Επιθεωρητής δημοσίων έργων στην Κωνσταντινούπολη, που αναμείχθηκε στα κυπριακά εκκλησιαστικά ζητήματα στα 1760 -1761. Έξι μήνες μετά την ανάρρηση (Ιούλιος 1759) στον αρχιεπισκοπικό θρόνο Κύπρου του Παϊσίου, άρχισαν συνωμοσίες Κυπρίων της Κωνσταντινούπολης για την καθαίρεσή του, με πρωτοστάτη τον επίσημο αρχιτέκτονα (του σουλτάνου) Κωνσταντίνο. Ο τελευταίος έπεισε τον Ατζέμ Αλή αγά με υπόσχεση 40 πουγγιών (= 20.000 γροσιών) να επιτύχει την καθαίρεση του Παϊσίου. Για το σκοπό αυτό αναζήτησε διάδοχό του στο πρόσωπο του σοφού διδασκάλου Εφραίμ του Αθηναίου, που τότε βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη για ελάττωση της φορολογίας των Κυπρίων· ήταν ο τρίτος που οι συνωμότες προσπάθησαν να πείσουν να αντικαταστήσει τον Παΐσιο. Δεν πέτυχαν αυτό, αλλά πέτυχαν να εκδοθεί διάταγμα εξορίας του Παϊσίου στη Βηρυτό, τον Ιούνιο του 1761. Ο τέταρτος στον οποίο αποτάθηκαν ήταν ο διδάσκαλος και διάκονος στην Κωνσταντινούπολη Κυπριανός, που ήλθε στην Κύπρο τον Αύγουστο του 1761 με σουλτανικό δίπλωμα ασυμπλήρωτο για να καθιερωθεί και ενθρονισθεί επί τόπου. Επειδή δεν μπόρεσε να ελκύσει τις συμπάθειες των Κυπρίων και να συλλέξει το ποσό που χρειαζόταν για την εξόφληση του χρέους που συνήψε για να αγοράσει το δίπλωμα (40 πουγγιά) και να ικανοποιήσει τις απαιτήσεις του Ατζέμ αγά, που ήσαν τώρα περισσότερες, αναγκάστηκε να παραιτηθεί πριν καθιερωθεί και να φύγει από την Κύπρο στην Κωνσταντινούπολη.
Ο Ατζέμ Αλή αγάς στο μεταξύ είχε κατορθώσει να γίνει κυβερνήτης (μουχασίλης) της Κύπρου κατά τον Ιούνιο του 1761, λίγο πριν από την εξορία του Παϊσίου και την άφιξη του Κυπριανού, με την εύνοια μιας σουλτάνας που κατόρθωσε να ακυρώσει προηγούμενη εξορία του στην Κύπρο από τον σουλτάνο επειδή είχε υποκινήσει τον μεγάλο βεζίρη να αντισταθεί σε απόφαση του σουλτάνου για διορισμό νέου κυβερνήτη στη Βλαχία. Σαν αποζημίωση για την εξορία του Ατζέμ στην Κύπρο του δόθηκε, μετά την άρση της δυσμένειας στην οποία είχε περιέλθει, η κυβερνητεία του νησιού χωρίς την έγκριση του σουλτάνου, μόνο με την παρέμβαση μιας σουλτάνας και του μεγάλου βεζίρη.
Μόλις διορίστηκε μουχασίλης ο Ατζέμ έστειλε άνθρωπο στη Συρία να συλλάβει τον φυγάδα Παΐσιο, αλλά οι αρχές αρνήθηκαν να του τον παραδώσουν.
Απογοητευμένος από τον Κυπριανό, που δεν μπόρεσε να του παραδώσει το συμφωνημένο ποσό «αμοιβής» του, ο Ατζέμ συνθηκολόγησε με τον Παΐσιο και μάλιστα υποσχέθηκε 20 πουγγιά στον Κυπριανό για να συμφωνήσει να παραιτηθεί. Όταν ο Κυπριανός δέχθηκε, ο Ατζέμ εξασφάλισε σουλτανική εντολή αποκατάστασης του Παϊσίου, από τον οποίο πήρε γι' αυτή την «υπηρεσία» 100 πουγγιά. Ωστόσο δεν έδωσε ούτε γρόσι στον Κυπριανό από όσα του είχε υποσχεθεί, κι αυτός γύρισε στην Κωνσταντινούπολη διάκονος και με χρέη 10 πουγγιά. Ο αρχιτέκτονας Κωνσταντίνος πέθανε πάμπτωχος και ο Παΐσιος επέστρεψε στις 23.4.1762, τέσσερις μήνες μετά την αναχώρηση του Ατζέμ από το νησί, του οποίου την Εκκλησία βύθισε σε μεγάλα χρέη, πάνω από 200 πουγγιά, άγνωστο αν μαζί ή χωρίς τα 100 πουγγιά που του είχε ήδη δώσει ο Παΐσιος.
Εξαιτίας των αρπακτικών ροπών του Ατζέμ Αλή αγά φαίνεται πιθανή η παράδοση που διασώθηκε στη Λάπηθο και στην Κερύνεια (Κάρμι κ.α.), ότι ο Κυπριανός βρήκε τον Ατζέμ, «ἀκόρεστον χρυσοῦ καί δώρων διά νά δυνηθῇ νά ἀνταποκριθῇ πρός τάς ἀπαιτήσεις τῆς προστατευούσης αὐτόν Σουλτάνας». Γι’ αυτό προφανώς ένας Φράγκος κουρσάρος, ή σύμφωνα με άλλη εκδοχή οι τρεις κουρσάροι της Λαπήθου — απόγονοί του (;) —με το πειρατικό τους πλοίο χτύπησαν τη φρεγάτα που μετέφερε το χρυσάφι και τα δώρα του Ατζέμ στη σουλτάνα και άρπαξαν τον θησαυρό της έξω από την Κερύνεια. Χριστιανοί και Τούρκοι της Κύπρου, μοναστήρια και τεμένη γδύνονταν από τον Ατζέμ, που για να συλλάβει το πειρατικό, όπλισε πολλά πλοία και τα έστειλε ξωπίσω του. Τελικά το πειρατικό διέφυγε στην Αχειροποίητο, όπου ο Φράγκος καπετάνιος του σερ Νικόλας βαπτίσθηκε Ορθόδοξος και έζησε εκεί ειρηνικά. Ο καταποντισμός της φρεγάτας του Ατζέμ έγινε αιτία ώστε ο Κυπριανός να φύγει από την Κύπρο αφήνοντας το θρόνο στον Παΐσιο, γιατί δεν μπορούσε να κορέσει τις απαιτήσεις του μουχασίλη, που ήθελε να μαζέψει και να πάρει από τους Κυπρίους όσα έχασε από τη βύθιση της φρεγάτας. Την παράδοση αυτή, που δημοσιεύθηκε στο Κυπριακόν Ημερολόγιον του Πάνου Παπαδόπουλου, 1918, σσ. 114 - 116, και αργότερα μαζί με άλλες συναφείς παραδόσεις και σχόλια στα Χρονικά της Λαπήθου (Γ, ii, Ιούλ. - Δεκ. 1970 - Μάρτ. 1971, σσ. 147 -150 και ευρύτερα σσ. 134- 251), αγνοεί ο G. Hill (History of Cyprus, IV, 1952, σσ. 350 - 352, 393), ο οποίος χρησιμοποιεί όλες τις άλλες γραπτές πηγές.