Σημαντικές πληροφορίες για το μοναστήρι, πριν από την ολοσχερή καταστροφή του από την πυρκαγιά του 1892, μας δίνει στις Περιηγήσεις του ο Ρώσος μοναχός Βασίλι Μπάρσκυ. Ο Μπάρσκυ επισκέφθηκε το μοναστήρι το 1735, επί ηγουμενίας του Παρθενίου, τον οποίο γνώρισε και περιγράφει λεπτομερώς, αφηγούμενος μάλιστα και μερικά από τα ανδραγαθήματά του. Κατά τις ημέρες που ήταν στο μοναστήρι ο Μπάρσκυ, είχε ανέβει σ’ αυτό και ο αρχιεπίσκοπος Φιλόθεος για την εορτή του Δεκαπενταύγουστου, μαζί με τη συνοδεία του.
Για το μοναστήρι, ο Μπάρσκυ γράφει μεταξύ άλλων:
...Είναι ένα των κυριωτέρων και περιφημοτέρων της Κύπρου, υπό την δικαιοδοσία του αρχιεπισκόπου... Ίσταται επίσης [όπως και το μοναστήρι του Κύκκου] επί ανωμάλου εδάφους, επί της πλαγιάς όρους, πάνω από χαράδρα, είναι τετραγωνικό και καλυμμένο εντελώς εξωτερικά με ξύλινη στέγη και κεραμίδια. Έχει επίσης δυο εισόδους, εκ των οποίων η κύρια βλέπει στην ανατολή [σήμερα βλέπει στον νότο] και η άλλη στη δύση... Ο ναός ...έχει ωραίον προπύλαιον με θόλους και στύλους στο δυτικό μέρος, ένα τρούλλο, μια μεγάλη στέγη από κεραμίδια που καλύπτει ολόκληρο τον ναό και στο εσωτερικό έχει εικονοστάσιο, πολυελαίους, λιθόστρωτο πάτωμα και τοιχογραφίες... Έχει 15-20 μοναχούς... Οι μοναχοί είναι εργατικοί και ταπεινοί. Συντηρούνται από την γεωργία και τις δωρεές των Χριστιανών... [Το μοναστήρι] βρίσκεται σε καθαρό αέρα, έχει υγιεινό και γλυκύ νερό, μια πηγή που ρέει μέσα στο μοναστήρι και μια έξω. Βρίσκεται σε απομεμακρυσμένο μέρος... αλλά επειδή η φήμη του είναι πασίγνωστη, οι άπιστοι Μουσουλμάνοι δεν παύουν από του να επισκέπτονται τους φτωχούς μοναχούς και να τους εκφοβίζουν. Μέσα στον ναό είναι μια μικρή θαυματουργός εικόνα της αγίας Παρθένου... ωραία καλυμμένη με άργυρον και χρυσόν. Παριστάνει την Παρθένον μόνην, έως την οσφύν, χωρίς το Παιδίον, με τα χέρια υψωμένα ωσάν σε προσευχή, όπως την έχω σχεδιάσει...
Ο Μπάρσκυ είχε σχεδιάσει και το μοναστήρι, όμως δυστυχώς τα σχεδιάσματά του δεν σώθηκαν. Ο Μπάρσκυ κάνει επίσης σύγκριση του μοναστηριού του Μαχαιρά προς εκείνο του Κύκκου.
Στο μοναστήρι της Παναγίας του Μαχαιρά εισήλθαν ως δόκιμοι και υπηρέτησαν δυο σημαντικές μορφές της κυπριακής ιστορίας της περιόδου της Τουρκοκρατίας: ο ένας απ' αυτούς ήταν ο αρχιεπίσκοπος και εθνομάρτυρας Κυπριανός (1810-1821) και ο δεύτερος ο επαναστάτης (κατά το 1833) Καρπασίτης καλόγερος Ιωαννίκιος.
Από το μοναστήρι του Μαχαιρά άρχισαν την εκκλησιαστική τους σταδιοδρομία και ο επίσκοπος Κιτίου Άνθιμος Μαχαιριώτης, ο επίσκοπος Πάφου Γεννάδιος, ο λόγιος αρχιμανδρίτης Μακάριος Μαχαιριώτης και άλλοι.
Το μοναστήρι διαδραμάτισε σημαντικό υποβοηθητικό ρόλο κατά τη διάρκεια του τετραετούς ένοπλου αγώνα του 1955-1959. Ιδιαίτερα δε συνδέθηκε με τον ήρωα Γρηγόρη Αυξεντίου και τη θυσία του στον χώρο του κρησφυγέτου του, κοντά στο μοναστήρι. Στο ίδιο το μοναστήρι υπάρχει μικρό μουσείο ενθυμημάτων του Γρηγόρη Αυξεντίου.
Πολύμορφη ήταν η προσφορά του μοναστηριού κατά τα δύσκολα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Απετέλεσε τότε εστία θρησκευτική και εθνική, αλλά είχε και άλλο σημαντικό ρόλο ως κέντρο πρακτικής ιατρικής και παροχής άλλης ποικίλης βοήθειας στον ντόπιο πληθυσμό. Μεταξύ των γνωστότερων πρακτικών (εμπειρικών) γιατρών του μοναστηριού ήταν ο σκευοφύλακας Μητροφάνης (συγγραφέας Ιατροσοφικού) και ο παπά Χαρίτος, γνωστός σ' όλη την Κύπρο κατά τα τέλη του 19ου αιώνα. Εξάλλου, κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας στο μοναστήρι λειτουργούσε ελληνικό σχολείο.
Διώξεις υπέστη το μοναστήρι κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Ιδίως κατά τον Ιούλιο του 1821, όταν έγιναν οι εκτεταμένες σφαγές των Ελλήνων του νησιού από τους Τούρκους, μεταξύ των προγραφέντων περιλαμβανόταν και ο τότε ηγούμενος του Μαχαιρά Γερμανός. Αυτός κατόρθωσε τελικά να σωθεί, εκχωρώντας στους διώκτες του πολλή από την περιουσία του μοναστηριού του. Εξάλλου οι Τούρκοι δήμευσαν τότε επτά συνολικά τσιφλίκια/ μετόχια του μοναστηριού: το πιο προσοδοφόρο, εκείνο του Λυθροδόντα, καθώς κι εκείνα του Στροβόλου, της Αλαμινού, της Τύμπου, του Κουπαδιού (Λευκωσία), στο Κιόσκι (περιοχή Φυλακών στη Λευκωσία) και στη Στράκκα. Αυτός φαίνεται να ήταν και ο λόγος για τον οποίο επί ηγουμενίας Γερμανού το χρέος του μοναστηριού είχε αυξηθεί σημαντικά, αν και ὑπέρογκα καί δυσαπάντητα χρέη είχε το μοναστήρι και πριν από το 1821, όπως αναφέρεται σε εγκύκλιο του αρχιεπισκόπου Κυπριανού το 1813.
Ο ηγούμενος Γερμανός ήταν ένας από τους ελάχιστους εκκλησιαστικούς αξιωματούχους που κατόρθωσαν να σωθούν το 1821. Όπως γράφει σε στίχους ένας μοναχός του μοναστηριού του Μαχαιρά, ο Ησαΐας:
...στην Κύπρουν την ταλαίπωρην εμείναν δυο γουμένοι
εδήσαν τα σαρίκια τους μ' έναν λιμίν της δίστρας,
ένας της Μαχαιριώτισσας και της αγιά Εγκλείστρας...
Το ποίημα, φοβερά ανορθόγραφο, από 132 στίχους, εγράφη στις 19 Ιουλίου 1821 και σώζεται μεταξύ διαφόρων άλλων χειρογράφων στο μοναστήρι. Ωστόσο ο ηγούμενος της Εγκλείστρας (=του Αγίου Νεοφύτου), που ήταν ο Ιωακείμ, δεν σώθηκε τελικά. Είχε μεν αρνηθεί να έλθει στη Λευκωσία, βρέθηκε όμως και αποκεφαλίστηκε στο μοναστήρι του.