλίας των μαθημάτων της Πατμιάδος Σχολής από την οποία είχε αποφοιτήσει ο Εφραίμ ο Αθηναίος.
Μετά την αποχώρηση του Εφραίμ (το 1759), τη διεύθυνση της Ελληνικής Σχολής ανέλαβε ο Παρθένιος, μέχρι και το 1771. Δεν υπάρχουν επαρκείς πληροφορίες για πόσα ακόμη χρόνια συνέχισε τη λειτουργία της η Σχολή. Φαίνεται όμως ότι έκλεισε κατά το πρώτο μισό της αρχιεπισκοπείας του Χρυσάνθου (1767 - 1810), πιθανότατα δε μεταξύ 1775 και 1784, ίσως εξαιτίας των σκληρών καταπιεστικών μέτρων του Χατζημπακκή αγά *, με τον οποίο η Κυπριακή Εκκλησία είχε έλθει σε σύγκρουση και τον οποίο πολέμησε με σκληρό αγώνα, δημιουργώντας όμως πολλά χρέη που έφθασαν στο ποσόν των 194.000 γροσιών.
Ίδρυση νέου Ελληνομουσείου: Στα 1808, ο διαποτισμένος με το πνεύμα του Διαφωτισμού ιερομόναχος Ιωαννίκιος πρόσφερε το σπίτι του στη Λευκωσία για να λειτουργήσει ως Ελληνομουσείον. Το σπίτι, που το είχε αγοράσει από τον αρχιεπίσκοπο Χρύσανθο το 1794, ήταν πιθανότατα το ίδιο που είχε χρησιμοποιηθεί και πιο πριν ως Ελληνομουσείον. Στο νέο που ιδρύθηκε, δίδαξε ο ἱεροδιδάσκαλος Προκόπιος. Παράλληλα όμως ιδρύθηκε από τον Χρύσανθο και άλλη Σχολή, που ονομάστηκε Σοφίης Μέγαρον. Οι δυο Σχολές δεν έζησαν πολύ και διαλύθηκαν μετά το θάνατο του αρχιεπισκόπου Χρυσάνθου στην εξορία (στην Εύβοια).
Η Ελληνική Σχολή του Κυπριανού: Ο διάδοχος του Χρυσάνθου αρχιεπίσκοπος Κυπριανός (ο εθνομάρτυρας, 1810 - 1821), διαποτισμένος επίσης με το πνεύμα του Διαφωτισμού, έθεσε ως πρωταρχικό θέμα την ίδρυση νέας Ελληνικής Σχολής. Πραγματικά, από τα πρώτα κιόλας χρόνια της αρχιεπισκοπείας του κατόρθωσε να ιδρύσει, με σωστές βάσεις, την Ελληνική Σχολή της Λευκωσίας. Η Σχολή ιδρύθηκε το 1811 και ο Κυπριανός, με έγγραφό του τον Ιανουάριο του 1812 την αφιέρωσε στην Αγία Τριάδα. Η Σχολή λειτούργησε σε οίκημα που ανήκε στο μοναστήρι της Παναγίας του Μαχαιρά (από το οποίο ο αρχιεπίσκοπος Κυπριανός προερχόταν).
Η Ελληνική Σχολή Λευκωσίας λειτούργησε μέχρι το 1821, οπότε με την εκτέλεση του αρχιεπισκόπου Κυπριανού, των λοιπών ιεραρχών και πολλών προκρίτων, διέκοψε τις εργασίες και το έργο της.
Εννέα χρόνια αργότερα, δηλαδή το 1830, επί ημερών του αρχιεπισκόπου Παναρέτου, η Ελληνική Σχολή Λευκωσίας ανασυστάθηκε ύστερα από ειδική συνέλευση. Ο Πανάρετος κάλεσε στην Κύπρο από την Κωνσταντινούπολη τον Ονούφριο Μικελλίδη ο οποίος και ανέλαβε τη διεύθυνση της Σχολής.
Η Ελληνική Σχολή Λευκωσίας μετονομάστηκε το 1893 σε Παγκύπριο Γυμνάσιο, ίδρυμα το οποίο λειτουργεί μέχρι σήμερα και αποτελεί το σημαντικότερο εκπαιδευτήριο του νησιού (βλέπε λήμμα Παγκύπριο Γυμνάσιο).
Οι Ελληνικές Σχολές των άλλων πόλεων: Στη Λεμεσό ιδρύθηκε Ελληνική Σχολή το 1819. Για την ίδρυσή της συνέβαλε αποφασιστικά και ο αρχιεπίσκοπος Κυπριανός. Λίγο αργότερα ιδρύθηκαν και στις πόλεις Λάρνακα και Αμμόχωστο, ενώ στην Πάφο και στην Κερύνεια λειτούργησαν Αλληλοδιδακτικά.
Κατά την εποχή του αρχιεπισκόπου Παναρέτου έγινε προσπάθεια οργάνωσης της εκπαίδευσης, με την Ελληνική Σχολή της Λευκωσίας ως κεντρικού σχολείου και τις Ελληνικές Σχολές των λοιπών πόλεων ως κλάδων. Σε έγγραφο της Αρχιεπισκοπής του 1839, όπου αναφέρονται σχετικές με την εκπαίδευση αποφάσεις που είχαν παρθεί σε συνέλευση στις 22 Μαΐου, φαίνεται ότι τότε λειτουργούσαν:
Στη Λευκωσία: Μια Ελληνική Σχολή και δυο Αλληλοδιδακτικά.
Στη Λάρνακα: Μια Ελληνική Σχολή και δυο Αλληλοδιδακτικά.
Στη Λεμεσό: Μια Ελληνική Σχολή και ένα Αλληλοδιδακτικό.
Στην Πάφο: Ένα Αλληλοδιδακτικό.
Στην Κερύνεια: Ένα Αλληλοδιδακτικό.
Σύνολο: Τρεις Ελληνικές Σχολές και επτά Αλληλοδιδακτικά.
Οι Ελληνικές Σχολές εξελίχθηκαν, κατά την εποχή της Αγγλοκρατίας, σε Γυμνάσια, και σαν τέτοια αναγνωρίστηκαν σταδιακά ως ισότιμα των Γυμνασίων της Ελλάδας.
Βλέπε λήμμα: Εκπαίδευση