Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Κερύνεια, όπως εξάλλου κι ολόκληρη η Κύπρος, ακολούθησε σταθερά τον κατήφορο της παρακμής. Κατά τα τέλη του 16ου αιώνα, σύμφωνα προς τον Ιωάννη Κοτόβικους (loannes Cotovicus), η πόλη είχε ακόμη αρκετούς κατοίκους. Ωστόσο κατά την πρώτη τριακονταετία του 17ου αιώνα τα πράγματα είχαν ήδη διαφοροποιηθεί προς το χειρότερο. Ο Σιερ ντε Στοχόβ (Sieur de Stochove) που είδε την πόλη το 1631, μόνο 60 χρόνια μετά την τουρκική κατάκτηση της Κύπρου, γράφει:
...Μείναμε μια μέρα στην Κερύνεια που ήταν κάποτε μια από τις ωραιότερες και σπουδαιότερες πόλεις του νησιού και που τώρα είναι κατά κύριο λόγο ερειπωμένη. Ο μεγαλύτερος αριθμός των κατοίκων της είναι Έλληνες. Ένα τετράγωνο κάστρο ελέγχει το λιμάνι και στο κάστρο αυτό αποσύρονται οι Τούρκοι τις νύχτες. Το λιμάνι είναι μικρό και κατάλληλο μόνο για βάρκες και μικρά σκάφη...
Στο κάστρο της Κερύνειας, που εχρησιμοποιείτο από το τουρκικό στρατιωτικό απόσπασμα το οποίο στάθμευε στην πόλη, διέμεναν και οι λοιποί Τούρκοι που εγκαταστάθηκαν εκεί, για περισσότερη ασφάλεια. Στο κάστρο, ούτε οι Έλληνες ούτε κι Ευρωπαίοι επισκέπτες επιτρεπόταν να εισέρχονται. Ο Τζιοβάννι Μαρίτι (Giovanni Mariti) ένα και πλέον αιώνα αργότερα από τον Στοχόβ, βρήκε ότι το κάστρο της Κερύνειας εξακολουθούσε να είναι ένα από τα πιο καλά διατηρημένα στην Ανατολή, αναφέρει όμως ότι η ίδια η πόλη ήταν τότε αραιοκατοικημένη.
Στα 1670, ένα αιώνα πριν από τον Μαρίτι, επεσκέφθη την Κερύνεια ο Νοέλ Ντομινίκ Ούτρελ (Noel Dominique Houtrel) που γράφει ότι την βρήκε εντελώς κατεστραμμένη και ότι σ' αυτήν κατοικούσαν λίγες τουρκικές οικογένειες. Γράφει επίσης ότι οι Έλληνες έκτισαν τα σπίτια τους πάνω στα προγενέστερα ερείπια.
Το λιμάνι της Κερύνειας συνέχισε ωστόσο να χρησιμοποιείται και αναφέρεται ότι κατά τα τέλη του 17ου αιώνα ήταν το σημείο επικοινωνίας με την Καραμανιά, στα απέναντι της Κύπρου παράλια της Μικράς Ασίας. Το λιμάνι φαίνεται ότι χρησιμοποιούσαν και επισκέπτες που εισέρχονταν στην Κύπρο.
Κατά το 18ο αιώνα το μεγαλύτερο εμπόριο που διεξαγόταν από το λιμάνι της Κερύνειας ήταν κυρίως με τη Σελεύκεια στη Μικρά Ασία, που ήταν και το πλησιέστερο ξένο λιμάνι. Ο Ρίτσαρντ Πόκοκ (Richard Pococke) γράφει το 1738 για διακίνηση γαλλικών καραβιών που χρησιμοποιούσαν το λιμάνι της Κερύνειας στη διεξαγωγή εμπορίου μεταξύ Κιλικίας και Αιγύπτου, με φορτία ρυζιού και καφέ από την Αίγυπτο και στύρακα (=λάδι από το ομώνυμο δέντρο που εχρησιμοποιείτο για θεραπευτικούς σκοπούς) προς την Αίγυπτο. Τα καράβια αυτά μετέφεραν επίσης και την αλληλογραφία με την Κωνσταντινούπολη και την Ευρώπη. Μεγαλύτερα καράβια χρησιμοποιούσαν το λιμάνι της Κερύνειας κυρίως κατά τους καλοκαιρινούς μήνες, οπότε διεξαγόταν το εμπόριο και η εξαγωγή χαρουπιών. Τα μεγάλα καράβια δεν μπορούσαν να εισέρχονται στο μικρό και παραμελημένο λιμάνι της Κερύνειας αλλά αγκυροβολούσαν στ' ανοικτά· τα εμπορεύματα μεταφέρονταν προς ή και από τα καράβια αυτά με βάρκες και μαούνες που χρησιμοποιούσαν το λιμάνι.
Το εμπόριο κατά τις αρχές του 19ου αιώνα, σύμφωνα προς τον Τζον Μακντόναλντ Κιννέιρ (John Macdonald Kinneir), ήταν ασήμαντο στην πόλη της Κερύνειας, επειδή στην πόλη διέμεναν 15 μόνο οικογένειες. Ο Κιννέιρ, που επεσκέφθη την Κύπρο το 1814, γράφει επίσης ότι το λιμάνι της Κερύνειας που είναι μικρό, είναι εκτεθειμένο στους βόρειους ανέμους και δεν μπορεί να δεχθεί σκάφη μεγαλύτερα των 100 τόννων εκτοπίσματος. Ο Κιννέιρ αναφέρεται επίσης στην ηλικιωμένη κυρία Λορέττι (Loretti) που τον φιλοξένησε στο κατάλυμα στο οποίο ζούσε, και που βρισκόταν περί τα τρία μίλια νοτιοδυτικά της Κερύνειας (πρόκειται για την έπαυλη Φουντζ'ί, κοντά στα χωριά Κάρμι και Τριμίθθι).
Εκτός από το μικρό και παραμελημένο της λιμάνι, παραμελημένη ήταν και η ίδια η πόλη που κατήντησε να είναι φάντασμα του παλαιού εαυτού της, με λίγες καλύβες κτισμένες πάνω κι ανάμεσα στα παλαιά ερείπια. Το λιμάνι της εξακολουθούσε, παρ' όλα αυτά, να προσφέρει καταφύγιο σε λίγα σκάφη σε μια ακτή στερημένη από όρμους κι αραξοβόλια.
Το φυσικό περιβάλλον της Κερύνειας δεν έχασε ωστόσο τίποτα από την παλαιότερη ομορφιά και τα πλεονεκτήματά του: ευχάριστο κλίμα, «εύκρατος αέρας» κατά τον αρχιμανδρίτη Κυπριανό, και πλούσια φυσική βλάστηση από πεύκα, δάφνες και μυρτιές, όπως και κήποι από φοινικόδεντρα, λεμονόδεντρα κι άλλα οπωροφόρα δέντρα.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Κύπρος είχε διαιρεθεί, σύμφωνα προς τον αρχιμανδρίτη Κυπριανό, σε τέσσερις επαρχίες και 17 κατηλλίκια. Η Κερύνεια ήταν η διοικητική πρωτεύουσα της μιας των τεσσάρων επαρχιών, η οποία περιελάμβανε τέσσερα κατηλλίκια: εκείνα της Κερύνειας (με 31 χωριά), της Μόρφου και της Πεντάγυιας (με 43 χωριά) και της Λεύκας (με 39 χωριά). Ολόκληρη δηλαδή η επαρχία Κερύνειας περιελάμβανε συνολικά 113 χωριά.
Η διοικητική διαίρεση του νησιού δεν ήταν όμοια καθ' όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Κατά την τελευταία δεκαετία της περιόδου (1870), η Κύπρος παρουσιάζεται διαιρεμένη σε έξι επαρχίες (qaimaqamliks), με επικεφαλής έναν καϊμακκάμη, δηλαδή υποδιοικητή με βαθμό συνταγματάρχη, και σε 17 καζάδες ή κατηλλίκια. Μια από τις έξι επαρχίες ήταν εκείνη της Κερύνειας με πρωτεύουσα την πόλη της Κερύνειας. Μεταξύ των 17 κατηλλικιών ήταν κι εκείνο της Κερύνειας, που υπαγόταν στην ομώνυμη επαρχία, και περιελάμβανε 39 χωριά εκ των οποίων: ελληνικά 12, τουρκικά 11 και μεικτά 16. Ο συνολικός πληθυσμός του κατηλλικιού της Κερύνειας (δηλαδή της πόλης και των 39 χωριών της) ήταν 9.393 εκ των οποίων 5.769 Έλληνες και 3.624 Τούρκοι, κατά το τέλος της περιόδου της Τουρκοκρατίας.
Η Κερύνεια ήταν, επίσης, ένας από τους 24 μουκαττάδες, από τα εισοδήματα των οποίων συντηρούνταν τα τάγματα των γενιτσάρων που βρίσκονταν στην Κύπρο.
Κατά τον 18ο αιώνα η Κερύνεια και το κάστρο της βρέθηκαν πάλι στο προσκήνιο, κατά την επανάσταση του Χαλήλ* αγά, του φύλακα του κάστρου, το 1765. Ο Χαλήλ στο πανηγύρι του Αγίου Παντελεήμονος στη Μύρτου στις 27 Ιουλίου εξελέγη αρχηγός των Τούρκων, οι οποίοι, όσο και οι Έλληνες του νησιού, δυσανασχετούσαν για τη βαριά φορολογία που επιβλήθηκε στο λαό μετά τη δολοφονία του Τζηλ Οσμάν. Ο Χαλήλ, που δεν διακρινόταν για την ευφυΐα του, δέχθηκε την αρχηγία η οποία συνοδευόταν από την υπόσχεση να γίνει κυβερνήτης.
Έτσι με τους οπαδούς του, γύρω στις 3.000 άνδρες, προχώρησε προς τη Λευκωσία και κατέλαβε τους μύλους της Κυθρέας για ν' αποκόψει την προμήθεια αλεύρου στην πρωτεύουσα. Ύστερα συγκέντρωσε τις δυνάμεις του στο Δίκωμο κι απ' εκεί απειλούσε την πόλη. Αφού απέσπασε από τον μουχασίλη Χαφίζ την υπόσχεση ότι δεν θα είσπρασσε τους φόρους, ο Χαλήλ αποσύρθηκε στο κάστρο της Κερύνειας. Ο μουχασίλης δεν τήρησε ωστόσο την υπόσχεσή του κι άρχισε πάλι την είσπραξη των βαριών φόρων. Ετσι ο Χαλήλ πολιόρκησε ξανά τη Λευκωσία με μεγαλύτερο αριθμό ανδρών ,έλυσε όμως την πολιορκία κι αποσύρθηκε στην Κερύνεια όταν ο Ιμπραήμ εφέντης, που εστάλη στο νησί με δυο καραβέλλες και 150 άνδρες, του δήλωσε ότι του έφερνε δήθεν το διορισμό του ως μουχασίλη. Ο Σουλεϊμάν εφέντης, ο προοριζόμενος νέος μουχασίλης, επανέλαβε την υπόσχεση, ενώ στο μεταξύ ζητούσε να αποσταλούν κι άλλες ενισχύσεις για τη συντριβή του Χαλήλ. Έφθασε ο Μελέκι μπέης με πολεμικό, που απέκλεισε την πόλη από τη θάλασσα, ενώ ο Κιορ Αχμέτ πασάς με στρατό από την ξηρά ζητούσε την παράδοση του κάστρου. Όταν η απαίτηση απορρίφθηκε, ο Κιορ Αχμέτ με 2.000 στρατιώτες άρχισε την πολιορκία του κάστρου, το οποίο υπεράσπιζαν μόνο 200 άνδρες που απέμειναν στον Χαλήλ, ενώ ο Μελέκι μπέης το χτυπούσε με κανόνια που μετέφερε από το πολεμικό του πλοίο. Το κάστρο αντιστάθηκε στις επιθέσεις που του προκάλεσαν αρκετές ζημιές, τις οποίες είδε κι αναφέρει ο Μαρίτι. Όταν όμως τα εφόδια εξαντλήθηκαν, ο Χαλήλ δέχθηκε να καταφύγει στο πολεμικό του Μελέκι μπέη, αλλά ο μπέης, παρά την υπόσχεση για προστασία του, τον συνέλαβε και τον παρέδωσε στον Κιορ Αχμέτ πασά. Ο Χαλήλ, μαζί με τους 200 οπαδούς του, μεταφέρθηκαν στη Λευκωσία όπου κι εκτελέστηκαν.
Κατά τον Μαρίτι, η χρησιμοποίηση του κάστρου της Κερύνειας από τον Χαλήλ ήταν ο λόγος για τον οποίο οι αρχές αποφάσισαν να μην επισκευαστεί για να μη χρησιμοποιηθεί ξανά από τυχόν άλλο επαναστάτη, έγιναν μάλιστα και σκέψεις για κατεδάφισή του.